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PAthogenisity Island DataBase (PAI DB)

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Homologs of pip gene of NC_006905_P3

DNA-level

Hit (GenBank Accn)

Product

Source Genome

Eval.

Ident.(%)

1) SeD_A1962
( - )

NC_011205
(Salmonella enterica CT_02021853)

0.0

99.6

2) SPUCDC_1197
( - )

NC_022221
(Salmonella enterica CDC1983-67)

0.0

99.4

3) SPUL_1197
( - )

NC_016831
(Salmonella enterica RKS5078)

0.0

99.4

4) SeAg_B1791
( - )

NC_011149
(Salmonella enterica SL483)

0.0

99.2

5) STY1742
( - )

putative pathogenicity island protein (pseudogene)

NC_003198
(Salmonella enterica CT18)

e-221

98.8

6) t1248
( - )

NC_004631
(Salmonella enterica Ty2)

e-221

98.8

• Sequence Alignments

1) SeD_A1962 in NC_011205


>NC_006905_P3|3|G3|62179971|YP_216388.1|Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Choleraesuis_str._SC-B67|-|3180..4073|pip|SC1401|hydrolase 
          Length = 894

 Score = 1740 bits (4490), Expect = 0.0
 Identities = 890/894 (100%)
 Strand = Plus / Plus

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           |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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           ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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           |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
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           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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2) SPUCDC_1197 in NC_022221


>NC_006905_P3|3|G3|62179971|YP_216388.1|Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Choleraesuis_str._SC-B67|-|3180..4073|pip|SC1401|hydrolase 
          Length = 894

 Score = 1737 bits (4483), Expect = 0.0
 Identities = 889/894 (99%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 1   atgaatgatacttatctctatggcgaaatgttttctgaaaacatattgacaagctatcgg 60
           |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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3) SPUL_1197 in NC_016831


>NC_006905_P3|3|G3|62179971|YP_216388.1|Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Choleraesuis_str._SC-B67|-|3180..4073|pip|SC1401|hydrolase 
          Length = 894

 Score = 1737 bits (4483), Expect = 0.0
 Identities = 889/894 (99%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 1   atgaatgatacttatctctatggcgaaatgttttctgaaaacatattgacaagctatcgg 60
           |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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4) SeAg_B1791 in NC_011149


>NC_006905_P3|3|G3|62179971|YP_216388.1|Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Choleraesuis_str._SC-B67|-|3180..4073|pip|SC1401|hydrolase 
          Length = 894

 Score = 1731 bits (4466), Expect = 0.0
 Identities = 887/894 (99%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 1   atgaatgatacttatctctatggcgaaatgttttctgaaaacatattgacaagctatcgg 60
           |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
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Query: 241 tggactattgcgcgttatctccgtcaattaacccaattaattcatcacctgggtattgga 300
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Query: 421 tggcaacaggaagccatacggctctttaacgctctgacgccaatgtccgatgacgatatc 480
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Sbjct: 421 tggcaacaggaagccatacggctctttaacgctctgacgccaatgtccgatgacgatatc 480

Query: 481 aaaaacgtcattatgcccgccgtcatttatcaaaacccaccggaacagctggtcgcttat 540
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 481 aaaaacgtcattatgcccgccgtcatttatcaaaacccaccggaacagctggtcgcttat 540

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           |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
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Query: 601 cagttcgccgccgaccctacgggttatcacattttatggggaaccaatgaactggcggca 660
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           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
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Query: 781 cacatttcagactgccgcgcggtcactattcctggcagcagccataacccgcatgaagaa 840
           |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 781 cacatttcagactgccgcgcggtcactattcccggcagcagccataacccgcatgaagaa 840

Query: 841 aatatcgcgccctgcctcgcagcggtaagcgcgtttttacgcgatctggcataa 894
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 841 aatatcgcgccctgcctcgcagcggtaagcgcgtttttacgcgatctggcataa 894

5) STY1742 in NC_003198


>NC_006905_P3|3|G3|62179971|YP_216388.1|Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Choleraesuis_str._SC-B67|-|3180..4073|pip|SC1401|hydrolase 
          Length = 894

 Score = 763 bits (1968), Expect = e-221
 Identities = 393/398 (99%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 1   atgaatgatacttatctctatggcgaaatgttttctgaaaacatattgacaagctatcgg 60
           |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1   atgaatgatacttatctctatggcaaaatgttttctgaaaacatattgacaagctatcgg 60

Query: 61  atttatggcgacagaaaatcattactcacgccgctcattatccttcatggcggcccttct 120
           |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 61  atttatggagacagaaaatcattactcacgccgctcattatccttcatggcggcccttct 120

Query: 121 ggcggctttgattatttattaaattatcgccgtctggctgatgacgggcgcatggtaata 180
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 121 ggcggctttgattatttattaaattatcgccgtctggctgatgacgggcgcatggtaata 180

Query: 181 ttttacgatcaatatggttgcggtcgttcaacgcattttcctcatgccgacgcgtctttc 240
           ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct: 181 ttttacgatcaatatggctgcggtcgttcaacgcattttcctcatgctgacgcgtctttc 240

Query: 241 tggactattgcgcgttatctccgtcaattaacccaattaattcatcacctgggtattggg 300
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct: 241 tggactattgcgcgttatctccgtcaattaacccaattaattcatcacctgggtattgga 300

Query: 301 cacgggtattcgatactgggacattcctggggcggaatgcttgccgcagagcacgcctgc 360
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 301 cacgggtattcgatactgggacattcctggggcggaatgcttgccgcagagcacgcctgc 360

Query: 361 ttacagcctgccgggcttcgcgggacgatactggccag 398
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 361 ttacagcctgccgggcttcgcgggacgatactggccag 398


 Score = 510 bits (1317), Expect = e-145
 Identities = 262/265 (99%)
 Strand = Plus / Plus

Query: 399 ttcgccgccgaccctacgggttatcacattttatggggaaccaatgaactggcggcaaat 458
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 604 ttcgccgccgaccctacgggttatcacattttatggggaaccaatgaactggcggcaaat 663

Query: 459 ggcaaacttgccgactgggatattacgccccatttgtgccagatacgctgtcctgttctg 518
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Sbjct: 664 ggcaaacttgccgactgggatattacgccccatttgtgccagatacgctgtcctgttctg 723

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6) t1248 in NC_004631


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