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Name : HPSH417_05615 (HPSH417_05615) Accession : YP_006224745.1 Strain : Helicobacter pylori Shi417 Genome accession: NC_017739 Putative virulence/resistance : Virulence Product : hypothetical protein Function : - COG functional category : - COG ID : - EC number : - Position : 1165346 - 1167253 bp Length : 1908 bp Strand : + Note : COG3843 Type IV secretory pathway, VirD2 components (relaxase) DNA sequence : ATGGCGTTAGAAAAAAGTTATAAAGACTTTGAAAGCGATGAGCTTTTTGATTATGAGATCATCAAGCCCAAAAAGACGCT TAAGGTACAATACACTTATGCTAAACGCTACTATAAAGAAGTGGAAAAGTTTGCTAAAAATTTAACTCAACTTACACAAG AAGAATTTATGCGTTTAAGAGATCCGCAAAAACAAGTGGTCATCAAAAACATAGGCAATATGACACGCTTGCATTCAAAA AAGGCGATGGATTATATCGCTAAACATGGTGAGCTAGTGAGAGATGAATTTTTTAATGAAGTTAATTATAATGATATAGC AGAGCAATGGAATGAGCAATTTGAAAAATTATTAGAAAATAAGAGCCGTGTTAAAAATTGCGCTTTACATCTAGTGTTTA GCATTGATGAAAATTGTAATGAAAAAAATTTAAAAGCTTTAGAATTAAGCGTGTATCAAACACTCACTAACACGCTAGGT TATGATTATCCTTTTATAATGAAACTCCATACACACCAAAACAATCCGCATGCACATGTGATTATCAACAAGACTAACAG AATTACCAATAAGCAACTACGCTTTAATTCTAAAGACAGCTGTAAAGAGTTTTACCACACACTAAGAGAAACATTTAAAG ATTATTTATTTGCTAACTCAAAAGGCGAATTGCAATATTCTAACACGCCTAATATTTATAAGGTGATTAAAGACATAGAA ACAGAGTTAGATACGCTAGAAAAACAGGCTAGAAACAATAAGAGTTTTAGGCATGAAAACTATTTCTATAAAGTTTTGGG CAGTGCAACTTCTCAAATAGAAAGCTTGAAAAAAAGAGAAAATGCCCTATCTGATCATTTAGATAGTCTAAAAAGTTTAT TAGAAAAAACACATTGGGAAAAAGAAAAATTCACGCCCCTAATAAATGAAAAAGAACTTAACCAACAACTTAAAGAAATA AAATGGTTAAATAAAGAATCTTTAACCCCTAAAAACACTTATAAAAAAACTCAAAAATTGGTTGTCTGTAAAAGCCCTTT AATAAAAGATTATCTTTATACTACCAAAAAACTTTTTGCCACACAGAAAAAGATTATAGCTTTAGAGAAAGATTATAAAG ATTTAAAAGTCTTGAAGGAAGAATTTAGCAAAGATTTAGAAGCTGATTTATCCCATTCAAAAAAACGCTTTGAGCTTTAC ACTAGACTAAAAAGCATGAGCAAAGTTTTTATAAGCAAAAGCATTGTTAAAAATTTAGAAAAAATTGCTTTAAATTTTAA AAGCGATAGACATAGTATTTCGCAAAGAGCTTTTGAATTTTTTAGGTATATGAATTATCAAAATTTAAGCTTGACTGATA AAGGCAATATGTTTTTAGTGGCTAAGTTTTTTAAAGATAGCGCTTTACTTGTTAATATTGCTAGGTTTGAAATGAAAAAG ATAGATGATAGTGTTAAAAATTCTAACGCACAAGGCAATTTATTAGACAAACAAGCTTGGCTTAATCTTTTAGAACATTT AAAAAGACTTGAAGAGGAAAACTATTGTTTTGCTAAGAAGCGAAAAGAATTCTTAGAAACTAGAGCTATGGAGCTATCAA AAGATTTAAAATTTTTAACACAGGTCAATGAAAATGATTTGCCTATTTATGAAAGAGGGCAAAGGGATAAAATCATTAAA CGCTGTGAAAAATCGCTTAATTTTTTGCAGAAAGAATTACAATGCTTTAAAACCTTATTGAAAAGTGCAAGTATAGCTTT AGAAAACTTGCAAAGCAACCATCAAATCACAGCCGTTACACAAGACACACAAGAAAACACAAACGCACTCAAAAATACCA CTCAAGATTTTAACAAAACTACCAATGAACCCACAAACCCTAACAATAACCATGAAATGGATTTTTAA Protein sequence : MALEKSYKDFESDELFDYEIIKPKKTLKVQYTYAKRYYKEVEKFAKNLTQLTQEEFMRLRDPQKQVVIKNIGNMTRLHSK KAMDYIAKHGELVRDEFFNEVNYNDIAEQWNEQFEKLLENKSRVKNCALHLVFSIDENCNEKNLKALELSVYQTLTNTLG YDYPFIMKLHTHQNNPHAHVIINKTNRITNKQLRFNSKDSCKEFYHTLRETFKDYLFANSKGELQYSNTPNIYKVIKDIE TELDTLEKQARNNKSFRHENYFYKVLGSATSQIESLKKRENALSDHLDSLKSLLEKTHWEKEKFTPLINEKELNQQLKEI KWLNKESLTPKNTYKKTQKLVVCKSPLIKDYLYTTKKLFATQKKIIALEKDYKDLKVLKEEFSKDLEADLSHSKKRFELY TRLKSMSKVFISKSIVKNLEKIALNFKSDRHSISQRAFEFFRYMNYQNLSLTDKGNMFLVAKFFKDSALLVNIARFEMKK IDDSVKNSNAQGNLLDKQAWLNLLEHLKRLEEENYCFAKKRKEFLETRAMELSKDLKFLTQVNENDLPIYERGQRDKIIK RCEKSLNFLQKELQCFKTLLKSASIALENLQSNHQITAVTQDTQENTNALKNTTQDFNKTTNEPTNPNNNHEMDF |
| Gene | GenBank Accn | Product | Virulance or Resistance | PAI or REI | Alignment Type | E-val | Identity |
| virD2-1 | YP_002301087.1 | relaxase | Virulence | cag PAI | Protein | 0.0 | 94 |
