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Name : HPSNT_00380 (HPSNT_00380) Accession : YP_005786242.1 Strain : Helicobacter pylori Santal49 Genome accession: NC_017376 Putative virulence/resistance : Virulence Product : relaxase Function : - COG functional category : - COG ID : - EC number : - Position : 81021 - 82931 bp Length : 1911 bp Strand : - Note : COG3843 Type IV secretory pathway, VirD2 components (relaxase) DNA sequence : ATGGCGTTAGAAAAAAGTTATAGTAAGGACTTTGAAAGCGATGAGCTTTTTGATTATGAGATCATCAAGCCCAAAAAGAC GCTTAAGATACGATACACTTATGCTAAACGCTACTATAAAGAAGTAGAAAAGTTTGCTAAAAATTCAACTCAACTGACAC AAGAAGAATTCATGCGTTTAAGAGATCCACAAAAACAAGTGGTCATCAAAAATATAGGCAATATGACACGCTTGCATTCA AAAAGGGCGATGGATTATATCGCTAAACACGGTGAGCTAGTGAGAGATGAATTTTTTAATGAAGTTAATTATAATGATAT AGCAGAGCAATGGAATGAGCAATTTGAAAAATTATTAGAAAATAATAGCCGTGTTAAAAATTGCGCTTTACATCTAGTGT TTAGCATTGATGAAAATTGTAATGAAAAAAATTTAAAAGCTCTGGAATTAAGCGTGTATCAAACACTCACTAACACGCTA GGTTATGATTATCCTTTTATAATGAAACTCCATACACACCAAAACAATCCGCATGCGCATGTGATTATCAACAAAACTAA CAAAATTACCAATAAGCAACTACGCTTTAATTCTAAAGACAGCTGTAAAGAGTTTTACCACACACTAAGAGAAACATTTA AAGATTATTTATTTGCTAACTCAAAAGGCGAATTGCAATATTCTAACACGCCTAATATTTATAAAGCGATTAAAGACATA GAAACAGAGTTAGATACGCTAGAAAAACAGGCTAGAAACAATAAGAGTTTTAGGCATGAAAACTATTTTTATAAAGTTTT GGGCAGTGCAACTTCTCAAATAGAAAGCTTGAAAAAAAGAGAAAATGCCCTATCTGACCATTTAGATAGTCTAAAAAGTT TATTAGAAAAAACACATTGGGAAAAAGAAAATTTCACGCCCCCAACAAATGAAAAAGAATTTAACCAACAACTTAAGGAA ATAAAATGGTTAAATAAAGAATCTTTAACTCCTAAAAACACTTATAAAAAAATTCAAAAATTAGCTGTTTGTAAAAGCCC TTTAATAAAAGATTATCTTTATACCACCAAAAAACTTTTTGCCACACAGAAAAAGATTAGAGATTTAGAAAAAGATTATA AAGATTTAAAAGTTTTGAAGGAAGAATTTAGCAAAGATTTAGAAACTGATTTATCCCATTCAAAAAAACGCTTTGAGCTT TACGCTAAACTAAAAAGCATGAGCAAAGTTTTTATAAGTAAAAGCATTGTTAAAAATTTAGAAAAAATTGCTTTAGATTT TAAAAGCGATAGACATAGTATTTCGCAAAGAGCTTTTGAATTTTTTAGGTATATGAATTATCAAAATTTAAGCTTGACTG ATAAAGGCAATATGTTTTTAGTGGCTAAGTTTTTTAAAGATAGCGCTTTACTTGTTAATATTGCTAGGTTTGAAATGAAA AAGATAGATGATAGTGTTAAAAATTCTAACCCACAAGATAATCTATTAGACAAACAAGCTTGGCTCAGTCTTTTAGAACA TTTAAAAAGACTTGAAGAGGAAAACTATTGTTTTGCTAAGAAGCGAAAAGAATTCTTAGAAACTAGATCTATGGAGCTAT CAAAAGATTTAAAATTTTTAACACAGGCTAATGAAAATGATTTGCCCATTTACGAAAGAGGGCAAAGGGATAAAATCATT AAACGCTGTGAAAAATCGCTTAATTTTTTACAGAAAGAATTACAATGCTTTAAAACCTTATTAAAAAGTGCAAGTATAGC TTTAGAAAACTTGCAAAGAAACCATCAAATCACAGCCGTTACACAAGACACGCAAGAAAACACAAACGCACTCAAAAATA CCGCTCAAGATTTTAACAAAACTACCAATGAACCCATAAACCCTAACAATAACTATGAAATGGATTTTTAA Protein sequence : MALEKSYSKDFESDELFDYEIIKPKKTLKIRYTYAKRYYKEVEKFAKNSTQLTQEEFMRLRDPQKQVVIKNIGNMTRLHS KRAMDYIAKHGELVRDEFFNEVNYNDIAEQWNEQFEKLLENNSRVKNCALHLVFSIDENCNEKNLKALELSVYQTLTNTL GYDYPFIMKLHTHQNNPHAHVIINKTNKITNKQLRFNSKDSCKEFYHTLRETFKDYLFANSKGELQYSNTPNIYKAIKDI ETELDTLEKQARNNKSFRHENYFYKVLGSATSQIESLKKRENALSDHLDSLKSLLEKTHWEKENFTPPTNEKEFNQQLKE IKWLNKESLTPKNTYKKIQKLAVCKSPLIKDYLYTTKKLFATQKKIRDLEKDYKDLKVLKEEFSKDLETDLSHSKKRFEL YAKLKSMSKVFISKSIVKNLEKIALDFKSDRHSISQRAFEFFRYMNYQNLSLTDKGNMFLVAKFFKDSALLVNIARFEMK KIDDSVKNSNPQDNLLDKQAWLSLLEHLKRLEEENYCFAKKRKEFLETRSMELSKDLKFLTQANENDLPIYERGQRDKII KRCEKSLNFLQKELQCFKTLLKSASIALENLQRNHQITAVTQDTQENTNALKNTAQDFNKTTNEPINPNNNYEMDF |
| Gene | GenBank Accn | Product | Virulance or Resistance | PAI or REI | Alignment Type | E-val | Identity |
| virD2-1 | YP_002301087.1 | relaxase | Virulence | cag PAI | Protein | 0.0 | 94 |
