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Name : HPGAM_05160 (HPGAM_05160) Accession : YP_005780720.1 Strain : Helicobacter pylori Gambia94/24 Genome accession: NC_017371 Putative virulence/resistance : Virulence Product : VirD4 coupling protein Function : - COG functional category : - COG ID : - EC number : - Position : 1043680 - 1045428 bp Length : 1749 bp Strand : + Note : COG3505 Type IV secretory pathway, VirD4 components DNA sequence : ATGAGAGAAAAGTCCAAAACATTAAAAGATAGATTTAAAGATAAAACTAGCAATTTATTCCATAAGCTTAATAGCATTCA AAAAGATTATTACACTAAAATGCTTCCTAAGGCTTGCAAAGATGTCTTTACGCTAGGTTCTTCTAAAAGTTATCCTATGA CTTTAAATTTTGACAAAGGTTTTTGTGTGGGGCTATATAAAGGTTTAAATTCGCTTAAGCCTACTTATTATGATGCTCCG CTTTCTACTTTAATCATCGCTCCTCCTGGAAGTGGTAAAACCGCAGCTGTGGCTGTTCCTAATCTTTTAAATGTGCCTAG CTCTTGTGTGGTGTTAGATATTAAAGGGGAATTATTTGATTTGACGGCTGGTTACAGACAACAAGTTCTAAAAAATAAAA TTTTTGTATTTGATCCCTTAGGAAATGATAACACGCTTAAATTCAATCCGTTTGATAAACGCATCGTAGAAAAATTAGAT TTTAACCGAAAGCGAAAGCTTGTAGATGAAGTGGGTAATACTATTTTTGCTGAAGATGGGGCAAATAAAGACCCTCATTG GACACAGCAAGCTAAAAATTTATTTGTCTTTTACGCTCTTTATGATTTGTGCGCGCATAACACCAGCACCTTTTTTGAAA TCGCAAGCGCTCCTATAAAAAATTATGTCCCCTTAATCAATCCACAAAGCCGATTTTATACTGAATTATATGAATGTCAA AGTAGCGATAATGGTTTTGTTAAAGAGAATGGGCGTTATATGGCTAAAGTAGAAAATGGCGTTAAAAAAATGAAACCTAA TGTCAATGTGGAATTGCTATGGTATAAACAAGTAGCCGAACAAGTCTATACTGACCCAGAAAATCCTAAAAATTATGATG GCTCTGTGAATCATTTAGAAAAAGACGATCAAGGCAACATTATAATGAAAGAGGGTATGTTAGATCCTATTATTAGAAAC GAAGCGAACAAATGGGCTAAAGCAAACGACAAAGAGTTTGCGAGCATTAAATCAGTTTATAGCCGTTTTATGCAAGTCTT TACAAGCTATCAAGTTAAAAGCGCTACAGACAGCATGAGTTTTGAATACGAGGACTTAAGGACTGACAATATTTCACTCT ACATTAAAATCGCTCAAACAGATATTGACACGCTCGCACCGCTTATCCGTATCCTTTTGGAAAGTATTGCTAAAAATCTT TTATTGAAAGAGAGTAAGAAATTTGAAGAAAGGGTTTATCTCTTTTTAGATGAATTTGTGCGTTTTGGTAAATTGCCTTT TTTGTTAGAAATGCCCGCATTGAGCAGGAGCTATGGTGTGGTTTTAATTTTTATCACGCAATCCAACGCTCTTATTGAAA AATATTATGGTAGAGAAGACGCAAGAATTGTTAATAGCACCGTGGCTTACAAAGTAATTTTCAAAATGGATGATTTAGAA TACGCTAAACAAGTGAGCGAAGAAATCGGCAAGATGACTAGAAAAACACGAAGCCACTCTACAGAAAAAGGACAGCTCAT TACGGGTGGGACTTCTAGTATAGGTAAAGAAGCGTGGGACTTATTGAGCGCGCAAGACATCATGAACATTGATAAAGATG AAGTGATCATTTTAGTGAGCGGTCATAAGGCTAAACCCCTAAAATTAAAAGCGAATTATTATTTCAAAAATAAAGAATTA CTCTCTCGTATTAACTGGGAAGTCAAACCCAATGAAGAAGTGTTTGATGAGTTAAAAAAGGATGTATGA Protein sequence : MREKSKTLKDRFKDKTSNLFHKLNSIQKDYYTKMLPKACKDVFTLGSSKSYPMTLNFDKGFCVGLYKGLNSLKPTYYDAP LSTLIIAPPGSGKTAAVAVPNLLNVPSSCVVLDIKGELFDLTAGYRQQVLKNKIFVFDPLGNDNTLKFNPFDKRIVEKLD FNRKRKLVDEVGNTIFAEDGANKDPHWTQQAKNLFVFYALYDLCAHNTSTFFEIASAPIKNYVPLINPQSRFYTELYECQ SSDNGFVKENGRYMAKVENGVKKMKPNVNVELLWYKQVAEQVYTDPENPKNYDGSVNHLEKDDQGNIIMKEGMLDPIIRN EANKWAKANDKEFASIKSVYSRFMQVFTSYQVKSATDSMSFEYEDLRTDNISLYIKIAQTDIDTLAPLIRILLESIAKNL LLKESKKFEERVYLFLDEFVRFGKLPFLLEMPALSRSYGVVLIFITQSNALIEKYYGREDARIVNSTVAYKVIFKMDDLE YAKQVSEEIGKMTRKTRSHSTEKGQLITGGTSSIGKEAWDLLSAQDIMNIDKDEVIILVSGHKAKPLKLKANYYFKNKEL LSRINWEVKPNEEVFDELKKDV |
| Gene | GenBank Accn | Product | Virulance or Resistance | PAI or REI | Alignment Type | E-val | Identity |
| virD4-1 | YP_002301090.1 | VirD4 coupling protein | Virulence | cag PAI | Protein | 0.0 | 98 |
