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Name : HPSA_04660 (HPSA_04660) Accession : YP_005771521.1 Strain : Helicobacter pylori SouthAfrica7 Genome accession: NC_017361 Putative virulence/resistance : Virulence Product : VirD4 coupling protein Function : - COG functional category : - COG ID : - EC number : - Position : 957262 - 959007 bp Length : 1746 bp Strand : - Note : COG3505 Type IV secretory pathway, VirD4 components DNA sequence : ATGAGAGAAAAATTCAAAACATTAAAAGATAAATTTAAGGATAAAGCCAGCAATTTATTCCATAAGCTTAATAGCATTCA AAAAGATTATTACGCTAAAACTCTTCCTAAGGCTTGCAAAGATGTCTTTACGCTAGGTTCTTCTAAAAGTTATCCTATGA CTTTAAATTTTAACAAAGGTTTTTGTTTGGGGCTATATAAAGGTTTAAATTCGCTTAAGCCTACTTATTATGATGCTCCA CTTTCTACTTTAATTATCGCTCCTCCTGGAAGTGGTAAAACCGCAGCTGTGGCTGTGCCTAATCTTTTAAATGTGCCTAG CTCTTGTGTGGTGTTAGATATTAAAGGGGAGTTGTTTGATTTAACGGCTGGTTATAGACAACAAGTTCTAAAAAATAAAA TTTTTGTATTTGATCCCTTAGGAAATGATAACACGCTTAAATTCAATCCGTTTGACAAACGCATTGTAGAAAAATTAGAT TTTAACAGAAAGCGAAGGCTTGTAGATGAAGTGGGCAATACTATTTTTGCTGAAGATGGGGCAAATAAAGACCCCCATTG GACACAGCAAGCTAAAAATTTATTTGTCTTTTACGCTCTTTATGATTTGTGTGTGCATAACACTAGCACCTTTTTTGAAA TTGCAAGCGCTCCTATAAAAAATTATGTCCCCTTAATCAATCCACAAAGCCGATTTTATACTGAATTATATGAATGCCAA AGTAGCGATAATGGTTTTGTTAAAGAGAATGGGCGTTATATGGCTAAAGTAGAAAATGGTGTTAAAAAAATGAAACCTAA TGTCAATGTGGAATTGCTATGGTATAAACAAGTAGCTGAACAAGTCTATACTGACCCAGAAAATCCTAAAAATTATGATG GCTCTGTGAATCATTTAGAAAAAGACGATCAAGGCAATATTATAATGAAAGAGGGTATGTTAGATCCTATTATTAGAAAC GAAGCGAACAAATGGGCTAAGGCGAATGATAAAGAGTTTGCGAGCATTAAATCAGTTTATAGCCGTTTTATGCAAGTCTT TACAAGCTATCAAGTTAAAAGCGCTACAGATAGCATGAGTTTTGAATACGAGGATTTAAGGGCTGATAATATTTCACTCT ATATTAAAATCGCTCAAACAGATATTGACACGCTTGCACCGCTTATCCGTATCCTTTTGGAAAGTATTGCTAAAAATCTT TTATTGAAAGAGAGTAAGAAATTTGAAGAAAGGGTTTATCTCTTTTTAGATGAATTTGTGCGTTTTGGTAAATTGCCTTT TTTATTAGAAATGCCAGCATTAAGTAGGAGTTATGGTGTGGTTTTAATTTTTATCACGCAATCCAACGCTCTTATTGAAA AATATTATGGTAGAGAAGATGCAAGAATTGTTAATAGCACCGTGACTTACAAAGTGATTTTCAAAATGGATGATTTAGAA TATGCTAAGCAAGTGAGCGAAGAAGTCGGTAAGATGACTAGAAAAACACGAAGCCACTCTACAGAAAAAGGACAACTCAT TACTGGAGGGACTTCTAGTATAGGTAAAGAGGCGTGGGACTTATTGAGTACGCAAGACATTATGAATATTGATAAAGATG AAGTGATCATTTTAGTGAGCGGTCATAAGGCCAAACCCTTAAAATTAAAAGCGAATTATTATTTCAAAAACAAAGAATTA CTCTCTCGTATTAACTGGGAAGTCAAGCCCAATGAAGAAGTGTTTGATGCGTTAAAAAAGTTTTAA Protein sequence : MREKFKTLKDKFKDKASNLFHKLNSIQKDYYAKTLPKACKDVFTLGSSKSYPMTLNFNKGFCLGLYKGLNSLKPTYYDAP LSTLIIAPPGSGKTAAVAVPNLLNVPSSCVVLDIKGELFDLTAGYRQQVLKNKIFVFDPLGNDNTLKFNPFDKRIVEKLD FNRKRRLVDEVGNTIFAEDGANKDPHWTQQAKNLFVFYALYDLCVHNTSTFFEIASAPIKNYVPLINPQSRFYTELYECQ SSDNGFVKENGRYMAKVENGVKKMKPNVNVELLWYKQVAEQVYTDPENPKNYDGSVNHLEKDDQGNIIMKEGMLDPIIRN EANKWAKANDKEFASIKSVYSRFMQVFTSYQVKSATDSMSFEYEDLRADNISLYIKIAQTDIDTLAPLIRILLESIAKNL LLKESKKFEERVYLFLDEFVRFGKLPFLLEMPALSRSYGVVLIFITQSNALIEKYYGREDARIVNSTVTYKVIFKMDDLE YAKQVSEEVGKMTRKTRSHSTEKGQLITGGTSSIGKEAWDLLSTQDIMNIDKDEVIILVSGHKAKPLKLKANYYFKNKEL LSRINWEVKPNEEVFDALKKF |
| Gene | GenBank Accn | Product | Virulance or Resistance | PAI or REI | Alignment Type | E-val | Identity |
| virD4-1 | YP_002301090.1 | VirD4 coupling protein | Virulence | cag PAI | Protein | 0.0 | 99 |
