PAI Gene Information


Name : acfD
Accession : ACK75652.1
PAI name : VPI
PAI accession : FJ209014
Strain : Vibrio cholerae IEC224
Virulence or Resistance: Virulence
Product : accessory colonization factor AcfD
Function : -
Note : -
Homologs in the searched genomes :   63 hits    ( 63 protein-level )  
Publication :
    -Tay,C.Y., Reeves,P.R. and Lan,R., "Importation of the major pilin TcpA gene and frequent recombination drive the divergence of the Vibrio pathogenicity island in Vibrio cholerae", FEMS Microbiol. Lett. 289 (2), 210-218 (2008) PUBMED 19054108.

    -Tay,C.Y., Reeves,P.R. and Lan,R., "Direct Submission", Submitted (13-SEP-2008) School of Biotechnology and Biomolecular Sciences, University of New South Wales, Sydney, NSW 2052, Australia.


DNA sequence :
ATGAAGATTCGTATTGTACCATTGATAATTTTGGGTTTTCTTATAGGTTGCAAGCATGAAAGTATAATGACTCCTACTGT
GCCTGCTGATGGAACGGGTGATAACGCACTAAATCCCGGTTTGGTAGGTGGTTATTTACCAGATATTGGTGTTCCTGATC
CCATTATCTCGATATCTATGACTTTAGATGGTAACTTGAAATTTGATAGTTCTTTACTGTGTAATGATCAAGATGCTTCT
CATTTTCAAATATCACAAAAGGATAATGTCTTTTGTACGATCAACGGGCGTTCAATCGCAACATTTACTGCTCCCTTTGA
CGCTAATAAAAATGGCCGTAACACTGATTCTGAAGTTTTATCTTTAATTTATGCGGATGAGTACCGTGACTCGCCGGTTC
GACAGGAAAATCTCCAAATTTTAATGAAAAATATGGCGACAATACATGGAGATAAAATATCTCTAGCTTTCCGAACTACT
CTCGATGCCTTGATATTCGAAAATTATTTACGGCACAATTTAGATCTTCCCAAAGACCAGTTTTTAGAAGCAATTACAGA
AAAAATCGCTAATGATAATCAGGTCGATAAGCAACCTTCAACTCATGTGCCTAATATCTCTCCATCATTCACTTCAGGGA
CTTCATCTAATTTGAATAGTCCATTCGTTTCTGCTAATGCTGAAGAGTCTTTGAGCTATATACCGACAGATATTATTCCT
TCGCTTGGGCGCTTACTTGATAGTCAAGGTCGAGTTATTAATGGAGTTTCATACTTCAGTAATAATACTCGCGGTATTAC
GGGTGTAGATAAAACAGGGGCTATTTTAAATGATGGTTCATTTGAGTTTTCTTGGGGAGATATTATTACCTTTTCAATCG
ATACATTTGAATTGGGTAGTACTCGAGCTAATAAAACTGAGTTTTATATCAGTGAATTAGGTAAGGACAATCAGGGGAAG
AATGCTGAGGCTTTGATTCATCGTTATGCAAATATTGATGATTCTAAGCTTATCATACCAGATAAGGTTACGCAGATTTT
TTCCCTATACCCTAATGTCATTAATGAAGTTATTTCATTATCATTACCCAATGGCGATATCGAACTTGATATTGGAGATG
GTAAAACTCAGATTGTACCAGGTGAATTTTTAAAGCAGTTTGATTATGGATTAGCAGCACTTATCGATCAATCTATTTCA
CCTATATCGAGGTTCAAATTTGAAGACAGTTTGCCTAAGAAAAAGTCAGCAATTGATTCTGAATCTTCACAAATCCAAGA
TATTATTAATAAACTCTGGGGTGCAACCGATACCGTACAAGCTAATGGATGGAAGAAAGTCGATCGTTTTCATATTTTTC
ATGACAGTACAAACTTCTACGGTAGTACAGGAAGTGCCCGAGCACAAGCAGCGGTGAATATTGCTAATAGTGCATTTCCA
GTCTTAATGGCTCGTAATGACAATAATTACTGGATTGATTTTGGTAAACCTAAAGCATGGGATTCGAATAGTCTGGCATT
TATTACTGAAGCACCTTCTACAGTTGTGCCTGATAAAGTATCTGAAGATACATCAACCTTTAATTTACCTTTTATTAGTT
TGGGAGAAATTGGTAAAGGCAAGATGATGGTACTAGGAAATGCGCGATATAACAGTGTCTTAGTCTGTCCTAATGGATTT
AGTTGGGGCGGAACTGTTAAAAATGGTACTTGTAGCTTAAGTAGTGATCGTGATGATATGGCTAATTTTTTTAGTAATGT
CATTCGCTATCTAACGGGAAGTACTTCCAATGATGTTATTGTTGGAACTAATATTCCAGAAGTTTACTTTAAATCATCTG
GCCAAACTATGGGGTCAAAAGCCAATTTTCAACTAGATTCAAGATTCTCTAAGCAAACTCAACAGTTGACTAGTTTCCAT
GATTTAGATGTTAATACTATACCTCTTATTATTATCAATGCATACGACTATAAAGGAAAAAACATAAATAGTCCGTATGA
TATTCCATTAAGTGCTGATGTAGGCAGTCCGAAATTGTCTCGTTCTGATGTTACTGATTTAATTGATTATATAAACAACG
GTGGTAGTGTATTAATGATGGAGACTATCATTAATACAAATAACAGTGAGATTTCTCGTTTATTGGATAGTGCTGGTATT
GCTTTTGGCATTGGAAACAGTGTAGTTGCTGACGGTAATGGCCCGAGTGGAGGCCACCCAGATCGCCCACGTAGTCAGCG
AGAGCACGGTATTTGGGTTATTGAGCGATATGCAGCTGTTGAAGACGAGTCTTCTGGTCAACAGACGCTACCTTATGTGA
TTAATAGTGATGGTTCAATTGAGTGGAAGTATATTGTAGAGAATAGGCCCGATGATAAACCTAAACTTGAAGTCGCGAGT
TGGGTTGAATCTGAAGCTGGAGATAAATTAATTACTCACTATGCATTTATTGATGAGTCTCAGCACTGGAAAAAAGATAT
TTCAGGTAAAATAATCTATAACGTGGCAGGGAAGCCGGAATTAGATAATGCATCATTATCTTTGGCTAAAAATAAAGTAC
TTGATGCTTTTAAAAACAGTAGTGGCCAGAGAGCCTACTCTGAATGTAAAAATTCTGAGTTTCATTATGAGATTAATTGC
TTAGAATATCGTCCAGGTAATTCAATTCCTATTACTGGTGGTTTGTATGTACCCCGATATACTGAGATTAAGTTAGGAGA
GTCTGAAGCCAATGCTATGGTAAAGGCGGCTAATCTTGGTACAAATATTCATGCTTTATATCAGCATGAACGTTATTTCC
GAACTAAAGGAAAGTCGGGAGCCCGTTTAAATAGTGTTGATTTGAATCGAATTTATCAAAATATGTCAGTATGGCTTTGG
AATGACCTTGATTATCGTTATGATGATAAGCAATCGGATGAGTTAGGATTTGAAATTTTTACACAGTATTTGAATTGTTA
CACGAGTAATCAAGCTGGTGGTAATACAACGTGCCCAGCAGAATTGAAAGATGAACTTATTCAACTAGGTATGATTTATG
GCGAAAAATCAGGAAGCTATGCAGGTCAAATGGATCCAAGTTACCCACTTAATTATATGGAAAAACCACTGACCCGTTTA
ATGTTAGGGCGATCATTCTGGGATCTTGATATCAAAGTTGATATCAGAAAGTACCCCGGTGAAGTCACAACAAGAACAGG
TGGCGGGGATATTACTCTTGACATGCGTAATAATACGGCAGCTTGGTTTGCGGGTAATAGGCTGCCAACAGGGCAGTGGG
CCGAAGCTCATCAGCCTTTTAGTGTTTCAGTCTCAGGAGAAACATCGCCTGTCACAATCACCATTGCATTGGTTGATGAT
TTAACTGGCCGAGAGAAGCATGAGCTTGGTTTAAAGCGTCCTCCTCGCATGAGCAAATCATTTGTTATTGGCGGCGATAG
TCCGAAAATGCAGACTTTTACCGTACCCTATGGTGGGTTAATATATGCCCAAGGGGGAAATTCTCAACAGGTCAAACTAA
CATTTTCAGGAACTATAGATGCACCGTTCTATATTGACGGTAAGTGGAGGAACCCTCTTTCATCTGGCGCACCAATTGGC
GAAGTAGTGTCAGACACCTTCATATTTACTGCACCTAAAGCAAACTTAAATGCCGATGGTTATTTGGGGGGGATCGAACA
GTTTGCAAAAGATCTTGATCAATTCTCAGCGGATTTAAACGATTTTTATGCCCGTGATGAAGGTGTGGACGGTGACAAAA
ATCGCAAAGCTACAGATAAGTCAATGCCTAATAATCGTCACCATTTTGTTAATGATGTCGCAATTAGTGTTGGTGCTGCA
CACTCTGGCTATCCGGTCATGAATGATAGTTTTATTACCAGTAGCCGTAGTTTGAACACTATGCCGCTGAACAGCTGGCT
GCTTTGGCATGAGGTCGGGCATAATTCAGCAGAAGCTCCTTTTAATGTTGATGGGGCCACAGAAGTTGTAAACAACTTA

Protein sequence :
MKIRIVPLIILGFLIGCKHESIMTPTVPADGTGDNALNPGLVGGYLPDIGVPDPIISISMTLDGNLKFDSSLLCNDQDAS
HFQISQKDNVFCTINGRSIATFTAPFDANKNGRNTDSEVLSLIYADEYRDSPVRQENLQILMKNMATIHGDKISLAFRTT
LDALIFENYLRHNLDLPKDQFLEAITEKIANDNQVDKQPSTHVPNISPSFTSGTSSNLNSPFVSANAEESLSYIPTDIIP
SLGRLLDSQGRVINGVSYFSNNTRGITGVDKTGAILNDGSFEFSWGDIITFSIDTFELGSTRANKTEFYISELGKDNQGK
NAEALIHRYANIDDSKLIIPDKVTQIFSLYPNVINEVISLSLPNGDIELDIGDGKTQIVPGEFLKQFDYGLAALIDQSIS
PISRFKFEDSLPKKKSAIDSESSQIQDIINKLWGATDTVQANGWKKVDRFHIFHDSTNFYGSTGSARAQAAVNIANSAFP
VLMARNDNNYWIDFGKPKAWDSNSLAFITEAPSTVVPDKVSEDTSTFNLPFISLGEIGKGKMMVLGNARYNSVLVCPNGF
SWGGTVKNGTCSLSSDRDDMANFFSNVIRYLTGSTSNDVIVGTNIPEVYFKSSGQTMGSKANFQLDSRFSKQTQQLTSFH
DLDVNTIPLIIINAYDYKGKNINSPYDIPLSADVGSPKLSRSDVTDLIDYINNGGSVLMMETIINTNNSEISRLLDSAGI
AFGIGNSVVADGNGPSGGHPDRPRSQREHGIWVIERYAAVEDESSGQQTLPYVINSDGSIEWKYIVENRPDDKPKLEVAS
WVESEAGDKLITHYAFIDESQHWKKDISGKIIYNVAGKPELDNASLSLAKNKVLDAFKNSSGQRAYSECKNSEFHYEINC
LEYRPGNSIPITGGLYVPRYTEIKLGESEANAMVKAANLGTNIHALYQHERYFRTKGKSGARLNSVDLNRIYQNMSVWLW
NDLDYRYDDKQSDELGFEIFTQYLNCYTSNQAGGNTTCPAELKDELIQLGMIYGEKSGSYAGQMDPSYPLNYMEKPLTRL
MLGRSFWDLDIKVDIRKYPGEVTTRTGGGDITLDMRNNTAAWFAGNRLPTGQWAEAHQPFSVSVSGETSPVTITIALVDD
LTGREKHELGLKRPPRMSKSFVIGGDSPKMQTFTVPYGGLIYAQGGNSQQVKLTFSGTIDAPFYIDGKWRNPLSSGAPIG
EVVSDTFIFTAPKANLNADGYLGGIEQFAKDLDQFSADLNDFYARDEGVDGDKNRKATDKSMPNNRHHFVNDVAISVGAA
HSGYPVMNDSFITSSRSLNTMPLNSWLLWHEVGHNSAEAPFNVDGATEVVNNL