|
Name : HCD_08335 (HCD_08335) Accession : YP_006221859.1 Strain : Helicobacter cetorum MIT 99-5656 Genome accession: NC_017735 Putative virulence/resistance : Virulence Product : conjugal transfer protein TraG Function : - COG functional category : - COG ID : - EC number : - Position : 1757241 - 1758953 bp Length : 1713 bp Strand : + Note : COG3505 Type IV secretory pathway, VirD4 components DNA sequence : GTGTTTCACCAAGGTTTTAATAAAAGTTTTAAAGGTATCCAAGCCTTCCATAATGGTTATTACAAAAATCTAAGCCAAGC GCTTTGTGGTATTTTAACTTTAGGAGTAAGTGTAGAACACCCTATGGATTTGAATTTCAAACAAGGCGTAGTAGTTGGTT TGCACAACAACAAACCAGTCTATTATGATACGCCTTTATCCACTTTAATCATTGCGCCACCCGGAAGTGGTAAAACTGCC GCAGTAGCTATCCCTAATTTACTAACCCTAAAAAGTTCTGTAGTGGTGCTAGACATTAAGGGGGAATTATGCGATTTAAC CGCAGGTTATAGACAGCAAGTCTTAGGCAATGAAATTTACATTTTTAATCCACTAGGCGATGACAATTCCTTGAAATTCA ATCCTTTTGATAAGCGTATTGTAGAAAAGCTAGATTTCAATAGAAAAAGAAGGCTTGTAGATGAAGTGGGCAATACCATT TTTAGTGGTGATGGCAAAGAGAACGACCCTTATTGGAGAAAACAGGCTAGAAATCTATTTGTCTTTTACGCTCTTTATGA TTTATGCGTTAAGCAAGAAAGCTTTTTATTTGATTTGGCTTTTGCACCTATTCAAAACTTTGTTCCCTTAATCCACCCTA AAAGCCCTTATTACAAAGAACTCTATATCCATAAAGTTGACCAAGATGGTAATTTTATATTAGATGAAAACAATGAGCCT ATACTAGAAAGAGATAGCAATGGCAATCCTATCTTAAACACACAAGCTAATGCTGAGAATTTATGGTATAGGCAAGTAAG CGAACAAGTCTATTTAGATGTCAATGACCCTAGAAATTATGATGGCACAGTCAATAGATTAGAAAAAGATAAGAAAGGTA ATGTTATTATTAAAGAAGGTATGTTAGACCCTGTTATTAGGACATGGGCTAATAAGTGGTCTATTTCTAATGAAAAAGAA TTTGCCTCTATTATGAGCGTGTATTCAGAGTTTATGCAAGTTTTTACAAGTTATCAAGTCAAAAGTGCCACAGATAACAT GAGCTTTGAATACGAGGATTTAAGGCGTAAAAATATCAGCCTTTATATCAAAATCGCCCAAACTGACATTGATACTCTAG CCCCCTTAATTAGAGTTCTTTTAGAAAGCATAGGTAAGAATCTTTTATTAAGAGAAAGTAAGAAGTTTAATGAAAGGGTG TATCTAATTTTAGATGAGTTTGTAAGATTTGGAAAACTTCCTTTTTTGTTAGAAATGCCAGCACTTAGTAGAAGTTATGG TGTAGTGATTATGTTTATCACGCAATCTAATGCGCTCATAGAAAAATACTATGGCAAAGAAGACGCTAGGATTGTTAATA GCACGGTAGCATATAAGATTGTCTTTAAAATGGATGACTTAGATTACGCTAAGCAACTTAGCGAAGAAATAGGCAAATAC ACACGAGAAAAACGAAATCGTTCTACTGAAAAAAATCAAGTGATTTTTGGTGGGACAAGCTCTTATTCTGAAGAGGGCTA TGAATTAGTTTCTGCACAAGATATTATGAATATTAACAAAGATGAAGTGATTATTCTAGTAAGCGGACATAAAGCAACGC CCTTAAAGCTCAAAGCCAACTATTACTTCAAAAACAAAAGATTGCCTAAATGTCTCAATATACCCTTAAAACCTAATGAA GAAGCGTTTAAGGGGTTGAGAAAGGTAAATTGA Protein sequence : MFHQGFNKSFKGIQAFHNGYYKNLSQALCGILTLGVSVEHPMDLNFKQGVVVGLHNNKPVYYDTPLSTLIIAPPGSGKTA AVAIPNLLTLKSSVVVLDIKGELCDLTAGYRQQVLGNEIYIFNPLGDDNSLKFNPFDKRIVEKLDFNRKRRLVDEVGNTI FSGDGKENDPYWRKQARNLFVFYALYDLCVKQESFLFDLAFAPIQNFVPLIHPKSPYYKELYIHKVDQDGNFILDENNEP ILERDSNGNPILNTQANAENLWYRQVSEQVYLDVNDPRNYDGTVNRLEKDKKGNVIIKEGMLDPVIRTWANKWSISNEKE FASIMSVYSEFMQVFTSYQVKSATDNMSFEYEDLRRKNISLYIKIAQTDIDTLAPLIRVLLESIGKNLLLRESKKFNERV YLILDEFVRFGKLPFLLEMPALSRSYGVVIMFITQSNALIEKYYGKEDARIVNSTVAYKIVFKMDDLDYAKQLSEEIGKY TREKRNRSTEKNQVIFGGTSSYSEEGYELVSAQDIMNINKDEVIILVSGHKATPLKLKANYYFKNKRLPKCLNIPLKPNE EAFKGLRKVN |
| Gene | GenBank Accn | Product | Virulance or Resistance | PAI or REI | Alignment Type | E-val | Identity |
| virD4-1 | YP_002301090.1 | VirD4 coupling protein | Virulence | cag PAI | Protein | 0.0 | 69 |
