PAI Gene Information


Name : pdpD1 (FTT_1360c)
Accession : YP_170312.1
PAI name : FPI
PAI accession : NC_006570_P1
Strain : Francisella tularensis F92
Virulence or Resistance: Not determined
Product : hypothetical protein
Function : -
Note : Similar to AAP58961.1 (Q7C3J6) PdpD from Francisella novicida (1245 aa). BLAST Score = 2194, Expect = 0.0 Identities = 1133/1245 (91), Positives = 1154/1245 (92), Gaps = 50/1245 (4) Identical to FTT1715. It is part of the duplicated region 1374371..140828
Homologs in the searched genomes :   20 hits    ( 20 protein-level )  
Publication :
    -Duffield,M.L., "Direct Submission", Submitted (20-MAY-2009) Duffield M.L., Biomedical Sciences, Defence Science and Technology Lab, Porton Down, Wiltshire, SP4 0JQ, UNITED KINGDOM.

    -Duffield,M.L., "Direct Submission", Submitted (25-JUN-2004) Duffield M.L., Biomedical Sciences, Defence Science and Technology Lab, Porton Down, Wiltshire, SP4 0JQ, UNITED KINGDOM REMARK revised by [3].

    -Larsson,P., Oyston,P.C., Chain,P., Chu,M.C., Duffield,M., Fuxelius,H.H., Garcia,E., Halltorp,G., Johansson,D., Isherwood,K.E., Karp,P.D., Larsson,E., Liu,Y., Michell,S., Prior,J., Prior,R., Malfatti,S., Sjostedt,A., Svensson,K., Thompson,N., Vergez,L., Wa, "The complete genome sequence of Francisella tularensis, the causative agent of tularemia", Nat. Genet. 37 (2), 153-159 (2005) PUBMED 15640799.

    -Larsson,P., Oyston,P.C., Chain,P., Chu,M.C., Duffield,M., Fuxelius,H.H., Garcia,E., Halltorp,G., Johansson,D., Isherwood,K.E., Karp,P.D., Larsson,E., Liu,Y., Michell,S., Prior,J., Prior,R., Malfatti,S., Sjostedt,A., Svensson,K., Thompson,N., Vergez,L., Wa, "Direct Submission", Submitted (13-AUG-2009) National Center for Biotechnology Information, NIH, Bethesda, MD 20894, USA.


DNA sequence : 
ATGGATCAAGATATCAACGATTTATTATATGATACTAATGATTTGAAAAAAGAAAAAGTATGTGGCGGCTTTTTTGATTT
TATCAAAGCTTGGTTTTATAATGACGTTGAAAGACATATGTTTTTTGAAGATGAGATTATTGTGGCTCAGAAACTTAAAA
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TAGTGGTTGAATCGACATTTAGCTATTCGCCAGAACTCTTCAAAGAAAATCAACAAGATATTAAGCTTAACATTAAAAAC
ACGTCAGTCAGAGTACGAGATGGTAAAGTCAAGAGGGTTACCAGCATTGATAGGAATGCTAATACTGAAGCTATCTTACA
AAGTATTTATGATAATATAATTGCGTTTGATGAACAAGATTTAGAAAGACTATTTACGGGGTTTAGGATTTTAAAACAAG
AAAATTCGACAAACACTAATAAAGCCGTTTTCAATATTGGTTTAACATATCATCCAATAACTAATAATGCTTTTGTTGAA
TTTAATAAGGATCAACAAAGTTTATTGTACTCATATAATAATTTAAGCAAAGATGCGTATGTTACAAAAATTAAAAGTAT
AGTTGATGCTAAAGTTGCTTTAAACCTTAGTTTTGAACATGAAGAGATTAGAAGTTCACAAGGTTTTAGTGTCTTAGCAA
CTGTACCAGCTAGAGGATATTCTATAGATGATTTAAATAGAAAGTATAGACCAATGATCTGGGTTTAA

Protein sequence : 
MDQDINDLLYDTNDLKKEKVCGGFFDFIKAWFYNDVERHMFFEDEIIVAQKLKTMDVMANTYALERKKYFEKFLKDSHKQ
KGFFTRIKDRDFAFYKDPTRVKLWSSITDTDVYSFFIKSSVNQVLGGGNIAQLTSLPKFKFNAIASVNNENISAAANLAA
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RLVAAKSSREAKSFIYTPKFKEDSNKHLNDLGFILNTQQGSYRYLVPEIRDGLDLIREYTYPEIEQIYFGRSALSGYSKS
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