PAI Gene Information


Name : acfD
Accession : AAK20802.1
PAI name : VPI
PAI accession : AF325734
Strain : Vibrio cholerae IEC224
Virulence or Resistance: Virulence
Product : accessory colonization factor AcfD
Function : -
Note : -
Homologs in the searched genomes :   63 hits    ( 63 protein-level )  
Publication :
    -Karaolis,D.K., Lan,R., Kaper,J.B. and Reeves,P.R., "Comparison of Vibrio cholerae pathogenicity islands in sixth and seventh pandemic strains", Infect. Immun. 69 (3), 1947-1952 (2001) PUBMED 11179381.

    -Karaolis,D.K.R., Lan,R., Kaper,J.B. and Reeves,P.R., "Direct Submission", Submitted (03-DEC-2000) Department of Microbiology, University of Sydney, Sydney, NSW 2006, Australia.


DNA sequence :
ATGAAGATTCGTATTGTATCATTGATAGTTTTGGGTTTTCTTATAGGTTGTAAGCATGAAAGTATAATTACCCCTACTGT
GCCTGCTGATGGTTCGGGTGGTAACGCACTAAATCCTGGTTTGGTAGGTGGTTATTTGCCAGATATTGGTGTTCCGGATC
CCATTATCTCGCTATCCATGACTTTAGATGGTAACTTGAAATTTGATAGTTCTTTACTGTGTAATGATCAAGATGCCTCT
CATTTTCAAATATCACAAAAAGATAATGTCTTTTGTACGATCAACGGGCGTTCAATCGCAACATTTACCGCTCCCTTTGA
CGCTAATAAAAATGGCCGTAACACTGATTCTGAAGTTTTATCTTTAATCTCTGCGGATGAGTACCGGGACTCGCCAGTTC
GACAGGAAAATCTCCAAATTTTAATGAAAAATATGGCGACAATACATGGAGATAAAATATCTCTAGTTTTCCGAAGTACT
CTTGATGCCTTGACATTCGAAAATTATTTACGGCACAATTTAGATCTTCCCAAAGACCAATTTTTAGAAGCAATTACAGA
AAAAATCGCCAATGATAATCAGGTCGATAAGCAACCTTCAACTCATGTGCCTAATATCTCTCCATCATTCACGCCTGGGA
CTTCATCTAATTTGAATAGTCCATTCGTTTCTGCTAATGCTGAAGAGTCTTTGAGCTATATACCGACAGATGTTATTCCT
TCGCTTGGTCGCTTACTTGATAGTCAAGGTCGAGTTATTAATGGTGTTTCATACTTCAGTAATAATACTCGTGGTATTAC
TGGTGTAGATAAAACAGGGGCTATTTTAAATGATGGTTCATTTGAATTTTCGTGGGGAGATATTATTAGCTTTTCAATCG
ATACATTTGAATTAGGTAGTACTCGAGCTAATAAAACTGATTTTTATATCAGTGAATTAGGTAAGGACAATGAGGGTAAG
AATGCTGAAGCTTTGATTCATCGTTATGCAAGTATTGATGATTCTAAGCTTATCATTCCAGATAAAGTTACGCAGATTTT
TTCCCTATACCCTAATGTCATTAATGAAGTGATTTCATTATCATTACCTAATGGCGATATCGAACTTGATATTGGAGATG
GTAAAACTCAGATTGTACCTGGTGAATTCTTTAAGCAGTTTGATTCTGGATTAGCAGCACTTATCGATCAATCTATTTCA
CCTATATCGAGGTTCAAATTTGAAGACAGTTTGCCTAAGAAAAAGTCAGCAATTGATTCTGAATCTTCACAAATCCAAGA
TATTATTAATAAACTCTGGGGTGCAACCGATACCGTACAAGCTAATGGATGGAAAAAAGTCGATCGTTTTCATATTTTTC
ATGACAGTACAAACTTCTACGGTAGTACAGGAAGTGCCCGAGCACAAGCAGCGGTGAATATTGCTAATAGTGCATTTCCA
GTCTTAATGGCTCGTAATGACAATAATTACTGGATTGATTTTGGTAAACCTAAAGCATGGGATTCGAATAGTCTGGCATT
TATTACTGAAGCACCTTCTACAGTTGTGCCTGATAAAGTATCTGAAGATACATCAACCTTTAATTTACCTTTTATTAGTT
TGGGCGAAATTGGTAAAGGCAAGCTGATGGTACTAGGAAATGCGCGATATAACAGTGTCTTAGTCTGTCCTAATGGATTT
AGTTGGGGCGGAACTGTTAAAAATGGTACTTGTAGCTTAAGTAGTGATCGTGATGATATGGCTAATTTTTTTAGTAATGT
CATCCGCTATCTTACGGGAAGTACTTCCAATGATGTTATTGTTGGAACTAATATTCCAGAAGTTTACTTTAAATCATCTG
GCCAAACTATGGGGTCAAAAGCCAATTTTGAACTCGATTCAAGATTCTCTAAGCAAACTCAACAGTTGACTAGTTTCCAT
GATTTAGATGTTAATACTATACCTCTTATTATTATCAATGCATACGACTATAAAGGAAAAAACATAAATAGTCCGTATGA
TATTCCATTAAGTGCTGATGTAGGCAGTCCGAAATTGTCTCGTTCTGATGTCACTGATTTAATTGATTATATAAACAACG
GTGGTAGTGTATTAATGATGGAGACTATCATTAATACAAATAACAGTGAGATTTCTCGTTTATTGGACAGTGCTGGTATT
GCTTTTGGCATTGGAAACAGTGTAGTTGCTGACGGTAATGGCCCGAGTGGAGGCCACCCAGATCGCCCACGTAGTCAGCG
AGAGCACGGTATTTGGGTTATTGAGCGATATGCAGCTGTTGAAGACGAGTCTTCTGGTCAACAGACGCTACCTTATGTGA
TTAATAGTGATGGTTCAATTGAGTGGAAGTATATTGTAGAGAATAGGCCCGATGATAAACCTAAACTTGAAGTCGCGAGT
TGGGTTGAATCTGAAGCTGGAGATAAATTAATTACTCACTATGCATTTATTGATGAGTCTCAGCACTGGAAAAAAGATAT
TTCAGGTAAAATAATCTATAACGTGGCAGGGAAGCCGGAAGTAGATAATGCATCATTATCTTTGGCTAAAAATAAAGTAC
TTGATGCTTTTAAAAACAGTAGTGGCCAGAGAGCCTACTCTGAATGTAAAAATTCTGAGTTTCATTATGAGATTAATTGC
TTAGAATATCGTCCAGGTAATTCAATTCCTATTACTGGTGGTTTGTATGTACCCCGATATACTGATATTAAGTTAGGAGA
GTCTGAAGCCAATGCTATGGTAAAGGCGGCTAATCTTGGTACAAATATTCATGCTTTATATCAGCATGAACGTTATTTCC
GAACTAAAGGAAAGTCGGGAGCCCGTTTAAATAGTGTTGATTTGAATCGAATTTATCAAAATATGTCAGTATGGCTTTGG
AACGACCTTGATTATCGTTATGATGATAAGCAATCCGATGAGCTTGGATTTAAAGTTTTTACACAGTATTTGAATTGTTA
CACTAGTAACAACGCTGGTGGTAATACAACTTGCCCAGAAGAATTGAAAGATGAACTTACTCAGCTAGGTATGATTTATG
ACGAAAAATCAGGAAGCTATGCAGGTCAAATGGATCCAAGTTACCCACTTAATTATATGGAAAAGCCACTGACCCGTTTA
ATGTTAGGGCGCTCATTCTGGGATCTTGATATCAAAGTTGATGTCAGAAAGTACCCCGGTGAAGTCACAACAAGATCAGG
TGGAGGGGATATTACTCTTGACATGCGTAATAATACGGCAGCTTGGTTTGCGGGTAATAGGCAGCCGACAGGGCAGTGGG
CCGAAGCTCATCAGCCTTTTAGTGTTTCAGTCTCAGGAGAAACATCGCCTGTCACCATCACCATTGCATTGGCTGATGAT
TTAACTGGCCGAGAGAAGCATGAGCTTGGTTTAAAGCGTCCTCCTCGCATGAGCAAATCATTTGTTATTGGCGGCGATAG
TCCGAAAATGCAGACTTTTACCGTACCCTATGGTGGGTTAATATATGCACAAGGGGGAAATTCTCAACAGGTCAAACTAA
CATTTTCAGGAACTATAGATGCACCGCTCTATATTGACGGTAAGTGGAGAAACCCTCTTTTATCTGGCGCACCAATTGGT
GAAGTAGTGTCAGACACCTTCATATTTACTGCACCTAAAGCAAATTTAAATGCCGATGGTTATTTGGGGGGGATCGAACA
GTTTGCAAAAGATCTTGATCAATTCTCAGCGGATTTAAACGATTTTTATGCCCGTGATGAAGGTGCGGACGGTGACAAAA
ATCGCAAAGCTACTGATAAGTCAATGCCTAATAATCGTCACCATTTCGTCAATGATGTCGCAATAAGTGTTGGTGCTGCA
CACTCTGGCTATCCGGTCATGAATGATAGTTTTATTACCAGTAGCCGTAGTTTGAACACTATGCCGCTGAACAGCTGGCT
GCTTTGGCATGAGGTCGGGCATAATTCAGCAGAAGCTCCTTTTAATGTTGATGGGGCCACAGAAGTTGTAAACAACTTAC
TTGCCTTATATATGCAAGATCGTCATCAAGGAAAAATGTCTCGTGTAGAACAGGATATCCGTTATGCTTTCGATTTTGTT
AATGCTGAGCATGGGCATGCTTGGGGAGCCGGTGGTGCTGGTGAACGTTTAGTTATGTTTGCGCAACTTAAAGAGTGGGC
AGAAACTGAGTTTGATATAAATGACTGGTATAATGATAAGCTACCTGGTTTTTATATTGAAGAAAGCGGAATAAAAGGTT
GGAACTTGTTTAAACTGATGCATCGGTTAATGAGAAATGAGAACGATGACCAAATCAATATGAAGGGAGAAAATCAATGT
AAGATATCTGGTATTGGTAAAAGTGATCTATTAATGCTTTGTGCATCATATGCCGCTCAGACGGATTTGTCAGAATTTTT
TAAAGCATGGAATCCGGGAAGTAAGGCATTTCTCTATCCAGATGATCCTCAGCCATATTACGAAGGAGGAATAACTCCTT
CTGGGATTCAGAGAGTCAAATCTTTAAAATTGAATCTTCCCCAAAAAAATCCCCTTTCTATAAACAGTGTTACACAACAT
TAG

Protein sequence :
MKIRIVSLIVLGFLIGCKHESIITPTVPADGSGGNALNPGLVGGYLPDIGVPDPIISLSMTLDGNLKFDSSLLCNDQDAS
HFQISQKDNVFCTINGRSIATFTAPFDANKNGRNTDSEVLSLISADEYRDSPVRQENLQILMKNMATIHGDKISLVFRST
LDALTFENYLRHNLDLPKDQFLEAITEKIANDNQVDKQPSTHVPNISPSFTPGTSSNLNSPFVSANAEESLSYIPTDVIP
SLGRLLDSQGRVINGVSYFSNNTRGITGVDKTGAILNDGSFEFSWGDIISFSIDTFELGSTRANKTDFYISELGKDNEGK
NAEALIHRYASIDDSKLIIPDKVTQIFSLYPNVINEVISLSLPNGDIELDIGDGKTQIVPGEFFKQFDSGLAALIDQSIS
PISRFKFEDSLPKKKSAIDSESSQIQDIINKLWGATDTVQANGWKKVDRFHIFHDSTNFYGSTGSARAQAAVNIANSAFP
VLMARNDNNYWIDFGKPKAWDSNSLAFITEAPSTVVPDKVSEDTSTFNLPFISLGEIGKGKLMVLGNARYNSVLVCPNGF
SWGGTVKNGTCSLSSDRDDMANFFSNVIRYLTGSTSNDVIVGTNIPEVYFKSSGQTMGSKANFELDSRFSKQTQQLTSFH
DLDVNTIPLIIINAYDYKGKNINSPYDIPLSADVGSPKLSRSDVTDLIDYINNGGSVLMMETIINTNNSEISRLLDSAGI
AFGIGNSVVADGNGPSGGHPDRPRSQREHGIWVIERYAAVEDESSGQQTLPYVINSDGSIEWKYIVENRPDDKPKLEVAS
WVESEAGDKLITHYAFIDESQHWKKDISGKIIYNVAGKPEVDNASLSLAKNKVLDAFKNSSGQRAYSECKNSEFHYEINC
LEYRPGNSIPITGGLYVPRYTDIKLGESEANAMVKAANLGTNIHALYQHERYFRTKGKSGARLNSVDLNRIYQNMSVWLW
NDLDYRYDDKQSDELGFKVFTQYLNCYTSNNAGGNTTCPEELKDELTQLGMIYDEKSGSYAGQMDPSYPLNYMEKPLTRL
MLGRSFWDLDIKVDVRKYPGEVTTRSGGGDITLDMRNNTAAWFAGNRQPTGQWAEAHQPFSVSVSGETSPVTITIALADD
LTGREKHELGLKRPPRMSKSFVIGGDSPKMQTFTVPYGGLIYAQGGNSQQVKLTFSGTIDAPLYIDGKWRNPLLSGAPIG
EVVSDTFIFTAPKANLNADGYLGGIEQFAKDLDQFSADLNDFYARDEGADGDKNRKATDKSMPNNRHHFVNDVAISVGAA
HSGYPVMNDSFITSSRSLNTMPLNSWLLWHEVGHNSAEAPFNVDGATEVVNNLLALYMQDRHQGKMSRVEQDIRYAFDFV
NAEHGHAWGAGGAGERLVMFAQLKEWAETEFDINDWYNDKLPGFYIEESGIKGWNLFKLMHRLMRNENDDQINMKGENQC
KISGIGKSDLLMLCASYAAQTDLSEFFKAWNPGSKAFLYPDDPQPYYEGGITPSGIQRVKSLKLNLPQKNPLSINSVTQH