|
Name : HPSA20_0160 (HPSA20_0160) Accession : YP_008471126.1 Strain : Helicobacter pylori SouthAfrica20 Genome accession: NC_022130 Putative virulence/resistance : Unknown Product : transporter, lactate permease family protein Function : - COG functional category : - COG ID : - EC number : - Position : 148782 - 150437 bp Length : 1656 bp Strand : + Note : - DNA sequence : GTGTCAGAATTTCATCAAGTTTATGACCCTTTGGGGAATATTTGGCTGAGCGCTCTTGTGGCGTTGTTGCCGATTTTATT GTTTTTCTTATCTTTAATGGTTTTTAAACTCAAAGGTTACACAGCGGCTTTTTTGAGCGTGGCTTTGTCAGCCATTATTG CGGTTTGGGTGTATAAAATGCCTGTTAGCATGGTAGGTTCAAGCTTTCTTTATGGCTTCCTCTATGGTTTATGGCCGATT GCGTGGATCATCATTGCGGCGATTTTTTTATACAAATTAAGCGTTAAATCCGGCTATTTTGAAATCCTAAAAGAAAGCGT TCAATCCATCACTTTAGATCACCGCATTTTAGTGATTTTGATTGGCTTTTGTTTTGGCTCATTCTTAGAAGGGGCGATTG GCTTTGGAGGGCCTATTGCAATCACTGCTGCGATTTTAGTGGGGTTAGGCTTAAGCCCCTTATACGCTGCCGGGTTGTGC CTAATCGCTAACACCGCTCCTGTGGCTTTTGGCGCGGTGGGTATCCCTATAAGTGCGATGGCGAGTGCGGTAGGCGTGCC AGCGATTTTAATTTCAGCCATGACGGGCAAGATCCTCTTTTTTGTGAGCTTGTTAGTGCCGTTTTTCATCGTGTTTTTAA TGGACGGCTTTAAGGGGATTAAAGAAACTTTCCCAGCCGTTTTTATTGCAGCTTTTTCTTTCGCTGGAGCGCAATTTTTA AGCTCTAATTATTTAGGGCCAGAATTGCCGGGCATCATTTCAGCGCTTGTTTCACTCGTTGCAACAGCGCTCTTTTTAAA ATTTTGGCAGCCTAAAGTCATTTTTAGAAGCGATGGCAAGGCCGCATCATTCACTAAGAGTAACCATCACATTTGTAAGA TCTATGTCGCTTGGTCCCCTTTTGTGGTTTTGATTTTAGTCATTGTGTTATGGATACAGCCTTTTTTTAAAGCTTTGTTT GAAAAAGACGGCTTGTTGGCTTTTTCTAATTTTTATTTTGAATTCAGTAATATCAGTAACCACATTTTTAAAAGCCCGCC TTTTGTGGAAGCTAGCCAAAGCGTGAGTTTCCCTGTAGTGTTTAAATTTTTCTTAATCAATACCGTAGGTACTTCCATTT TTCTAGCCGCTCTCATTAGCATGTTTATTTTAAGGGTGCGAGTGAGCGATGCTGTGAGCGTTTTTGGCGAGACCTTAAAA GAAATGCGCTACCCCATTCTTACCATTGGTTTAGTCTTAAGCTTTGCTTATGTGTCTAATTACAGCGGGATTTCCTCCAC TCTAGCCTTAGCGCTCACGCATACCGGCTTGGCTTTTACTTTTTTCTCGCCTTTGATTGGGTGGGTAGGCGTGTTTTTAA CCGGAAGCGATACGAGTTCTAACCTTTTATTTGGCTCTTTGCAACAACTCACGGCTCAAAGATTGCACCTTCCTGAGATT TTAACTTTAACGGCTAATACCGTGGGTGGGACTTTGGGCAAGATGATAAGCCCTCAAAGCATCGCTATCGCTTGCGCGGC GGTGGGCTTAGCCGGGAAAGAAAGCGATTTGTTCAAATTCACGGTTAAATACTCCCTTATTTTTGTAGCGATCATGGGGG TTGTGATCAGCGCGATTGCGTATCTAATCCCTGAAGTGGTGCCTGCGATAAAGTAG Protein sequence : MSEFHQVYDPLGNIWLSALVALLPILLFFLSLMVFKLKGYTAAFLSVALSAIIAVWVYKMPVSMVGSSFLYGFLYGLWPI AWIIIAAIFLYKLSVKSGYFEILKESVQSITLDHRILVILIGFCFGSFLEGAIGFGGPIAITAAILVGLGLSPLYAAGLC LIANTAPVAFGAVGIPISAMASAVGVPAILISAMTGKILFFVSLLVPFFIVFLMDGFKGIKETFPAVFIAAFSFAGAQFL SSNYLGPELPGIISALVSLVATALFLKFWQPKVIFRSDGKAASFTKSNHHICKIYVAWSPFVVLILVIVLWIQPFFKALF EKDGLLAFSNFYFEFSNISNHIFKSPPFVEASQSVSFPVVFKFFLINTVGTSIFLAALISMFILRVRVSDAVSVFGETLK EMRYPILTIGLVLSFAYVSNYSGISSTLALALTHTGLAFTFFSPLIGWVGVFLTGSDTSSNLLFGSLQQLTAQRLHLPEI LTLTANTVGGTLGKMISPQSIAIACAAVGLAGKESDLFKFTVKYSLIFVAIMGVVISAIAYLIPEVVPAIK |
| Gene | GenBank Accn | Product | Virulance or Resistance | PAI or REI | Alignment Type | E-val | Identity |
| glcA | CAE85240.1 | GlcA protein, putative glycolate permease | Not tested | PAI V 536 | Protein | 4e-103 | 52 |
