Homolog Viewer

PAthogenisity Island DataBase (PAI DB)

Home PAIs REIs Genomes Search Links

Homologs of S4050 gene of NC_004741_P2

DNA-level

Hit (GenBank Accn)

Product

Source Genome

Eval.

Ident.(%)

1) SFxv_0224
( - )

NC_017328
(Shigella flexneri 2002017)

0.0

99.9

2) SbBS512_E0387
( - )

NC_010658
(Shigella boydii CDC 3083-94)

0.0

99.6

3) SFxv_3495
( - )

NC_017328
(Shigella flexneri 2002017)

0.0

99.7

4) SFxv_3829
( - )

NC_017328
(Shigella flexneri 2002017)

0.0

99.9

5) SFxv_2954
( - )

NC_017328
(Shigella flexneri 2002017)

0.0

99.9

6) SFxv_4138
( - )

NC_017328
(Shigella flexneri 2002017)

0.0

100

7) SF3184
( - )

NC_004337
(Shigella flexneri 301)

0.0

99.8

8) EC042_4758
( - )

NC_017626
(Escherichia coli 042)

0.0

95.6

9) insD-3
( - )

NC_012892
(Escherichia coli BL21(DE3))

0.0

99.7

10) ECBD_1653
( - )

NC_012947
(Escherichia coli Escherichia coli BL21-Gold(DE3)pLysS AG)

0.0

99.7

11) insD1
( - )

NC_000913
(Escherichia coli K12)

0.0

99.7

12) insD-7
( - )

NC_010473
(Escherichia coli K-12)

0.0

99.7

13) ECO103_4518
( - )

NC_013353
(Escherichia coli 12009)

0.0

99.7

14) unnamed
( - )

NC_017640
(Escherichia coli UMNK88)

e-205

86.5

• Sequence Alignments

1) SFxv_0224 in NC_017328


>NC_004741_P2|4|G4|161486395|NP_839218.2|Shigella_flexneri_2a_str._2457T|+|3846..4751|-|S4050|insertion 
          Length = 906

 Score = 1770 bits (4566), Expect = 0.0
 Identities = 905/907 (100%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 1   gtggatagcgcacgcgcccttattgcccggggatggggagtaagcttagtcagccgttgt 60
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1   gtggatagcgcacgcgcccttattgcccggggatggggagtaagcttagtcagccgttgt 60

Query: 61  ctccgggtgtcgcgtgcgcagttgcacgtcattctcagacgaaccgatgactggatggat 120
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 61  ctccgggtgtcgcgtgcgcagttgcacgtcattctcagacgaaccgatgactggatggat 120

Query: 121 ggccgccgcagtcgtcacactgatgatacggatgtgcttctccgtatacaccatgttatc 180
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 121 ggccgccgcagtcgtcacactgatgatacggatgtgcttctccgtatacaccatgttatc 180

Query: 181 ggagagctgcccacgtatggttatcgtcgggtatgggcgctgcttcgcagacaggcagaa 240
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 181 ggagagctgcccacgtatggttatcgtcgggtatgggcgctgcttcgcagacaggcagaa 240

Query: 241 cttgatggtatgcctgcgatcaatgccaaacgtgtttaccggctcatgcgccagaatggc 300
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct: 241 cttgatggtatgcctgcgatcaatgccaaacgtgtttaccggctcatgcgccagaatg-c 299

Query: 301 gctgttgcttgagcgaaaacctgctgtaccgccatcgaaacgggcacatacaggcagagt 360
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 300 gctgttgcttgagcgaaaacctgctgtaccgccatcgaaacgggcacatacaggcagagt 359

Query: 361 ggccgtgaaagaaagcaatcagcgatggtgctctgacgggttcgagttctgctgtgataa 420
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 360 ggccgtgaaagaaagcaatcagcgatggtgctctgacgggttcgagttctgctgtgataa 419

Query: 421 cggagagagactgcgtgtcacgttcgcgctggactgctgtgatcgtgaggcactgcactg 480
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 420 cggagagagactgcgtgtcacgttcgcgctggactgctgtgatcgtgaggcactgcactg 479

Query: 481 ggcggggactaccggcggcttcaacagtgaaacagtacaggacgtcatgctgggagcggt 540
           ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 480 ggcggtgactaccggcggcttcaacagtgaaacagtacaggacgtcatgctgggagcggt 539

Query: 541 ggaacgccgcttcggcaacgatcttccgtcgtctccagtggagtggctgacggataatgg 600
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 540 ggaacgccgcttcggcaacgatcttccgtcgtctccagtggagtggctgacggataatgg 599

Query: 601 ttcatgctaccgggctaatgaaacacgccagttcgcccggatgttgggacttgaaccgaa 660
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 600 ttcatgctaccgggctaatgaaacacgccagttcgcccggatgttgggacttgaaccgaa 659

Query: 661 gaacacggcggtgcggagtccggagagtaacggaatagcagagagcttcgtgaaaacgat 720
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 660 gaacacggcggtgcggagtccggagagtaacggaatagcagagagcttcgtgaaaacgat 719

Query: 721 aaagcgtgactacatcagtatcatgcccaaaccagacgggttaacggcagcaaagaacct 780
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 720 aaagcgtgactacatcagtatcatgcccaaaccagacgggttaacggcagcaaagaacct 779

Query: 781 tgcagaggcgttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctc 840
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 780 tgcagaggcgttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctc 839

Query: 841 gccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctgga 900
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 840 gccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctgga 899

Query: 901 aatatag 907
           |||||||
Sbjct: 900 aatatag 906

2) SbBS512_E0387 in NC_010658


>NC_004741_P2|4|G4|161486395|NP_839218.2|Shigella_flexneri_2a_str._2457T|+|3846..4751|-|S4050|insertion 
          Length = 906

 Score = 1769 bits (4564), Expect = 0.0
 Identities = 902/906 (100%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 324  gtggatagcgcacgcgcccttattacccggggatggggagtaagcttagtcagccgttgt 383
            |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1    gtggatagcgcacgcgcccttattgcccggggatggggagtaagcttagtcagccgttgt 60

Query: 384  ctccgggtgtcgcgtgcgcagttgcacgtcattctcagacgaaccgatgactggatggat 443
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 61   ctccgggtgtcgcgtgcgcagttgcacgtcattctcagacgaaccgatgactggatggat 120

Query: 444  ggccgccgcagtcgtcacactgatgatacggatgtgcttctccgtatacaccatgttatc 503
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 121  ggccgccgcagtcgtcacactgatgatacggatgtgcttctccgtatacaccatgttatc 180

Query: 504  ggagagctgcccacgtatggttatcgtcgggtatgggcgctgcttcgcagacaggcagaa 563
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 181  ggagagctgcccacgtatggttatcgtcgggtatgggcgctgcttcgcagacaggcagaa 240

Query: 564  cttgatggtatgcctgcgatcaatgccaaacgtgtttaccggatcatgcgccagaatgcg 623
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct: 241  cttgatggtatgcctgcgatcaatgccaaacgtgtttaccggctcatgcgccagaatgcg 300

Query: 624  ctgttgcttgagcgaaaacctgctgtaccgccatcgaaacgggcacatacaggcagagtg 683
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 301  ctgttgcttgagcgaaaacctgctgtaccgccatcgaaacgggcacatacaggcagagtg 360

Query: 684  gccgtgaaagaaagcaatcagcgatggtgctctgacgggttcgagttctgctgtgataac 743
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 361  gccgtgaaagaaagcaatcagcgatggtgctctgacgggttcgagttctgctgtgataac 420

Query: 744  ggagagagactgcgtgtcacgttcgcgctggactgctgtgatcgtgaggcactgcactgg 803
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 421  ggagagagactgcgtgtcacgttcgcgctggactgctgtgatcgtgaggcactgcactgg 480

Query: 804  gcggtgactaccggcggcttcaacagtgaaacagtacaggacgtcatgctgggagcggtg 863
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 481  gcggtgactaccggcggcttcaacagtgaaacagtacaggacgtcatgctgggagcggtg 540

Query: 864  gaacgccgcttcggcaacgatcttccgtcgtctccagtggagtggctgacggataatggt 923
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 541  gaacgccgcttcggcaacgatcttccgtcgtctccagtggagtggctgacggataatggt 600

Query: 924  tcatgctaccgggctaatgaaacacgccagttcgcccggatgttgggacttgaaccgaag 983
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 601  tcatgctaccgggctaatgaaacacgccagttcgcccggatgttgggacttgaaccgaag 660

Query: 984  cacacggcggtgcggagtccggagagtaacggaatagcagagagcttcgtgaaaacgata 1043
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 661  aacacggcggtgcggagtccggagagtaacggaatagcagagagcttcgtgaaaacgata 720

Query: 1044 aagcgtgactacatcagtatcatgcccaaaccagacgggttaacggcagcaaagaacctt 1103
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 721  aagcgtgactacatcagtatcatgcccaaaccagacgggttaacggcagcaaagaacctt 780

Query: 1104 gcagaggcgttcgaacattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcg 1163
            |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 781  gcagaggcgttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcg 840

Query: 1164 ccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaa 1223
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 841  ccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaa 900

Query: 1224 atatag 1229
            ||||||
Sbjct: 901  atatag 906

3) SFxv_3495 in NC_017328


>NC_004741_P2|4|G4|161486395|NP_839218.2|Shigella_flexneri_2a_str._2457T|+|3846..4751|-|S4050|insertion 
          Length = 906

 Score = 1754 bits (4525), Expect = 0.0
 Identities = 898/903 (99%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 1   gtggatagcgcacgcgcccttattgcccggggatggggagtaagcttagtcagccgttgt 60
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1   gtggatagcgcacgcgcccttattgcccggggatggggagtaagcttagtcagccgttgt 60

Query: 61  ctccgggtgtcgcgtgcgcagttgcacgtcattctcagacgaaccgatgactggatggat 120
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 61  ctccgggtgtcgcgtgcgcagttgcacgtcattctcagacgaaccgatgactggatggat 120

Query: 121 ggccgccgcagtcgtcacactgatgatacggatgtgcttctccgtatacaccatgttatc 180
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 121 ggccgccgcagtcgtcacactgatgatacggatgtgcttctccgtatacaccatgttatc 180

Query: 181 ggagagctgcccacgtatggttatcgtcgggtatgggcgctgcttcgcagacaggcagaa 240
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 181 ggagagctgcccacgtatggttatcgtcgggtatgggcgctgcttcgcagacaggcagaa 240

Query: 241 cttgatggtatgcctgcgatcaatgccaaacgtgtttaccggctcatgcgccagaatgcg 300
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 241 cttgatggtatgcctgcgatcaatgccaaacgtgtttaccggctcatgcgccagaatgcg 300

Query: 301 ctgttgcttgagcgaaaacctgctgtaccgccatcgaaacgggcacatacaggcagagtg 360
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 301 ctgttgcttgagcgaaaacctgctgtaccgccatcgaaacgggcacatacaggcagagtg 360

Query: 361 gccgtgaaagaaagcaatcagcgatggtgctctgacgggttcgagttctgctgtgataac 420
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 361 gccgtgaaagaaagcaatcagcgatggtgctctgacgggttcgagttctgctgtgataac 420

Query: 421 ggagaga--ctgcgtgtcacgttcgcgctggactgctgtgatcgtgaggcactgcactgg 478
           |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 421 ggagagagactgcgtgtcacgttcgcgctggactgctgtgatcgtgaggcactgcactgg 480

Query: 479 gcggtgactaccggcggcttcaacagtgaaacagtacaggacgtcatgctgggagcggtg 538
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 481 gcggtgactaccggcggcttcaacagtgaaacagtacaggacgtcatgctgggagcggtg 540

Query: 539 gaacgccgcttcggcaacgatcttccgtcgtctccagtggagtggctgacggataatggt 598
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 541 gaacgccgcttcggcaacgatcttccgtcgtctccagtggagtggctgacggataatggt 600

Query: 599 tcatgctaccgggctaatgaaacacgccagttcgctcggatgttgggacttgaaccgaag 658
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 601 tcatgctaccgggctaatgaaacacgccagttcgcccggatgttgggacttgaaccgaag 660

Query: 659 aacacggcggtgcgtagtccggagagtaacggaatagcagagagcttcgtgaaaacgata 718
           |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 661 aacacggcggtgcggagtccggagagtaacggaatagcagagagcttcgtgaaaacgata 720

Query: 719 aagcgtgactacatcagtatcatgcccaaaccagacgggttaacggcagcaaagaacctt 778
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 721 aagcgtgactacatcagtatcatgcccaaaccagacgggttaacggcagcaaagaacctt 780

Query: 779 gcagaggcgttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcg 838
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 781 gcagaggcgttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcg 840

Query: 839 ccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaataggttaagtgataacagatgtctggaa 898
           ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 841 ccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaa 900

Query: 899 ata 901
           |||
Sbjct: 901 ata 903

4) SFxv_2954 in NC_017328


>NC_004741_P2|4|G4|161486395|NP_839218.2|Shigella_flexneri_2a_str._2457T|+|3846..4751|-|S4050|insertion 
          Length = 906

 Score = 1728 bits (4458), Expect = 0.0
 Identities = 884/886 (100%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 1   attgcccggggatggggagtaagcttagtcagccgttgtctccgggtgtcgcgtgcgcag 60
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 22  attgcccggggatggggagtaagcttagtcagccgttgtctccgggtgtcgcgtgcgcag 81

Query: 61  ttgcacgtcattctcagacgaaccgatgactggatggatggccgccgcagtcgtcacact 120
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 82  ttgcacgtcattctcagacgaaccgatgactggatggatggccgccgcagtcgtcacact 141

Query: 121 gatgatacggatgtgcttctccgtatacaccatgttatcggagagctgcccacgtatggt 180
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 142 gatgatacggatgtgcttctccgtatacaccatgttatcggagagctgcccacgtatggt 201

Query: 181 tatcgtcgggtatgggcgctgcttcgcagacaggcagaacttgatggtatgcctgcgatc 240
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 202 tatcgtcgggtatgggcgctgcttcgcagacaggcagaacttgatggtatgcctgcgatc 261

Query: 241 aatgccaaacgtgtttaccggctcatgcgccagaatgcgctgttgcttgagcgaaaacct 300
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 262 aatgccaaacgtgtttaccggctcatgcgccagaatgcgctgttgcttgagcgaaaacct 321

Query: 301 tgctgtaccgccatcgaaacgggcacatacaggcagagtggccgtgaaagaaagcaatca 360
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 322 -gctgtaccgccatcgaaacgggcacatacaggcagagtggccgtgaaagaaagcaatca 380

Query: 361 gcgatggtgctctgacgggttcgagttctgctgtgataacggagagagactgcgtgtcac 420
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 381 gcgatggtgctctgacgggttcgagttctgctgtgataacggagagagactgcgtgtcac 440

Query: 421 gttcgcgctggactgctgtgatcgtgaggcactgcactgggcggtgactaccggcggctt 480
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 441 gttcgcgctggactgctgtgatcgtgaggcactgcactgggcggtgactaccggcggctt 500

Query: 481 caacagtgaaacagtacaggacgtcatgctgggagcggtggaacgccgcttcggcaacga 540
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 501 caacagtgaaacagtacaggacgtcatgctgggagcggtggaacgccgcttcggcaacga 560

Query: 541 tcttccgtcgtctccagtggagtggctgacggataatggttcatgctaccgggctaatga 600
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 561 tcttccgtcgtctccagtggagtggctgacggataatggttcatgctaccgggctaatga 620

Query: 601 aacacgccagttcgcccggatgttgggacttgaaccgaagaacacggcggtgcgtagtcc 660
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct: 621 aacacgccagttcgcccggatgttgggacttgaaccgaagaacacggcggtgcggagtcc 680

Query: 661 ggagagtaacggaatagcagagagcttcgtgaaaacgataaagcgtgactacatcagtat 720
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 681 ggagagtaacggaatagcagagagcttcgtgaaaacgataaagcgtgactacatcagtat 740

Query: 721 catgcccaaaccagacgggttaacggcagcaaagaaccttgcagaggcgttcgagcatta 780
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 741 catgcccaaaccagacgggttaacggcagcaaagaaccttgcagaggcgttcgagcatta 800

Query: 781 taacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggca 840
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 801 taacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggca 860

Query: 841 gcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatatag 886
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 861 gcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatatag 906

5) SFxv_3829 in NC_017328


>NC_004741_P2|4|G4|161486395|NP_839218.2|Shigella_flexneri_2a_str._2457T|+|3846..4751|-|S4050|insertion 
          Length = 906

 Score = 1728 bits (4459), Expect = 0.0
 Identities = 884/886 (100%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 1   attgcccggggatggggagtaagcttagtcagccgttgtctccgggtgtcgcgtgcgcag 60
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 22  attgcccggggatggggagtaagcttagtcagccgttgtctccgggtgtcgcgtgcgcag 81

Query: 61  ttgcacgtcattctcagacgaaccgatgactggatggatggccgccgcagtcgtcacact 120
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 82  ttgcacgtcattctcagacgaaccgatgactggatggatggccgccgcagtcgtcacact 141

Query: 121 gatgatacggatgtgcttctccgtatacaccatgttatcggagagctgcccacgtatggt 180
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 142 gatgatacggatgtgcttctccgtatacaccatgttatcggagagctgcccacgtatggt 201

Query: 181 tatcgtcgggtatgggcgctgcttcgcagacaggcagaacttgatggtatgcctgcgatc 240
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 202 tatcgtcgggtatgggcgctgcttcgcagacaggcagaacttgatggtatgcctgcgatc 261

Query: 241 aatgccaaacgtgtttaccggctcatgcgccagaatggcgctgttgcttgagcgaaaacc 300
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct: 262 aatgccaaacgtgtttaccggctcatgcgccagaatg-cgctgttgcttgagcgaaaacc 320

Query: 301 tgctgtaccgccatcgaaacgggcacatacaggcagagtggccgtgaaagaaagcaatca 360
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 321 tgctgtaccgccatcgaaacgggcacatacaggcagagtggccgtgaaagaaagcaatca 380

Query: 361 gcgatggtgctctgacgggttcgagttctgctgtgataacggagagagactgcgtgtcac 420
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 381 gcgatggtgctctgacgggttcgagttctgctgtgataacggagagagactgcgtgtcac 440

Query: 421 gttcgcgctggactgctgtgatcgtgaggcactgcactgggcggtgactaccggcggctt 480
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 441 gttcgcgctggactgctgtgatcgtgaggcactgcactgggcggtgactaccggcggctt 500

Query: 481 caacagtgaaacagtacaggacgtcatgctgggagcggtggaacgccgcttcggcaacga 540
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 501 caacagtgaaacagtacaggacgtcatgctgggagcggtggaacgccgcttcggcaacga 560

Query: 541 tcttccgtcgtctccagtggagtggctgacggataatggttcatgctaccgggctaatga 600
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 561 tcttccgtcgtctccagtggagtggctgacggataatggttcatgctaccgggctaatga 620

Query: 601 aacacgccagttcgcccggatgttgggacttgaaccgaagaacacggcggtgcggagtcc 660
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 621 aacacgccagttcgcccggatgttgggacttgaaccgaagaacacggcggtgcggagtcc 680

Query: 661 ggagagtaacggaatagcagagagcttcgtgaaaacgataaagcgtgactacatcagtat 720
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 681 ggagagtaacggaatagcagagagcttcgtgaaaacgataaagcgtgactacatcagtat 740

Query: 721 catgcccaaaccagacgggttaacggcagcaaagaaccttgcagaggcgttcgagcatta 780
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 741 catgcccaaaccagacgggttaacggcagcaaagaaccttgcagaggcgttcgagcatta 800

Query: 781 taacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggca 840
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 801 taacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggca 860

Query: 841 gcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaactatag 886
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct: 861 gcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatatag 906

6) SFxv_4138 in NC_017328


>NC_004741_P2|4|G4|161486395|NP_839218.2|Shigella_flexneri_2a_str._2457T|+|3846..4751|-|S4050|insertion 
          Length = 906

 Score = 1723 bits (4447), Expect = 0.0
 Identities = 885/887 (100%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 1   attgcccggggatggggagtaagcttagtcagccgttgtctccgggtgtcgcgtgcgcag 60
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 22  attgcccggggatggggagtaagcttagtcagccgttgtctccgggtgtcgcgtgcgcag 81

Query: 61  ttgcacgtcattctcagacgaaccgatgactggatggatggcccgccgcagtcgtcacac 120
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct: 82  ttgcacgtcattctcagacgaaccgatgactggatggatggcc-gccgcagtcgtcacac 140

Query: 121 tgatgatacggatgtgcttctccgtatacaccatgttatcggagagctgcccacgtatgg 180
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 141 tgatgatacggatgtgcttctccgtatacaccatgttatcggagagctgcccacgtatgg 200

Query: 181 ttatcgtcgggtatgggcgctgcttcgcagacaggcaggaacttgatggtatgcctgcga 240
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct: 201 ttatcgtcgggtatgggcgctgcttcgcagacaggcag-aacttgatggtatgcctgcga 259

Query: 241 tcaatgccaaacgtgtttaccggctcatgcgccagaatgcgctgttgcttgagcgaaaac 300
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 260 tcaatgccaaacgtgtttaccggctcatgcgccagaatgcgctgttgcttgagcgaaaac 319

Query: 301 ctgctgtaccgccatcgaaacgggcacatacaggcagagtggccgtgaaagaaagcaatc 360
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 320 ctgctgtaccgccatcgaaacgggcacatacaggcagagtggccgtgaaagaaagcaatc 379

Query: 361 agcgatggtgctctgacgggttcgagttctgctgtgataacggagagagactgcgtgtca 420
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 380 agcgatggtgctctgacgggttcgagttctgctgtgataacggagagagactgcgtgtca 439

Query: 421 cgttcgcgctggactgctgtgatcgtgaggcactgcactgggcggtgactaccggcggct 480
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 440 cgttcgcgctggactgctgtgatcgtgaggcactgcactgggcggtgactaccggcggct 499

Query: 481 tcaacagtgaaacagtacaggacgtcatgctgggagcggtggaacgccgcttcggcaacg 540
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 500 tcaacagtgaaacagtacaggacgtcatgctgggagcggtggaacgccgcttcggcaacg 559

Query: 541 atcttccgtcgtctccagtggagtggctgacggataatggttcatgctaccgggctaatg 600
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 560 atcttccgtcgtctccagtggagtggctgacggataatggttcatgctaccgggctaatg 619

Query: 601 aaacacgccagttcgcccggatgttgggacttgaaccgaagaacacggcggtgcggagtc 660
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 620 aaacacgccagttcgcccggatgttgggacttgaaccgaagaacacggcggtgcggagtc 679

Query: 661 cggagagtaacggaatagcagagagcttcgtgaaaacgataaagcgtgactacatcagta 720
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 680 cggagagtaacggaatagcagagagcttcgtgaaaacgataaagcgtgactacatcagta 739

Query: 721 tcatgcccaaaccagacgggttaacggcagcaaagaaccttgcagaggcgttcgagcatt 780
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 740 tcatgcccaaaccagacgggttaacggcagcaaagaaccttgcagaggcgttcgagcatt 799

Query: 781 ataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggc 840
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 800 ataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggc 859

Query: 841 agcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatatag 887
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 860 agcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatatag 906

7) SF3184 in NC_004337


>NC_004741_P2|4|G4|161486395|NP_839218.2|Shigella_flexneri_2a_str._2457T|+|3846..4751|-|S4050|insertion 
          Length = 906

 Score = 1625 bits (4194), Expect = 0.0
 Identities = 837/841 (100%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 1   gtgtcgcgtgcgcagttgcacgtcattctcagacgaaccgatgactggatggatggccgc 60
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 67  gtgtcgcgtgcgcagttgcacgtcattctcagacgaaccgatgactggatggatggccgc 126

Query: 61  cgcagtcgtcacactgatgatacggatgtgcttctccgtatacaccatgttatcggagag 120
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 127 cgcagtcgtcacactgatgatacggatgtgcttctccgtatacaccatgttatcggagag 186

Query: 121 ctgcccacgtatggttatcgtcgggtatgggcgctgcttcgcagacaggcagaacttgat 180
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 187 ctgcccacgtatggttatcgtcgggtatgggcgctgcttcgcagacaggcagaacttgat 246

Query: 181 ggtatgcctgcgatcaatgccaaacgtgtttaccggctcatgcgccagaatgcgctgttg 240
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 247 ggtatgcctgcgatcaatgccaaacgtgtttaccggctcatgcgccagaatgcgctgttg 306

Query: 241 cttgagcgaaaacctgctgtaccgccatcgaaacgggcacatacaggcagagtggccgtg 300
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 307 cttgagcgaaaacctgctgtaccgccatcgaaacgggcacatacaggcagagtggccgtg 366

Query: 301 aaagaaagcaatcagcgatggtgctctgacgggttcgagttctgctgtcgataacggaga 360
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct: 367 aaagaaagcaatcagcgatggtgctctgacgggttcgagttctgctgt-gataacggaga 425

Query: 361 gagactg-gtgtcacgttcgcgctggactgctgtgatcgtgaggcactgcactgggcggt 419
           ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 426 gagactgcgtgtcacgttcgcgctggactgctgtgatcgtgaggcactgcactgggcggt 485

Query: 420 gactaccggcggcttcaacagtgaaacagtacaggacgtcatgctgggagcggtggaacg 479
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 486 gactaccggcggcttcaacagtgaaacagtacaggacgtcatgctgggagcggtggaacg 545

Query: 480 ccgcttcggcaacgatcttccgtcgtctccagtggagtggctgacggataatggttcatg 539
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 546 ccgcttcggcaacgatcttccgtcgtctccagtggagtggctgacggataatggttcatg 605

Query: 540 ctaccgggctaatgaaacacgccagttcgcccggatgttgggacttgaaccgaagaacac 599
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 606 ctaccgggctaatgaaacacgccagttcgcccggatgttgggacttgaaccgaagaacac 665

Query: 600 ggcggtgcgtagtccggagagtaacggaatagcagagagcttcgtgaaaacgataaagcg 659
           ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 666 ggcggtgcggagtccggagagtaacggaatagcagagagcttcgtgaaaacgataaagcg 725

Query: 660 tgactacatcagtatcatgcccaaaccagacgggttaacggcagcaaagaaccttgcaga 719
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 726 tgactacatcagtatcatgcccaaaccagacgggttaacggcagcaaagaaccttgcaga 785

Query: 720 ggcgttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacg 779
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 786 ggcgttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacg 845

Query: 780 ggaatatctgcggcagcgggcttgtaataggttaagtgataacagatgtctggaaatata 839
           |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 846 ggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatata 905

Query: 840 g 840
           |
Sbjct: 906 g 906

8) EC042_4758 in NC_017626


>NC_004741_P2|4|G4|161486395|NP_839218.2|Shigella_flexneri_2a_str._2457T|+|3846..4751|-|S4050|insertion 
          Length = 906

 Score = 1521 bits (3925), Expect = 0.0
 Identities = 801/838 (96%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 1   gtgtcgcgtgcgcagttgcacgtaattctcagacgaaccgatgactggaaagatggtcgc 60
           ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||
Sbjct: 67  gtgtcgcgtgcgcagttgcacgtcattctcagacgaaccgatgactggatggatggccgc 126

Query: 61  cgcagccgtcactcagatgatacggatgtgcttctccgtatacaccatgttatcggagag 120
           ||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 127 cgcagtcgtcacactgatgatacggatgtgcttctccgtatacaccatgttatcggagag 186

Query: 121 ctgcccacgtatggttatcgtcgggtatgggcgctgcttcgcagacaggccgaacttgat 180
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct: 187 ctgcccacgtatggttatcgtcgggtatgggcgctgcttcgcagacaggcagaacttgat 246

Query: 181 ggtatgcctgcgatcaatgccaaacgtgtttaccggatcatgcgacagaatgcgctgttg 240
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
Sbjct: 247 ggtatgcctgcgatcaatgccaaacgtgtttaccggctcatgcgccagaatgcgctgttg 306

Query: 241 cttgagcgaaaaaccgctgtaccgccatcgaaacgggcacatactggcaaagtggccgtg 300
           |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct: 307 cttgagcgaaaacctgctgtaccgccatcgaaacgggcacatacaggcagagtggccgtg 366

Query: 301 aaagaaagcaatcaacgatggtgctctgacgggttcgagttccgctgtgataacggagaa 360
           |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| 
Sbjct: 367 aaagaaagcaatcagcgatggtgctctgacgggttcgagttctgctgtgataacggagag 426

Query: 361 aaactgcgagtcacgttcgcgctggactgctgtgaccgtgaggcactgcactgggcagtc 420
           | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || 
Sbjct: 427 agactgcgtgtcacgttcgcgctggactgctgtgatcgtgaggcactgcactgggcggtg 486

Query: 421 actacgggcggcttcgacagtgaaacagtacaggacgtcatgctgggagcggtggaacgc 480
           ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 487 actaccggcggcttcaacagtgaaacagtacaggacgtcatgctgggagcggtggaacgc 546

Query: 481 cgcttcggcaacgagcttccggcgtctccagtagagtggctgacggataatggttcatgc 540
           |||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 547 cgcttcggcaacgatcttccgtcgtctccagtggagtggctgacggataatggttcatgc 606

Query: 541 taccgggctaatgaaacacggcagtttgcccggatgttggggcttgaaccgaagaacacg 600
           |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct: 607 taccgggctaatgaaacacgccagttcgcccggatgttgggacttgaaccgaagaacacg 666

Query: 601 gcggtgcggagtccggagagtaacggcatagcagagagcttcgtgaaaacgataaagcgt 660
           |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 667 gcggtgcggagtccggagagtaacggaatagcagagagcttcgtgaaaacgataaagcgt 726

Query: 661 gactacatcagtatcatgcctaaaccagacgggttaacggcagcaaagaaccttgcagag 720
           |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 727 gactacatcagtatcatgcccaaaccagacgggttaacggcagcaaagaaccttgcagag 786

Query: 721 gcgttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcactgggttatcgctcgccacgg 780
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct: 787 gcgttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgg 846

Query: 781 gaatatctgcggcagcaggccagtaatgggttaagtgataacaggtgtctggaaatat 838
           |||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct: 847 gaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatat 904

9) insD-3 in NC_012892


>NC_004741_P2|4|G4|161486395|NP_839218.2|Shigella_flexneri_2a_str._2457T|+|3846..4751|-|S4050|insertion 
          Length = 906

 Score = 1357 bits (3503), Expect = 0.0
 Identities = 693/695 (100%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 1   tatgggcgctgcttcgcagacaggcagaacttgatggtatgcctgcgatcaatgccaaac 60
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 212 tatgggcgctgcttcgcagacaggcagaacttgatggtatgcctgcgatcaatgccaaac 271

Query: 61  gtgtttaccggatcatgcgccagaatgcgctgttgcttgagcgaaaacctgctgtaccgc 120
           ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 272 gtgtttaccggctcatgcgccagaatgcgctgttgcttgagcgaaaacctgctgtaccgc 331

Query: 121 catcgaaacgggcacatacaggcagagtggccgtgaaagaaagcaatcagcgatggtgct 180
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 332 catcgaaacgggcacatacaggcagagtggccgtgaaagaaagcaatcagcgatggtgct 391

Query: 181 ctgacgggttcgagttctgctgtgataacggagagagactgcgtgtcacgttcgcgctgg 240
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 392 ctgacgggttcgagttctgctgtgataacggagagagactgcgtgtcacgttcgcgctgg 451

Query: 241 actgctgtgatcgtgaggcactgcactgggcggtcactaccggcggcttcaacagtgaaa 300
           |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 452 actgctgtgatcgtgaggcactgcactgggcggtgactaccggcggcttcaacagtgaaa 511

Query: 301 cagtacaggacgtcatgctgggagcggtggaacgccgcttcggcaacgatcttccgtcgt 360
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 512 cagtacaggacgtcatgctgggagcggtggaacgccgcttcggcaacgatcttccgtcgt 571

Query: 361 ctccagtggagtggctgacggataatggttcatgctaccgggctaatgaaacacgccagt 420
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 572 ctccagtggagtggctgacggataatggttcatgctaccgggctaatgaaacacgccagt 631

Query: 421 tcgcccggatgttgggacttgaaccgaagaacacggcggtgcggagtccggagagtaacg 480
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 632 tcgcccggatgttgggacttgaaccgaagaacacggcggtgcggagtccggagagtaacg 691

Query: 481 gaatagcagagagcttcgtgaaaacgataaagcgtgactacatcagtatcatgcccaaac 540
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 692 gaatagcagagagcttcgtgaaaacgataaagcgtgactacatcagtatcatgcccaaac 751

Query: 541 cagacgggttaacggcagcaaagaaccttgcagaggcgttcgagcattataacgaatggc 600
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 752 cagacgggttaacggcagcaaagaaccttgcagaggcgttcgagcattataacgaatggc 811

Query: 601 atccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgta 660
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 812 atccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgta 871

Query: 661 atgggttaagtgataacagatgtctggaaatatag 695
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 872 atgggttaagtgataacagatgtctggaaatatag 906

10) ECBD_1653 in NC_012947


>NC_004741_P2|4|G4|161486395|NP_839218.2|Shigella_flexneri_2a_str._2457T|+|3846..4751|-|S4050|insertion 
          Length = 906

 Score = 1354 bits (3493), Expect = 0.0
 Identities = 691/693 (100%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 1   tgggcgctgcttcgcagacaggcagaacttgatggtatgcctgcgatcaatgccaaacgt 60
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 214 tgggcgctgcttcgcagacaggcagaacttgatggtatgcctgcgatcaatgccaaacgt 273

Query: 61  gtttaccggatcatgcgccagaatgcgctgttgcttgagcgaaaacctgctgtaccgcca 120
           ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 274 gtttaccggctcatgcgccagaatgcgctgttgcttgagcgaaaacctgctgtaccgcca 333

Query: 121 tcgaaacgggcacatacaggcagagtggccgtgaaagaaagcaatcagcgatggtgctct 180
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 334 tcgaaacgggcacatacaggcagagtggccgtgaaagaaagcaatcagcgatggtgctct 393

Query: 181 gacgggttcgagttctgctgtgataacggagagagactgcgtgtcacgttcgcgctggac 240
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 394 gacgggttcgagttctgctgtgataacggagagagactgcgtgtcacgttcgcgctggac 453

Query: 241 tgctgtgatcgtgaggcactgcactgggcggtcactaccggcggcttcaacagtgaaaca 300
           |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 454 tgctgtgatcgtgaggcactgcactgggcggtgactaccggcggcttcaacagtgaaaca 513

Query: 301 gtacaggacgtcatgctgggagcggtggaacgccgcttcggcaacgatcttccgtcgtct 360
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 514 gtacaggacgtcatgctgggagcggtggaacgccgcttcggcaacgatcttccgtcgtct 573

Query: 361 ccagtggagtggctgacggataatggttcatgctaccgggctaatgaaacacgccagttc 420
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 574 ccagtggagtggctgacggataatggttcatgctaccgggctaatgaaacacgccagttc 633

Query: 421 gcccggatgttgggacttgaaccgaagaacacggcggtgcggagtccggagagtaacgga 480
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 634 gcccggatgttgggacttgaaccgaagaacacggcggtgcggagtccggagagtaacgga 693

Query: 481 atagcagagagcttcgtgaaaacgataaagcgtgactacatcagtatcatgcccaaacca 540
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 694 atagcagagagcttcgtgaaaacgataaagcgtgactacatcagtatcatgcccaaacca 753

Query: 541 gacgggttaacggcagcaaagaaccttgcagaggcgttcgagcattataacgaatggcat 600
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 754 gacgggttaacggcagcaaagaaccttgcagaggcgttcgagcattataacgaatggcat 813

Query: 601 ccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaat 660
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 814 ccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaat 873

Query: 661 gggttaagtgataacagatgtctggaaatatag 693
           |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 874 gggttaagtgataacagatgtctggaaatatag 906

11) insD1 in NC_000913


>NC_004741_P2|4|G4|161486395|NP_839218.2|Shigella_flexneri_2a_str._2457T|+|3846..4751|-|S4050|insertion 
          Length = 906

 Score = 1354 bits (3493), Expect = 0.0
 Identities = 691/693 (100%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 1   tgggcgctgcttcgcagacaggcagaacttgatggtatgcctgcgatcaatgccaaacgt 60
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 214 tgggcgctgcttcgcagacaggcagaacttgatggtatgcctgcgatcaatgccaaacgt 273

Query: 61  gtttaccggatcatgcgccagaatgcgctgttgcttgagcgaaaacctgctgtaccgcca 120
           ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 274 gtttaccggctcatgcgccagaatgcgctgttgcttgagcgaaaacctgctgtaccgcca 333

Query: 121 tcgaaacgggcacatacaggcagagtggccgtgaaagaaagcaatcagcgatggtgctct 180
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 334 tcgaaacgggcacatacaggcagagtggccgtgaaagaaagcaatcagcgatggtgctct 393

Query: 181 gacgggttcgagttctgctgtgataacggagagagactgcgtgtcacgttcgcgctggac 240
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 394 gacgggttcgagttctgctgtgataacggagagagactgcgtgtcacgttcgcgctggac 453

Query: 241 tgctgtgatcgtgaggcactgcactgggcggtcactaccggcggcttcaacagtgaaaca 300
           |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 454 tgctgtgatcgtgaggcactgcactgggcggtgactaccggcggcttcaacagtgaaaca 513

Query: 301 gtacaggacgtcatgctgggagcggtggaacgccgcttcggcaacgatcttccgtcgtct 360
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 514 gtacaggacgtcatgctgggagcggtggaacgccgcttcggcaacgatcttccgtcgtct 573

Query: 361 ccagtggagtggctgacggataatggttcatgctaccgggctaatgaaacacgccagttc 420
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 574 ccagtggagtggctgacggataatggttcatgctaccgggctaatgaaacacgccagttc 633

Query: 421 gcccggatgttgggacttgaaccgaagaacacggcggtgcggagtccggagagtaacgga 480
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 634 gcccggatgttgggacttgaaccgaagaacacggcggtgcggagtccggagagtaacgga 693

Query: 481 atagcagagagcttcgtgaaaacgataaagcgtgactacatcagtatcatgcccaaacca 540
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 694 atagcagagagcttcgtgaaaacgataaagcgtgactacatcagtatcatgcccaaacca 753

Query: 541 gacgggttaacggcagcaaagaaccttgcagaggcgttcgagcattataacgaatggcat 600
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 754 gacgggttaacggcagcaaagaaccttgcagaggcgttcgagcattataacgaatggcat 813

Query: 601 ccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaat 660
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 814 ccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaat 873

Query: 661 gggttaagtgataacagatgtctggaaatatag 693
           |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 874 gggttaagtgataacagatgtctggaaatatag 906

12) insD-7 in NC_010473


>NC_004741_P2|4|G4|161486395|NP_839218.2|Shigella_flexneri_2a_str._2457T|+|3846..4751|-|S4050|insertion 
          Length = 906

 Score = 1283 bits (3310), Expect = 0.0
 Identities = 655/657 (100%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 1   atgcctgcgatcaatgccaaacgtgtttaccggatcatgcgccagaatgcgctgttgctt 60
           ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 250 atgcctgcgatcaatgccaaacgtgtttaccggctcatgcgccagaatgcgctgttgctt 309

Query: 61  gagcgaaaacctgctgtaccgccatcgaaacgggcacatacaggcagagtggccgtgaaa 120
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 310 gagcgaaaacctgctgtaccgccatcgaaacgggcacatacaggcagagtggccgtgaaa 369

Query: 121 gaaagcaatcagcgatggtgctctgacgggttcgagttctgctgtgataacggagagaga 180
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 370 gaaagcaatcagcgatggtgctctgacgggttcgagttctgctgtgataacggagagaga 429

Query: 181 ctgcgtgtcacgttcgcgctggactgctgtgatcgtgaggcactgcactgggcggtcact 240
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct: 430 ctgcgtgtcacgttcgcgctggactgctgtgatcgtgaggcactgcactgggcggtgact 489

Query: 241 accggcggcttcaacagtgaaacagtacaggacgtcatgctgggagcggtggaacgccgc 300
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 490 accggcggcttcaacagtgaaacagtacaggacgtcatgctgggagcggtggaacgccgc 549

Query: 301 ttcggcaacgatcttccgtcgtctccagtggagtggctgacggataatggttcatgctac 360
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 550 ttcggcaacgatcttccgtcgtctccagtggagtggctgacggataatggttcatgctac 609

Query: 361 cgggctaatgaaacacgccagttcgcccggatgttgggacttgaaccgaagaacacggcg 420
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 610 cgggctaatgaaacacgccagttcgcccggatgttgggacttgaaccgaagaacacggcg 669

Query: 421 gtgcggagtccggagagtaacggaatagcagagagcttcgtgaaaacgataaagcgtgac 480
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 670 gtgcggagtccggagagtaacggaatagcagagagcttcgtgaaaacgataaagcgtgac 729

Query: 481 tacatcagtatcatgcccaaaccagacgggttaacggcagcaaagaaccttgcagaggcg 540
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 730 tacatcagtatcatgcccaaaccagacgggttaacggcagcaaagaaccttgcagaggcg 789

Query: 541 ttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaa 600
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 790 ttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaa 849

Query: 601 tatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatatag 657
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 850 tatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatatag 906

13) ECO103_4518 in NC_013353


>NC_004741_P2|4|G4|161486395|NP_839218.2|Shigella_flexneri_2a_str._2457T|+|3846..4751|-|S4050|insertion 
          Length = 906

 Score = 1262 bits (3258), Expect = 0.0
 Identities = 643/645 (100%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 1   gtggatagcgcacgcgcccttattgcccggggatggggagtaagcttagtcagccgttgt 60
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1   gtggatagcgcacgcgcccttattgcccggggatggggagtaagcttagtcagccgttgt 60

Query: 61  ctccgggtgtcgcgtgcgcagttgcacgtcattctcagacgaaccgatgactggatggat 120
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 61  ctccgggtgtcgcgtgcgcagttgcacgtcattctcagacgaaccgatgactggatggat 120

Query: 121 ggccgccgcagtcgtcacactgatgatacggatgtgcttctccgtatacaccatgttatc 180
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 121 ggccgccgcagtcgtcacactgatgatacggatgtgcttctccgtatacaccatgttatc 180

Query: 181 ggagagctgcccacgtatggttatcgtcgggtatgggcgctgcttcgcagacaggcagaa 240
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 181 ggagagctgcccacgtatggttatcgtcgggtatgggcgctgcttcgcagacaggcagaa 240

Query: 241 cttgatggtatgcctgcgatcaatgccaaacgtgtttaccggatcatgcgccagaatgcg 300
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct: 241 cttgatggtatgcctgcgatcaatgccaaacgtgtttaccggctcatgcgccagaatgcg 300

Query: 301 ctgttgcttgagcgaaaacctgctgtaccgccatcgaaacgggcacatacaggcagagtg 360
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 301 ctgttgcttgagcgaaaacctgctgtaccgccatcgaaacgggcacatacaggcagagtg 360

Query: 361 gccgtgaaagaaagcaatcagcgatggtgctctgacgggttcgagttctgctgtgataac 420
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 361 gccgtgaaagaaagcaatcagcgatggtgctctgacgggttcgagttctgctgtgataac 420

Query: 421 ggagagagactgcgtgtcacgttcgcgctggactgctgtgatcgtgaggcactgcactgg 480
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 421 ggagagagactgcgtgtcacgttcgcgctggactgctgtgatcgtgaggcactgcactgg 480

Query: 481 gcggtgactaccggcggcttcaacagtgaaacagtacaggacgtcatgctgggagcggtg 540
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 481 gcggtgactaccggcggcttcaacagtgaaacagtacaggacgtcatgctgggagcggtg 540

Query: 541 gaacgccgcttcggcaacgatcttccgtcgtctccagtggagtggctgacggataatggt 600
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 541 gaacgccgcttcggcaacgatcttccgtcgtctccagtggagtggctgacggataatggt 600

Query: 601 tcatgctaccgggctaatgaaacacgccagttcgcccggatgtag 645
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct: 601 tcatgctaccgggctaatgaaacacgccagttcgcccggatgttg 645

14) unnamed in NC_017640


>NC_004741_P2|4|G4|161486395|NP_839218.2|Shigella_flexneri_2a_str._2457T|+|3846..4751|-|S4050|insertion 
          Length = 906

 Score = 709 bits (1831), Expect = e-205
 Identities = 425/501 (85%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 206 ttct-ctgtgataacggagaaaaactgtgtgtcacgttcgtgctggactgcggcgatcgt 264
           |||| ||||||||||||||| | |||| |||||||||||| |||||||||| | ||||||
Sbjct: 406 ttctgctgtgataacggagagagactgcgtgtcacgttcgcgctggactgctgtgatcgt 465

Query: 265 gaggctctgcactgggcggtcagctcgggcggcttcggcagtgaaactgttcaggatatc 324
           ||||| |||||||||||||| |   | |||||||||  ||||||||| || |||||  ||
Sbjct: 466 gaggcactgcactgggcggtgactaccggcggcttcaacagtgaaacagtacaggacgtc 525

Query: 325 atgctgggtatggtggagcactgcttcggcaacggtcttccgatatcgctagtggaatgg 384
           ||||||||   |||||| | | |||||||||||| |||||||   || | |||||| |||
Sbjct: 526 atgctgggagcggtggaacgccgcttcggcaacgatcttccgtcgtctccagtggagtgg 585

Query: 385 ctgacatataatggctcatgttaccgggctaatgaaacatgtcagttcgtgcggatgttg 444
           |||||  ||||||| ||||| |||||||||||||||||| | |||||||  |||||||||
Sbjct: 586 ctgacggataatggttcatgctaccgggctaatgaaacacgccagttcgcccggatgttg 645

Query: 445 ggggttgaaccgaa-aacacgtcgttgtggagtccggagagtaacggcatagcagagagc 503
           ||  |||||||||| |||||| || || ||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct: 646 ggacttgaaccgaagaacacggcggtgcggagtccggagagtaacggaatagcagagagc 705

Query: 504 ttcgtgaaaacgataaagcgtgactacatcagtatcatgccgaagcaagacaggttaacg 563
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||| ||||||||
Sbjct: 706 ttcgtgaaaacgataaagcgtgactacatcagtatcatgcccaaaccagacgggttaacg 765

Query: 564 acagcaaagaaccttgcggaggcattcgagtaatataacgaatgtttttttcattgtgtg 623
            |||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||||   |   ||| ||| |
Sbjct: 766 gcagcaaagaaccttgcagaggcgttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcg 825

Query: 624 caggggtatcgctcgagacggggatatcttcggcagcgggcaagtaatgattaaagtgat 683
           | ||| |||||||||  ||||| |||||| |||||||||||  ||||||  | |||||||
Sbjct: 826 ctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgat 885

Query: 684 aacagatatctggaaatatag 704
           ||||||| |||||||||||||
Sbjct: 886 aacagatgtctggaaatatag 906


 Score = 259 bits (669), Expect = 3e-69
 Identities = 146/164 (89%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 35  cagaacttgatggaatgtctgcgatcaacgccaaacgtatttatcggatcatgcgtcaga 94
           ||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||| ||||
Sbjct: 236 cagaacttgatggtatgcctgcgatcaatgccaaacgtgtttaccggctcatgcgccaga 295

Query: 95  atgcgctgttgcttgaacgtaaacctgcgctaccgccatcgaaacgggcatataccggta 154
           |||||||||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||||||| |||| || |
Sbjct: 296 atgcgctgttgcttgagcgaaaacctgctgtaccgccatcgaaacgggcacatacaggca 355

Query: 155 gcgtggcggtgacagaaagcaattagcgatggtgctctgacggg 198
           | ||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct: 356 gagtggccgtgaaagaaagcaatcagcgatggtgctctgacggg 399


 Score = 53 bits (135), Expect = 5e-07
 Identities = 27/28 (96%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 1   tggttatcgttgggtatgggcgctgctt 28
           |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct: 198 tggttatcgtcgggtatgggcgctgctt 225