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Name : HPSH417_05600 (HPSH417_05600) Accession : YP_006224742.1 Strain : Helicobacter pylori Shi417 Genome accession: NC_017739 Putative virulence/resistance : Virulence Product : conjugal transfer protein TraG Function : - COG functional category : - COG ID : - EC number : - Position : 1162493 - 1164220 bp Length : 1728 bp Strand : + Note : COG3505 Type IV secretory pathway, VirD4 components DNA sequence : ATGAGAGAAAAATTCAAAACATTAAGAGATAAATTTAAGGATAAAACCAACAATTTATTCCATAAGCTTAATAGCATTCA AAAAGATTATTACACTAAAACTTTCCCTAAGGCTTGCAAAGATGTCTTTACGCTAGGTTCTTCTAAGAGTTATCCTATGA CCTTAAATTTTAACAAAGGTTTTTGTGTGGGGCTATATAAAGGTTTAAATTCACTTAAGCCTACTTATTATGATGCTCCG CTTTCTACTTTAATTATCGCTCCTCCTGGAAGTGGTAAAACCGCAGCTGTGGCTGTGCCTAATCTTTTAAATGTGCCTAG CTCTTGTGTGGTGTTAGATATTAAAGGGGAGTTGTTTGATTTAACGGCTGGTTACAGACAACAAGTTCTAAAAAATAAAA TTTTTGTATTTGATCCCTTAGGAAATGATAACACGCTTAAATTCAATCCGTTTGATAAACGCATTGTAGAAAAATTAGAT TTTAACAGAAAGCGAAGGCTTGTAGATGAAGTGGGTAATACTATTTTTGCTGAAGATGGGACAAATAAAGACCCTCATTG GACACAGCAAGCTAAAAATTTATTTGTCTTTTACGCTCTTTATGATTTGTGTGTGCATAACACTAGCACCTTTTTTGAAA TTGCAAGCGCTCCTATAAAAAATTATGTCCCTTTAATCAATCCACAAAGCCGATTTTATACTGAATTATATGAATGTCAA AGTAATGATAATGGTTTTGTTAAAGAGAATGGGCGTTATATGGCTAAAGTAGAAAATGGCGTTAAAAAAATGAAACCTAA TGTCAATGTGGAATTGTTATGGTATAAACAAGTAGCCGAACAAGTCTATATTGACCCAGAAAATCCTAAAAATTATGATG GATCTGTGAATAATTTAGAAAAAGACGATCAAGGCAATGTTATAATGAAAGAGGGCATGTTAGATCCTGTTATTAGAAAC GAAGCGAACAAATGGGCTAAGGCGAATGATAAAGAGTTTGCGAGCATTAAATCAGTTTATAGCCGTTTTATGCAAGTCTT TACAAGCTATCAAGTTAAAAGTGCTACAGATAGCATGAGTTTTGAATACGAGGATTTAAGGGCTGACAATATTTCACTCT ATATTAAAATCGCTCAAACAGATATTGACACACTCGCACCGCTTATCCGTATCCTTTTGGAAAGTATTGCTAAAAATCTT TTATTGAAAGAGAGTAAGAAATTTGAAGAAAGGGTTTATCTGTTTTTAGATGAATTTGTGCGTTTTGGTAAATTGCCTTT TCTATTAGAAATGCCCGCATTAAGTAGGAGCTATGGTGTGGTTTTAATTTTTATCACGCAATCCAACGCTCTTATTGAAA AATATTATGGTAGAGAAGATGCAAGAATTGTTAATAGCACCGTGGCTTACAAAGTAATTTTCAAAATGGATGATTTAGAA TATGCTAAACAAGTGAGCGAAGAAGTCGGTAAGATGACTAGAAAAACACGAAGCCACTCTACAGAAAAAGGACAACTCAT TACCGGAGGAACTTCTAGTATAGGTAAAGAGGCGTGGGACTTATTGAGCGCGCAAGATATTATGAATATTGATAAAGATG AAGTGATCATTTTAGTAAGCGGTCATAAGGCTAAACCCTTAAAATTAAAAGCGAATTATTATTTCAAAAACAAAGAATTA CTCTCTCGTATTAACTGGGAAGTCAAGCCCAATGAAGAAGTGTTTTGA Protein sequence : MREKFKTLRDKFKDKTNNLFHKLNSIQKDYYTKTFPKACKDVFTLGSSKSYPMTLNFNKGFCVGLYKGLNSLKPTYYDAP LSTLIIAPPGSGKTAAVAVPNLLNVPSSCVVLDIKGELFDLTAGYRQQVLKNKIFVFDPLGNDNTLKFNPFDKRIVEKLD FNRKRRLVDEVGNTIFAEDGTNKDPHWTQQAKNLFVFYALYDLCVHNTSTFFEIASAPIKNYVPLINPQSRFYTELYECQ SNDNGFVKENGRYMAKVENGVKKMKPNVNVELLWYKQVAEQVYIDPENPKNYDGSVNNLEKDDQGNVIMKEGMLDPVIRN EANKWAKANDKEFASIKSVYSRFMQVFTSYQVKSATDSMSFEYEDLRADNISLYIKIAQTDIDTLAPLIRILLESIAKNL LLKESKKFEERVYLFLDEFVRFGKLPFLLEMPALSRSYGVVLIFITQSNALIEKYYGREDARIVNSTVAYKVIFKMDDLE YAKQVSEEVGKMTRKTRSHSTEKGQLITGGTSSIGKEAWDLLSAQDIMNIDKDEVIILVSGHKAKPLKLKANYYFKNKEL LSRINWEVKPNEEVF |
| Gene | GenBank Accn | Product | Virulance or Resistance | PAI or REI | Alignment Type | E-val | Identity |
| virD4-1 | YP_002301090.1 | VirD4 coupling protein | Virulence | cag PAI | Protein | 0.0 | 98 |
