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Name : HPSA20_1121 (HPSA20_1121) Accession : YP_008472067.1 Strain : Helicobacter pylori SouthAfrica20 Genome accession: NC_022130 Putative virulence/resistance : Virulence Product : type IV secretory system Conjugative DNA transfer family protein Function : - COG functional category : - COG ID : - EC number : - Position : 1063009 - 1064754 bp Length : 1746 bp Strand : - Note : - DNA sequence : ATGAGAGAAAAATTCAAAACATTAAAAGATAAATTTAAGGATAAAGCCAGCAATTTATTCCATAAGCTTAATAGCATTCA AAAAGATTATTACGCTAAAACTCTTCCTAAGGCTTGCAAAGATGTCTTTACGCTAGGTTCTTCTAAAAGTTATCCTATGA CTTTAAATTTTAACAAAGGTTTTTGTTTGGGGCTATATAAAGGTTTAAATTCGCTTAAGCCTACTTATTATGATGCTCCA CTTTCTACTTTAATTATCGCTCCTCCTGGAAGTGGTAAAACCGCAGCTGTGGCTGTGCCTAATCTTTTAAATGTGCCTAG CTCTTGTGTGGTGTTAGATATTAAAGGGGAGTTGTTTGATTTAACGGCTGGTTATAGACAACAAGTTCTAAAAAATAAAA TTTTTGTATTTGATCCCTTAGGAAATGATAACACGCTTAAATTCAATCCGTTTGATAAACGCATTGTAGAAAAATTAGAT TTTAACAGAAAGCGAAGGCTTGTAGATGAAGTGGGTAATACTATTTTTGCTGAAGATGGGGCAAATAAAGACCCTCATTG GACACAGCAAGCTAAAAATTTATTTGTCTTTTACGCTCTTTATGATTTGTGTGTGCATAACACTAGCACCTTTTTTGAAA TTGCAAGCGCTCCTATAAAAAATTATGTCCCCTTAATCAATCCACAAAGCCGATTTTATACTGAATTATATGAATGCCAA AGTAGCGATAATGGTTTTGTTAAAGAGAATGGGCGTTATATGGCTAAAGTAGAAAATGGTGTTAAAAAAATGAAACCTAA TGTCAATGTGGAATTGCTATGGTATAAACAAGTAGCTGAACAAGTCTATACTGACCCAGAAAATCCTAAAAATTATGATG GCTCTGTGAATCATTTAGAAAAAGACGATCAAGGCAATATTATAATGAAAGAGGGTATGTTAGATCCTATTATTAGAAAC GAAGCGAACAAATGGGCTAAGGCGAATGATAAAGAGTTTGCGAGCATTAAATCAGTTTATAGCCGTTTTATGCAAGTCTT TACAAGCTATCAAGTTAAAAGCGCTACAGATAGCATGAGTTTTGAATACGAGGATTTAAGGGCTGATAATATTTCACTCT ATATTAAAATCGCTCAAACAGATATTGACACGCTTGCACCGCTTATCCGTATCCTTTTGGAAAGTATTGCTAAAAATCTT TTATTGAAAGAGAGTAAGAAATTTGAAGAAAGGGTTTATCTCTTTTTAGATGAATTTGTGCGTTTTGGTAAATTGCCTTT TTTATTAGAAATGCCAGCATTAAGTAGGAGTTATGGTGTGGTTTTAATTTTTATCACGCAATCCAACGCTCTTATTGAAA AATATTATGGTAGAGAAGATGCAAGAATTGTTAATAGCACCGTGGCTTACAAAGTGATTTTCAAAATGGATGATTTAGAA TATGCTAAGCAAGTGAGCGAAGAAGTCGGTAAGATGACTAGAAAAACACGAAGCCACTCTACAGAAAAAGGACAACTCAT TACTGGAGGGACTTCTAGTATAGGTAAAGAGGCGTGGGACTTATTGAGTACGCAAGACATTATGAATATTGATAAAGATG AAGTGATCATTTTAGTGAGCGGTCATAAGGCCAAACCCTTAAAATTAAAAGCGAATTATTATTTCAAAAACAAAGAATTA CTCTCTCGTATTAACTGGGAAGTCAAGCCCAATGAAGAAGTGTTTGATGCGTTAAAAAAGTTTTAA Protein sequence : MREKFKTLKDKFKDKASNLFHKLNSIQKDYYAKTLPKACKDVFTLGSSKSYPMTLNFNKGFCLGLYKGLNSLKPTYYDAP LSTLIIAPPGSGKTAAVAVPNLLNVPSSCVVLDIKGELFDLTAGYRQQVLKNKIFVFDPLGNDNTLKFNPFDKRIVEKLD FNRKRRLVDEVGNTIFAEDGANKDPHWTQQAKNLFVFYALYDLCVHNTSTFFEIASAPIKNYVPLINPQSRFYTELYECQ SSDNGFVKENGRYMAKVENGVKKMKPNVNVELLWYKQVAEQVYTDPENPKNYDGSVNHLEKDDQGNIIMKEGMLDPIIRN EANKWAKANDKEFASIKSVYSRFMQVFTSYQVKSATDSMSFEYEDLRADNISLYIKIAQTDIDTLAPLIRILLESIAKNL LLKESKKFEERVYLFLDEFVRFGKLPFLLEMPALSRSYGVVLIFITQSNALIEKYYGREDARIVNSTVAYKVIFKMDDLE YAKQVSEEVGKMTRKTRSHSTEKGQLITGGTSSIGKEAWDLLSTQDIMNIDKDEVIILVSGHKAKPLKLKANYYFKNKEL LSRINWEVKPNEEVFDALKKF |
| Gene | GenBank Accn | Product | Virulance or Resistance | PAI or REI | Alignment Type | E-val | Identity |
| virD4-1 | YP_002301090.1 | VirD4 coupling protein | Virulence | cag PAI | Protein | 0.0 | 99 |
