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Name : HCW_04295 (HCW_04295) Accession : YP_006222758.1 Strain : Helicobacter cetorum MIT 00-7128 Genome accession: NC_017737 Putative virulence/resistance : Virulence Product : cag island DNA transfer protein Function : - COG functional category : - COG ID : - EC number : - Position : 925900 - 927648 bp Length : 1749 bp Strand : - Note : COG3505 Type IV secretory pathway, VirD4 components DNA sequence : ATGACAAAAAACACCCTTAAAAAAAGCTCTAACATTCTTTATAAAGGTTTTAATAAAGGTTTTAAAGGTATTCAAACTTT CCATAATAGCTACTATAAAAATCTAAGCCAAGCACTTTGTGGTATTTTAACTCTAGGCGTTAGTGTAGAACACCCTATGG ATTTAAATTTCAAACAAGGCGTAGTGGTGGGTTTGCACAACAACAAACCAGTCTATTATGATACGCCTTTATCCACCTTA ATCATTGCACCACCTGGAAGTGGTAAAACTGCCGCAGTAGCTATTCCTAATTTGCTAACTTTAAAAAGCTCCGTAGTGGT GCTAGATATTAAGGGAGAATTATGCGATTTAACAGCTGGTTATAGACAGCAAGTCTTAGGCAATGAAATTTATATTTTTA ATCCACTAGGCGATGACAATTCCTTAAAATTCAACCCTTTTGATAAGCGCATTGTAGAAAAACTAAATTTTGACAGAAAA AGAAGATTGGCAGAAGAAGTCAGTAAAACTATTTTTACCAGCATTGATGGCAAAGAGGGCGATTCTTATTGGAGGGAGCA GGCTGGAAACTTATTTGCCTTTTATGCTCTTTATGATTTATGCGTTAAGCAAGAAAGCTTTTTGTTTGATTTGGCTTTTG CGCCTATTCAAAACTTTGTTCCCTTAATCCACCCTAAAAGCCCTTATTATAGAGAACTTTATATCCATAAAGTTGACCAA GATGGTAATTTTATATTAGATGACAATAATGAGCCTATGCTAGAAAGAGATAGCAGTGGAAATCCTATCTTAAACACACA AGCTAACCCAGAGAATTTATGGTATAGGCAAGTAAGCGAACAAGTCTATTTAGATGTCAATGACCCAAGAAATTATGATG GCACAGTCAATAGATTACAAAGAGATAAAAAAGGTAACATTATAGTGGAAGAGGGCATGTTAGATCCTATTGTTAGAAAT GAGGCGAATAAATGGGCTAATTCTAACGAAAAAGAATTTGCAAGCATTAGAAATATGTATTCAAAATTCACACAAGTATT CACTAGCTATCCTATCAAAGAAGCCACTTCTTCTATGAGCTTTGAATATGAAGATTTAAGGCGTAAAAATATCAGCCTTT ATATTAAAATTGCTCAAACTGACATTGATATTCTAGCCCCCTTAATTAGAGTTCTTTTAGAAAGCATAGGTAAAAATCTC TTACTAAGAGAAAGCAAAAAATTTAATGAAAGAGTGTATTTCATTTTAGATGAGTTTGTGAGATTTGGAAAACTTCCTTT TTTATTAGAAATGCCAGCATTAAGTAGGAGTTATGGCGTAGTAATTATGTTTATCACGCAATCTAATGCGCTCATAGAAA AATACTATAGCAAAGAAGACGCTAGAATTGTTAATAACACAGTAGCTTATAGAGTAGTTTTTAAAATGAATGACTTAGAT TACGCTAAACAGCTTAGCGAAGAAATAGGCAAATACACACGAGAAAAACGAAATCGCTCTACTGAGAAAAATCAAGTGAT TTTTGGTGGCACAAGCTCTTATTCTGAAGAGGGTTATGAATTAGTCTCTGTGCAAGATATTATGAATATCAACAAAGATG AAGTGATTATTCTAGTAAGTGGGCATTATGCAACGCCTTTAAAGCTCAAAGCCAACTATTATTTCAAAAACAAAAGATTG CTTAAATGTTTAAACATCCCTTTAAAACCTAATGAAGAAGTGTTTAAGGGATTAAGAAAGGTGAGTTAA Protein sequence : MTKNTLKKSSNILYKGFNKGFKGIQTFHNSYYKNLSQALCGILTLGVSVEHPMDLNFKQGVVVGLHNNKPVYYDTPLSTL IIAPPGSGKTAAVAIPNLLTLKSSVVVLDIKGELCDLTAGYRQQVLGNEIYIFNPLGDDNSLKFNPFDKRIVEKLNFDRK RRLAEEVSKTIFTSIDGKEGDSYWREQAGNLFAFYALYDLCVKQESFLFDLAFAPIQNFVPLIHPKSPYYRELYIHKVDQ DGNFILDDNNEPMLERDSSGNPILNTQANPENLWYRQVSEQVYLDVNDPRNYDGTVNRLQRDKKGNIIVEEGMLDPIVRN EANKWANSNEKEFASIRNMYSKFTQVFTSYPIKEATSSMSFEYEDLRRKNISLYIKIAQTDIDILAPLIRVLLESIGKNL LLRESKKFNERVYFILDEFVRFGKLPFLLEMPALSRSYGVVIMFITQSNALIEKYYSKEDARIVNNTVAYRVVFKMNDLD YAKQLSEEIGKYTREKRNRSTEKNQVIFGGTSSYSEEGYELVSVQDIMNINKDEVIILVSGHYATPLKLKANYYFKNKRL LKCLNIPLKPNEEVFKGLRKVS |
| Gene | GenBank Accn | Product | Virulance or Resistance | PAI or REI | Alignment Type | E-val | Identity |
| virD4-1 | YP_002301090.1 | VirD4 coupling protein | Virulence | cag PAI | Protein | 3e-176 | 66 |
