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Name : HPAKL117_06620 (HPAKL117_06620) Accession : YP_007017844.1 Strain : Helicobacter pylori Aklavik117 Genome accession: NC_019560 Putative virulence/resistance : Virulence Product : hypothetical protein Function : - COG functional category : - COG ID : - EC number : - Position : 1368262 - 1370172 bp Length : 1911 bp Strand : - Note : COG3843 Type IV secretory pathway, VirD2 components (relaxase) DNA sequence : ATGGCGTTAGAAAAAAGTTATAGTAAAAACTTTGAAAGCGATGAGCTTTTTGATTATGAGATTATCAAGCCCAAAAAGAC GCTTAAGATACAATACACTTATGCTAAACGCTACTATAAAGAAGTGGAAAAGTTTGCTAAAAATTTAACTCAACTTAAAC AAGAAGAATTCATGCGTTTAAGAGAGCCACAAAAACAAGTGATCATTAAAAACATAGGCAATATGACACGCTTGCATTCA AAAATGGCGATGGATTATATCGCTAAACATGGTGAGCTAGTGAGAGATGAATTTTTTAATGAAGTTAATTATAATGATAT AGCAGAGCAATGGAATGAGCAATTTGAAAAATTATTAGAAAATAAGAGCCGTGTTAAAAATTGCGCTTTACATCTAGTGT TTAGCATTGATGAAAATTGTAATGAAAAAAATTTAAAAGCTTTGGAATTAAGCGTGTATCAAACACTCACTAACACGCTA GGTTATGACTATCCTTTTATAATGAAACTCCATACACACCAAAACAATCCGCATGCGCATGTGATTATCAACAAGACTAA CAGAATTACCAATAAGCAACTACGCTTTAATTCTAAAGACAGCTGTAAAGAGTTTTACCACACACTAAGAGAAACATTTA AAGATTATTTATTTGCTAACTCAAAAGGCGAATTGCAATATTCTAACACGCCTAATATTTATAAGGTGATTAAAGACATA GAAACAGAGTTAGATACGCTAGAAAAACAGGCTAGAAACAATAAGAGTTTTAGGCATGAAAACTATTTCTATAAAGTTTT GGGCAGTGCAACTTCTCAAATAGAAAGCTTGAAAAAAAAAGAAAATGCCCTATCTGATCATTTAGATAGTCTAAAAAGTT TATTAGAAAAAACACATTGGGAAAAAGAAAAATTTACTCCCCCAATAAATGAAAAAGAACTTAACCAACAACTTAAAGAA ATAAAATGGTTAAATAAAGAATCTTTAACCCCTAAAAACTCGTATAAAAAAACTCAAAAATTGGTTGTCTGTAAAAGCCC TTTAATAAAAGATTATCTTTATACCACCAAAAAACTTTTTGCCACACAGAAAAAGATTATAGATTTAGAGAAAGATTATA AAGATTTAAAAGTCTTGAAGGAAGAATTTAGCAAAGATTTAGAAGCTGATTTATCCCATTCAAAAAAACGCTTTGAGCTT TACACCAGACTAAAAAGCATGAGCAAAGTTTTTATAAGCAAAAGCATTGTTAAAAATCTAGAAAAAATTGCTTTAGATTT TAAAAGCGATAGACATAGTATTTCGCAAAGAGCTTTTGAATTTTTTAGGTATATGAATTATCAAAATTTAAGCTTGACTG ATAAAGACAATATGTTTTTAGCGGCTAAGTTTTTTAAAGATAGCGCTTTACTTGTTAATATTGCTAGGTTTGAAATGAAA AAGATAGATAATAGTGTTAAAAATTCTAACCCACAAGGCAATTTATTAGACAAACAAGCTTGGCTTAATCTTTTAGAACA TTTAAAAAGACTTGAAGAGGAAAACTATTGTTTCGCTAAGAAACGAAAAGAATTCTTAGAAACTAGAGCTATGGAGCTAT CAAAAGATTTAAAATTTTTAACACAGGCTAATGAAAATGATTTGCCTATTTATGAAAGAGGGCAAAGGGATAAAATCATT AAACGCTGTGAAAAATCGCTTAATTTTTTGCAGAAAGAATTACAATGCTTTAAAACCTTAGTGAAAAGCGCAAGTATAGC TTTAGAAAACTTGCAAAGCAACCATCAAATCACAGCCGTTACACAAACCGCACAAGAAAACACAAACGCACTCAAAAATA CCACTCAAGATTTTAACAAAACTACCAATGAACCCATAAACCCTAACAATAACCATGAAATGGATTTTTAA Protein sequence : MALEKSYSKNFESDELFDYEIIKPKKTLKIQYTYAKRYYKEVEKFAKNLTQLKQEEFMRLREPQKQVIIKNIGNMTRLHS KMAMDYIAKHGELVRDEFFNEVNYNDIAEQWNEQFEKLLENKSRVKNCALHLVFSIDENCNEKNLKALELSVYQTLTNTL GYDYPFIMKLHTHQNNPHAHVIINKTNRITNKQLRFNSKDSCKEFYHTLRETFKDYLFANSKGELQYSNTPNIYKVIKDI ETELDTLEKQARNNKSFRHENYFYKVLGSATSQIESLKKKENALSDHLDSLKSLLEKTHWEKEKFTPPINEKELNQQLKE IKWLNKESLTPKNSYKKTQKLVVCKSPLIKDYLYTTKKLFATQKKIIDLEKDYKDLKVLKEEFSKDLEADLSHSKKRFEL YTRLKSMSKVFISKSIVKNLEKIALDFKSDRHSISQRAFEFFRYMNYQNLSLTDKDNMFLAAKFFKDSALLVNIARFEMK KIDNSVKNSNPQGNLLDKQAWLNLLEHLKRLEEENYCFAKKRKEFLETRAMELSKDLKFLTQANENDLPIYERGQRDKII KRCEKSLNFLQKELQCFKTLVKSASIALENLQSNHQITAVTQTAQENTNALKNTTQDFNKTTNEPINPNNNHEMDF |
| Gene | GenBank Accn | Product | Virulance or Resistance | PAI or REI | Alignment Type | E-val | Identity |
| virD2-1 | YP_002301087.1 | relaxase | Virulence | cag PAI | Protein | 0.0 | 94 |
