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Name : HPSH169_01135 (HPSH169_01135) Accession : YP_006225425.1 Strain : Helicobacter pylori Shi169 Genome accession: NC_017740 Putative virulence/resistance : Virulence Product : conjugal transfer protein TraG Function : - COG functional category : - COG ID : - EC number : - Position : 215913 - 217640 bp Length : 1728 bp Strand : + Note : COG3505 Type IV secretory pathway, VirD4 components DNA sequence : ATGAGAGAAAAATTCAAAACATTAAGAGATAAATTTAAGGATAAAACCAGCAATTTATTCCATAAGCTTAATAGCATTCA AAAAGATTATTACACTAAAACTTTCCCTAAGGCTTGCAAAGATGTCTTTACGCTAGGTTCTTCTAAGAGTTATCCTATGA CCTTAAATTTTAACAAAGGTTTTTGTGTGGGGCTATATAAAGGTTTAAATTCACTTAAGCCTACTTATTATGATGCTCCG CTTTCTACTTTAATTATCGCTCCTCCTGGAAGTGGTAAAACCGCAGCTGTGGCTGTGCCTAATCTTTTAAATGTGCCTAG CTCTTGTGTGGTGTTAGATATTAAAGGGGAGTTGTTTGATTTAACGGCTGGTTACAGACAACAAGTTCTAAAAAATAAAA TTTTTGTATTTGATCCCTTAGGAAATGATAACACGCTTAAATTCAATCCGTTTGATAAACGCATTGTAGAAAAATTAGAT TTTAACAGAAAGCGAAGGCTTGTAGATGAAGTGGGTAATACTATTTTTGCTGAAGATGGGACAAATAAAGACCCTCATTG GACACAGCAAGCTAAAAATTTATTTGTCTTTTACGCTCTTTATGATTTGTGTGTGCATAACACTAGCACCTTTTTTGAAA TTGCAAGCGCTCCTATAAAAAATTATGTCCCCTTAATCAATCCACAAAGCCGATTTTATACTGAATTATATGAATGTCAA AGTAGTGATAATGGTTTTGTTAAAGAGAATGGGCGTTATATGGCTAAAGTAGAAAATGGCGTTAAAAAAATGAAACCTAA TGTCAATGTGGAATTGCTATGGTATAAACAAGTAGCCGAACAAGTCTATACTGACCCAGAAAATCCTAAAAATTATGATG GATCTGTGAATAATTTAGAAAAAGACGATCAAGGCAATGTTATAATGAAAGAGGGCATGTTAGATCCTGTTATTAGAAAC GAAGCGAACAAATGGGCTAAGGCGAATGATAAAGAGTTTGCGAGCATTAAATCAGTTTATAGCCGTTTTATGCAAGTCTT TACAAGCTATCAAGTTAAAAGCGCTACAGATAGCATGAGTTTTGAATACGAGGATTTAAGGGCTGACAATATTTCACTCT ATATTAAAATCGCTCAAACAGATATTGACACACTCGCACCGCTTATCCGTATCCTTTTGGAAAGTATTGCTAAAAATCTT TTATTGAAAGAGAGTAAGAAATTTGAAGAAAGGGTTTATCTGTTTTTAGATGAATTTGTGCGTTTTGGTAAATTGCCTTT TCTATTAGAAATGCCCGCATTAAGTAGGAGCTATGGTGTGGTTTTAATTTTTATCACGCAATCCAACGCTCTTATTGAAA AATATTATGGTAGAGAAGATGCAAGAATTGTTAATAGCACCGTGGCTTACAAAGTAATTTTCAAAATGGATGATTTAGAA TATGCTAAACAAGTGAGCGAAGAAGTCGGTAAGATGACTAGAAAAACACGAAGCCACTCTACAGAAAAAGGACAACTCAT TACCGGAGGAACTTCTAGTATAGGTAAAGAGGCGTGGGACTTATTGAGCGCGCAAGATATTATGAATATTGATAAAGATG AAGTGATCATTTTAGTAAGCGGTCATAAGGCTAAACCCTTAAAATTAAAAGCGAATTATTATTTCAAAAACAAAGAATTA CTCTCTCGTATTAACTGGGAAGTCAAGCCCAATGAAGAAGTGTTTTGA Protein sequence : MREKFKTLRDKFKDKTSNLFHKLNSIQKDYYTKTFPKACKDVFTLGSSKSYPMTLNFNKGFCVGLYKGLNSLKPTYYDAP LSTLIIAPPGSGKTAAVAVPNLLNVPSSCVVLDIKGELFDLTAGYRQQVLKNKIFVFDPLGNDNTLKFNPFDKRIVEKLD FNRKRRLVDEVGNTIFAEDGTNKDPHWTQQAKNLFVFYALYDLCVHNTSTFFEIASAPIKNYVPLINPQSRFYTELYECQ SSDNGFVKENGRYMAKVENGVKKMKPNVNVELLWYKQVAEQVYTDPENPKNYDGSVNNLEKDDQGNVIMKEGMLDPVIRN EANKWAKANDKEFASIKSVYSRFMQVFTSYQVKSATDSMSFEYEDLRADNISLYIKIAQTDIDTLAPLIRILLESIAKNL LLKESKKFEERVYLFLDEFVRFGKLPFLLEMPALSRSYGVVLIFITQSNALIEKYYGREDARIVNSTVAYKVIFKMDDLE YAKQVSEEVGKMTRKTRSHSTEKGQLITGGTSSIGKEAWDLLSAQDIMNIDKDEVIILVSGHKAKPLKLKANYYFKNKEL LSRINWEVKPNEEVF |
| Gene | GenBank Accn | Product | Virulance or Resistance | PAI or REI | Alignment Type | E-val | Identity |
| virD4-1 | YP_002301090.1 | VirD4 coupling protein | Virulence | cag PAI | Protein | 0.0 | 99 |
