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Name : lysS (HCD_03020) Accession : YP_006220830.1 Strain : Helicobacter cetorum MIT 99-5656 Genome accession: NC_017735 Putative virulence/resistance : Virulence Product : lysyl-tRNA synthetase Function : - COG functional category : - COG ID : - EC number : 6.1.1.6 Position : 648318 - 649823 bp Length : 1506 bp Strand : - Note : COG1190 Lysyl-tRNA synthetase (class II) DNA sequence : ATGTTTTCTAATCAATACATTCAACAACGCATAAATAAAGCTAATAGCTTAAGAGAAGAAGGGAAAAACCCTTATAAAAA CGGCTTGAAACGAAGTCTTAAAAACGATGCTTTTTTAGAAAAATACGCTTATGTTAAAGATTTAGAAGAGCCTAAAGACA AAGAAAAATGCGAGAGTATTGTAGGTAGAGTCAAGCTCTTGCGTTTGATGGGTAAGGCATGTTTTATTAAGATTGAAGAC GAAAGCACGACTTTGCAAGCTTATATTTCACAAAATGAATTAAACGATGAGTTTAAGAGCTTAAAAAAGCATTTAGAAGT GGGCGATATTGTGTTTGTGAAGGGTTTTCCTTTTGCTACAAAAACAGGCGAATTAAGTATCCATGCCCTAGAATTTCATA TTTTAAGCAAAGCCATTGTGCCATTACCGGAGAAATTTCATGGGCTTAGCGATGTGGAGTTGCGTTATCGCCAGCGATAC TTGGATTTAATCGTTAATCCCGAAGTTAAAGAGGTGTTTAAAAAGCGTAGCTTGATTGTCTCAAGTGTGCGTAAATTTTT TGAAACAGAAGGCTTTTTGGAAGTAGAAACCCCTATGATGCACCCTATTCCTGGTGGAGCGAATGCAAGACCTTTTGTAA CTTATCACAATGCTTTAGAAATTGAAAGGTATTTAAGAATTGCCCCAGAACTATATCTCAAACGCCTTATTGTAGGGGGT TTTGAAGCGGTGTTTGAAATCAATCGTAATTTCAGAAACGAAGGCATGGACCATAGCCATAACCCTGAATTTACGATGAT TGAATTTTACTGGGCGTATCACACTTATGAAGATTTGATTGAATTAAGCAAGAGATTGTTTGACTACTTGCTAAAGACCT TGAATTTAACTTCAAAAATTGTCTATAACGACATGGAAGTGGATTTTAACCAAACTTGCGTGATTTCTTATTTAGACGCT TTAGAAAAAATAGGGGGCATTAGTAAGGATATTTTAGAAAAAGAAGACAAACTTTTAGCTTATTTGTTAGAAAAAGGTAT CAAAGTAGAGAATAACCTTACTTATGGAAAATTGCTCGCTGAGGCGTTTGATAATTTTGTAGAGCATAAACTCATTAACC CCACTTTTGTAACAGAATATCCTATTGAGATTAGCCCACTAGCTAGACGCAATGATAATAATCCTAATATCGCTGATAGG TTTGAATTATTTATCGCTGGGCGAGAAATTGCTAATGGCTTTAGCGAGCTTAATGACCCCTTAGACCAACTAGAGCGTTT TAAGGCTCAAGTGGCTGAAAAAGAAAAGGGCGATGAAGAGGCACAATATATGGACGAAGACTATGTATGGGCATTAGCGC ATGCTATGCCCCCAACTGCAGGACAAGGCATAGGCATTGACAGATTAGTCATGTTATTAACCGGAGCTAAGAGCATTAAA GATGTGATTTTGTTTCCAGCTATGCGTCCTGTTAAAAACGATTTTAATGTTGAGAGTGAAGAGTAA Protein sequence : MFSNQYIQQRINKANSLREEGKNPYKNGLKRSLKNDAFLEKYAYVKDLEEPKDKEKCESIVGRVKLLRLMGKACFIKIED ESTTLQAYISQNELNDEFKSLKKHLEVGDIVFVKGFPFATKTGELSIHALEFHILSKAIVPLPEKFHGLSDVELRYRQRY LDLIVNPEVKEVFKKRSLIVSSVRKFFETEGFLEVETPMMHPIPGGANARPFVTYHNALEIERYLRIAPELYLKRLIVGG FEAVFEINRNFRNEGMDHSHNPEFTMIEFYWAYHTYEDLIELSKRLFDYLLKTLNLTSKIVYNDMEVDFNQTCVISYLDA LEKIGGISKDILEKEDKLLAYLLEKGIKVENNLTYGKLLAEAFDNFVEHKLINPTFVTEYPIEISPLARRNDNNPNIADR FELFIAGREIANGFSELNDPLDQLERFKAQVAEKEKGDEEAQYMDEDYVWALAHAMPPTAGQGIGIDRLVMLLTGAKSIK DVILFPAMRPVKNDFNVESEE |
| Gene | GenBank Accn | Product | Virulance or Resistance | PAI or REI | Alignment Type | E-val | Identity |
| unnamed | CAD66193.1 | putative lysil-tRNA synthetase LysU | Not tested | PAI III 536 | Protein | 1e-104 | 50 |
| Gene | GenBank Accn | Product | ID of source DB | Alignment Type | E-val | Identity |
| lysS | YP_006220830.1 | lysyl-tRNA synthetase | VFG1668 | Protein | 5e-105 | 50 |
