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Name : lysS (HCW_03745) Accession : YP_006222658.1 Strain : Helicobacter cetorum MIT 00-7128 Genome accession: NC_017737 Putative virulence/resistance : Virulence Product : lysyl-tRNA synthetase Function : - COG functional category : - COG ID : - EC number : 6.1.1.6 Position : 784126 - 785631 bp Length : 1506 bp Strand : + Note : COG1190 Lysyl-tRNA synthetase (class II) DNA sequence : ATGTTTTCTAATCAATACATTCAACAACGCATAAATAAAGCTAATAGCTTAAGAGAAGAAGGGAAAAACCCTTATAAAAA CGGCTTGAAGCGAAGCCTTAAAAACAATGCTTTTTTAGAAAAATACGCTTATGTTAAAGATTTAGAAGAGCCTAAAGACA AAGAAAAATGCGAGAGTATTGTAGGTAGAGTCAAACTCTTGCGTTTAATGGGTAAGGCATGTTTTATTAAGATTGAAGAT GAAAGCGCGACTTTACAAGCTTATATTTCACAAAATGAATTAAACGATGAGTTTAAGAGCTTGAAAAAGCATTTAGAAGT GGGCGATATTGTGTTTGTAAAGGGTTTTCCTTTTGCTACAAAAACGGGCGAATTAAGCATTCATGCCCTAGAGTTTCACA TTTTAAGCAAAGCCATTGTGCCATTACCGGAGAAGTTTCATGGGCTTAGTGATGTAGAGTTGCGTTACCGTCAGCGATAC TTGGATTTAATCGTTAATCCTGAAGTTAAAGAGGTGTTTAAAAAGCGTAGTTTGATTGTCTCAAGCGTGCGTAAATTTTT TGAAACAGAAGGTTTTTTAGAAGTAGAAACCCCTATGATGCACCCAATACCCGGCGGAGCGAATGCAAGACCTTTTGTAA CTTATCACAACGCTTTAGAAATTGAAAGGTATTTAAGAATTGCTCCAGAATTGTATCTCAAACGCCTTATTGTAGGGGGT TTTGAAGCGGTGTTTGAAATCAATCGTAATTTTAGAAATGAAGGCATGGACCATAGCCATAACCCCGAATTTACGATGAT TGAATTTTATTGGGCGTATCACACTTATGAAGACTTAATTGAATTAAGCAAGAGATTGTTTGATTACTTGCTAAAGACCT TAAATTTAACTTCAAAAATTATCTACAACGACATGGAAGTGGATTTTAATCAAACTTGCGTGATTTCTTATTTGGACGCT TTAGAAAAAATTGGAGGCATTAGTAGAGATATTTTAGAAAAAGAAGACAAGCTTTTAGTTTATTTGTTAGAAAAAGGTAT TCAAGTAGAGAATCATCTAACTTATGGCAAATTGCTCGCTGAGGCGTTTGATAATTTTGTAGAGCATAAACTCATTAACC CCACTTTTGTAACAGAGTATCCTATTGAGATTAGCCCACTAGCTAGACGCAATGATAATAATCCTAATATTGCTGATAGG TTTGAATTGTTTATCGCTGGGCGAGAGATTGCTAATGGCTTTAGCGAACTTAATGACCCCTTAGACCAATTAGAGCGTTT TAAGGCTCAAGTGGCTGAAAAAGAAAAGGGCGATGAAGAGGCGCAATATATGGACGAAGATTATGTGTGGGCATTAGCGC ATGCAATGCCCCCAACTGCAGGACAAGGCATAGGTATTGATAGATTAGTGATGTTATTAACCGGAGCTAAAAGCATTAAA GATGTGATTTTGTTTCCGGCTATGCGTCCTGTTAAAAATGATTTTAATGTTGAGAGTGAAGAATAA Protein sequence : MFSNQYIQQRINKANSLREEGKNPYKNGLKRSLKNNAFLEKYAYVKDLEEPKDKEKCESIVGRVKLLRLMGKACFIKIED ESATLQAYISQNELNDEFKSLKKHLEVGDIVFVKGFPFATKTGELSIHALEFHILSKAIVPLPEKFHGLSDVELRYRQRY LDLIVNPEVKEVFKKRSLIVSSVRKFFETEGFLEVETPMMHPIPGGANARPFVTYHNALEIERYLRIAPELYLKRLIVGG FEAVFEINRNFRNEGMDHSHNPEFTMIEFYWAYHTYEDLIELSKRLFDYLLKTLNLTSKIIYNDMEVDFNQTCVISYLDA LEKIGGISRDILEKEDKLLVYLLEKGIQVENHLTYGKLLAEAFDNFVEHKLINPTFVTEYPIEISPLARRNDNNPNIADR FELFIAGREIANGFSELNDPLDQLERFKAQVAEKEKGDEEAQYMDEDYVWALAHAMPPTAGQGIGIDRLVMLLTGAKSIK DVILFPAMRPVKNDFNVESEE |
| Gene | GenBank Accn | Product | Virulance or Resistance | PAI or REI | Alignment Type | E-val | Identity |
| unnamed | CAD66193.1 | putative lysil-tRNA synthetase LysU | Not tested | PAI III 536 | Protein | 2e-104 | 50 |
| Gene | GenBank Accn | Product | ID of source DB | Alignment Type | E-val | Identity |
| lysS | YP_006222658.1 | lysyl-tRNA synthetase | VFG1668 | Protein | 9e-105 | 50 |
