|
Name : HCW_01555 (HCW_01555) Accession : YP_006222226.1 Strain : Helicobacter cetorum MIT 00-7128 Genome accession: NC_017737 Putative virulence/resistance : Unknown Product : seryl-tRNA synthetase Function : - COG functional category : - COG ID : - EC number : 6.1.1.11 Position : 303618 - 304862 bp Length : 1245 bp Strand : + Note : COG0172 Seryl-tRNA synthetase DNA sequence : GTGATTGATAGAAAACTTTTATTGCAAGATTTTGACAAAGTAGCTAAGACTTTAGAATGGCGTAATATTGATAAGGATAC ACTAGCTTTTTGGCGTGAAAAAATTGTTGGCTATAAAAAGCAACTCATAGAATTAGAAAGTTTGCAAGCTTTTCAAAATA AAGTTTCCAAAGAATTTGGTATCAAAATGGCTCAAAAGGAAGATGTGAACGGGCTAAAAAAAGAGTTAGAAAATAATAAA ATAAAATTAAACGCTCTTTCTAAAGTGGTTAGTGAATTAGAAAACGAGATTGATGCATGGCTAGTTAGAGTGCCTAATCT CTTAGATGAAAAAACCCCTTTAGGCAAAAATGAAGAAGATAATGTAGAAATTAAAAAAATTTTAACCCCTAGAGTTTTTG ATTTCAAACCTAAAGAGCATTTTGAGCTCGCTCAAAATAATGGCTGGATTGATTTTGAGAGCGGCGTGAAATTAGCCAAG AGTCGTTTTTCAGTAATGAGGGGCTTTGGGGCTAAAGTTTATAAAGCGCTCATTAACTTGATGTTAGATTTCAATGAAAA AAATGGCTTTGAAGTTGTCTACACACCCGCTTTAGTGAATGAAAAAATGCTTTTTGGAACCGGACAATTACCCAAATTCA AAGAAGATGTTTTTAAAATAGAAAATGAAAATTTGTATTTAATCCCTACTTCTGAAGTAACGCTCACTAATTTGTATAAC GACACCATAATTGAATCTGAAAAACTTCCTATTAAAATGACCGCTCACACGCCTTGCTTTAGAAGTGAAGCAGGAAGTGC TGGAAGAGATACAAGGGGCATGATTAGACAACACCAATTTGATAAAGTAGAACTTGTAGCGATTACACACCCTAAAGAGA GCGATAAAATGCAAGAACATATGCTAGAGAGTGCGAGTGAAATTTTAAAGGCTTTGGAATTACCGCATAGATTTGTGCAA TTATGCAGTGGGGATTTAGGCTTTAGTGCGAGTAACACCGTGGATATTGAAGTGTGGTTGCCCGGACAAAATTGCTACAG AGAGATTAGCTCTGTGTCTAATACAAGAGATTTTCAAGCTAGGCGAGCTAAAATTCGTTTTAAAGAAAACAAAAAAAATC AATTAGTCCATACCTTAAATGGCTCTTCTTTAGCGGTAGGTAGGACTATGGTTGCTTTAATGGAAAACCACCAGCAAGTT GATGGAAGTATTAGCATTCCTAAGGCATTAGAAAAGTATCTATAA Protein sequence : MIDRKLLLQDFDKVAKTLEWRNIDKDTLAFWREKIVGYKKQLIELESLQAFQNKVSKEFGIKMAQKEDVNGLKKELENNK IKLNALSKVVSELENEIDAWLVRVPNLLDEKTPLGKNEEDNVEIKKILTPRVFDFKPKEHFELAQNNGWIDFESGVKLAK SRFSVMRGFGAKVYKALINLMLDFNEKNGFEVVYTPALVNEKMLFGTGQLPKFKEDVFKIENENLYLIPTSEVTLTNLYN DTIIESEKLPIKMTAHTPCFRSEAGSAGRDTRGMIRQHQFDKVELVAITHPKESDKMQEHMLESASEILKALELPHRFVQ LCSGDLGFSASNTVDIEVWLPGQNCYREISSVSNTRDFQARRAKIRFKENKKNQLVHTLNGSSLAVGRTMVALMENHQQV DGSISIPKALEKYL |
| Gene | GenBank Accn | Product | Virulance or Resistance | PAI or REI | Alignment Type | E-val | Identity |
| serS | YP_003446791.1 | seryl-tRNA synthetase | Not tested | The aminoglycoside resistance gene cluster | Protein | 8e-77 | 47 |
