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Name : HPGAM_07455 (HPGAM_07455) Accession : YP_005781145.1 Strain : Helicobacter pylori Gambia94/24 Genome accession: NC_017371 Putative virulence/resistance : Virulence Product : VirD4 coupling protein Function : - COG functional category : - COG ID : - EC number : - Position : 1505340 - 1507244 bp Length : 1905 bp Strand : - Note : COG3505 Type IV secretory pathway, VirD4 components DNA sequence : ATGAAAATGCAATTTGTGAAGGCTTTTTGCGTGCTTTTTAGCATTTTACTTATCCCCTTATTTTTTATCTTGGCAAATTA TTACACTTTTGATGCCTTAAAGTCGTTGAGACAGGCTTATTTCTTTTCTCAAAGCGTGTTTGTAGGGCTTTATCATGGGG CAAGCATCTTTGATTTAAAATTTGAAGTCTATCTTACTATGCTAATCTCTTTAATGCCCTTTGTGGCTACGATTTATATC AATTTCCCAAAAACCACAGAAACTTCGCATGGCTATGCGAGATGGGCTAATGTTAAAGATATAGAATGCTTTAAAATTTT TAGCAAAGAGGGCTTTTGTAAAGTGGTGCATAGATTAGGGGTGCAATTTGATAATGGCTTTATTCTAGGTAAATTTGGTT TTCCAAAGCTTAGAAATGTGTGCTATGACAAGCCCTTAGGAGCGATGATTGTTGCACCCCCTGGTGCTGGAAAAACTGCA TGTGTGGCTTTGCCAAATTTATTGACTTTGCCTAATAGCTGTATTATCACTGATATTAAAGGCGAACTAAGAGATAAGAC CGCAGGTTATAGACAAAAATTCTTAAACAATAGAATTTTAATTTTTAATCCTTATGGTGATGATAACACTTGCTATTTCA ATCCTTTTGATAAAAGGATTGTTGAAAAGATGACCTTTGCGGAGCAATTAAGGCATGTTAAAGCAGTAGGCGATGGTATT TTTGTAGATGAAGAAGACCATTGGGTATCTAAAGCTAAAGAGCTTTTTGTCTTTTTTGCTCTTTTACAAGTAGTAACCAA AGGGCATAGCTCTTTTTATGATGTCTCTATCGCACCAGCTAATGATTATGCCCCCTTAATACACCCTAAAAGCCCTTATT ACAAGCAACTTTACCAACACGATAAAAAGACAGGCGAAGTTATCTTAGACCCACAAACTAACGCCCCCATGAAAAATCCC CAAGCTAATGTTTTAAAACTCTTTTTAAATCAAGTGGCTGACCAAAAATACATAGATATGAATGATGAAAAAAACTATGA CCCAAGAGAACCTGAACCCCCTTATGGAACAAAAGGGGCGTTAGATGAGATTATAAGGACAGATGCTAGGAGTTGGGCAA ACACTCCTGATGATGAATTTGGGAGCATTATGTCTTCTTTTAAGCGTTTTATGTATGTCTATAAAGACCCAAAAGTGCGT GAAGCTACTTCTAAAATGAGCTTTGATTATGAAGAATTAAGAACGGGCAATATCAGTATTTACATTGTAATCGCTCAAAT TGATATAGGCACACTTTCTTCTTTAATAAGAGCCTTTTTAGAGAGTATTGCTAAAAACCTTATGGTCAAAGAAAGCTCTA AACCTGAAGAGCGTATTTTTATCATTGCTGATGAATTTGTTAGATTTGGTAAGTTGCCTTTCTTGTTAGAAATGCCAGCA CTTTGTCGCTCTTATAATGTTGTCCCCTTATTCATCACGCAAGATTATGCGATGATTAGAAAATACTATAGCGATGATGA TTTGAAAATCTTAAAAGGCGTGGTGCATTATAACATTGTCTTTAAGATGAATAGTGCTGAAGATGCTGAGATTGTCTCTA AGGAAGTGGGCGAATTTACAAGACAATCTAAAAATTATTCTACCGAAAAAGGTCAATTGGTCTTTGGAGGTAGCTCTTCT TATAGCCATGAGGGTAGAAACTTACTCACAGCCCAAGATATTATGAATATCAATTCAGATGAAGTCATTGTTATTGTTAC AGGGGCTAAAGCTACCCCCTTAAAACTCAAAGCTAATTATTGGTTCAAAGATAAAGAGCTTTTAAAAAGAGCTAATTTGC CTATTGATTTAGAAGTAGAGAGACAAAGAGTTGAAGAGCCTATACCAACCCACTACAGAGATTGA Protein sequence : MKMQFVKAFCVLFSILLIPLFFILANYYTFDALKSLRQAYFFSQSVFVGLYHGASIFDLKFEVYLTMLISLMPFVATIYI NFPKTTETSHGYARWANVKDIECFKIFSKEGFCKVVHRLGVQFDNGFILGKFGFPKLRNVCYDKPLGAMIVAPPGAGKTA CVALPNLLTLPNSCIITDIKGELRDKTAGYRQKFLNNRILIFNPYGDDNTCYFNPFDKRIVEKMTFAEQLRHVKAVGDGI FVDEEDHWVSKAKELFVFFALLQVVTKGHSSFYDVSIAPANDYAPLIHPKSPYYKQLYQHDKKTGEVILDPQTNAPMKNP QANVLKLFLNQVADQKYIDMNDEKNYDPREPEPPYGTKGALDEIIRTDARSWANTPDDEFGSIMSSFKRFMYVYKDPKVR EATSKMSFDYEELRTGNISIYIVIAQIDIGTLSSLIRAFLESIAKNLMVKESSKPEERIFIIADEFVRFGKLPFLLEMPA LCRSYNVVPLFITQDYAMIRKYYSDDDLKILKGVVHYNIVFKMNSAEDAEIVSKEVGEFTRQSKNYSTEKGQLVFGGSSS YSHEGRNLLTAQDIMNINSDEVIVIVTGAKATPLKLKANYWFKDKELLKRANLPIDLEVERQRVEEPIPTHYRD |
| Gene | GenBank Accn | Product | Virulance or Resistance | PAI or REI | Alignment Type | E-val | Identity |
| virD4-1 | YP_002301090.1 | VirD4 coupling protein | Virulence | cag PAI | Protein | 9e-121 | 51 |
