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Name : HCD_04340 (HCD_04340) Accession : YP_006221092.1 Strain : Helicobacter cetorum MIT 99-5656 Genome accession: NC_017735 Putative virulence/resistance : Unknown Product : seryl-tRNA synthetase Function : - COG functional category : - COG ID : - EC number : 6.1.1.11 Position : 905195 - 906442 bp Length : 1248 bp Strand : - Note : COG0172 Seryl-tRNA synthetase DNA sequence : ATGATTGATAAAAAACTTTTATTACAAGATTTTGAAAAGGTGGCTACTTCTTTAAAAAAGCGTAATGATATTATGGAGAA TGAGCTAGGTAATTTGCGTGAAATCATTGTCGACTATAAAAAGCAACTTATAGAACTAGAAAGCTTGCAAGCCTTTCAAA ACAAGGTGTCTAAAGAATTTGGTATCAAAATGGCTCAAAAGGAAGATGTGAGTGGGTTAAAAAAAGAGCTAGAAAATAAT AAAATAAAATTAAATACCCTTTCTGAAATTGTTAGTAGGCTAGAGAGTGATATTGATTTTGAACTTTCCAAAATGCCTAA TCTTGTAGATGAAAAAACCCCTTTAGGCAAAAATGAAGAAGATAATGTAGAAATTAAAAAAATCTTAACCCCTAGAGTTT TTGATTTCAAACCTAAAGAGCATTTTGAACTCGCAAAAAACAATGGCTGGATTGATTTTGAAAGTGGCGTGAAATTAGCC AAAAGCCGTTTTTCTGTTATCAGGGGTTTTGGGGCTAAGGTTTATAAAGCACTCATTAACTTAATGCTAGATTTTAATGA AAAAAATGGCTTTGAAGTCATCTACACGCCCGCTTTAGTGAATGAAAAAATGCTTTTTGGAACCGGGCAATTACCCAAAT TTGAAGAAGATGTTTTTAAAATAGAAAATGAAAATTTGTATTTAATCCCCACTTCTGAAGTAACGCTCACTAATTTATAT AACGACACCATCATTGAATCTGAAAAACTTCCTATTAAAATGACCGCTCACACGCCTTGCTTTAGAAGTGAGGCAGGTAG TGCTGGAAGAGACACAAGGGGCATGATTAGACAACACCAATTTGATAAAGTGGAGTTAGTCGCTATTGCGCACCCTAAAG AGAGCGATAAAATGCAAGAACATATGCTAGAGAGTGCAAGCTCTATTTTAAGGGCTTTGGAATTACCGCATAGATTTGTG CAATTATGCGGTGGGGATTTAGGCTTTAGTGCGAGTAACACCATAGATATTGAAGTGTGGTTACCCGGACAAAATTGCTA CAGAGAGATTAGCTCTGTGTCTAACACAAGAGATTTTCAAGCTAGGCGGGCTAAAATTCGTTTTAAAGAAAACAAAAAAA ATCAATTAGTCCATACCTTAAATGGTTCTTCTTTAGCGGTAGGTAGGACTATGGTCGCTTTAATGGAAAACCATCAGCTT GCTGATGGTAGTATTAGCATTCCTAAGGCATTAGAAAAATATTTGTAG Protein sequence : MIDKKLLLQDFEKVATSLKKRNDIMENELGNLREIIVDYKKQLIELESLQAFQNKVSKEFGIKMAQKEDVSGLKKELENN KIKLNTLSEIVSRLESDIDFELSKMPNLVDEKTPLGKNEEDNVEIKKILTPRVFDFKPKEHFELAKNNGWIDFESGVKLA KSRFSVIRGFGAKVYKALINLMLDFNEKNGFEVIYTPALVNEKMLFGTGQLPKFEEDVFKIENENLYLIPTSEVTLTNLY NDTIIESEKLPIKMTAHTPCFRSEAGSAGRDTRGMIRQHQFDKVELVAIAHPKESDKMQEHMLESASSILRALELPHRFV QLCGGDLGFSASNTIDIEVWLPGQNCYREISSVSNTRDFQARRAKIRFKENKKNQLVHTLNGSSLAVGRTMVALMENHQL ADGSISIPKALEKYL |
| Gene | GenBank Accn | Product | Virulance or Resistance | PAI or REI | Alignment Type | E-val | Identity |
| serS | YP_003446791.1 | seryl-tRNA synthetase | Not tested | The aminoglycoside resistance gene cluster | Protein | 7e-78 | 46 |
