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Name : HPSA_07635 (HPSA_07635) Accession : YP_005772081.1 Strain : Helicobacter pylori SouthAfrica7 Genome accession: NC_017361 Putative virulence/resistance : Virulence Product : conjugal transfer protein (traG) Function : - COG functional category : - COG ID : - EC number : - Position : 1543901 - 1546033 bp Length : 2133 bp Strand : + Note : COG3505 Type IV secretory pathway, VirD4 components DNA sequence : ATGGACTTAAAAAGTTTTCACTCTAGCATTTTACTCAGTCAAGAAATTTTTGCAAATTTAAAGCATTTTAAATCCTTTAA GCCCCAAATTTATTTAGCTTTTATCTACGCTCTTACTCCGTTGATTTTCACTATCTATTTGTTTTTTAAAGGTGCGAATA TGAATAGTCATGGTAAGGCTAAATGGGCTAGCATTAAAGATATTGAAACCTATAAATACTCGCTTGTTTCTTGGGTTAAA TCCATTTGTGCTTTGTTTTTTCTGTTTTTATTTGCTCCATTAAGCATCTTTGCCATCTTTAAAAAGCACTTAATAATCTT TTGTAATGAAAGAGTATTTGAAGATAAAACAGGTTTTAGGATTTTTGATTTCAAAACCTACTACAACGCCTTAAAGATTA TAACAAGACAAATTTTTTATGAAAATTTTTTAAGCGGTTTGATGTTGATGCTTAAAAGTCAAAAAACTTATTACCAAAAC TTATTAGGACACCTAAAAGGCTCTATGTTATTAGGCTTAAAAAAAGAAAATCCCATCACCTTAAATTTTGATAATGGACT GCCTTTAGGCGTGTATGATGTGATGACTAGAGCTAAAGTAGTGTATTATAATTCTCCCCTTTCCACTTTAATTGTTGCTC CTCCTGGTGCTGGTAAAACTTCTGCAGTGGCTATCCCAACACTTTTGAGCGTGCCTAGCTCTTGTGTGGTGTTAGACATC AAAGGCGAATTGTGCAATTTAACGGCTGGATACAGGCAAAAGCATTTTAAAAATAAGATTTTTATTTTCAATCCTTATGG AACAGATAATAGTTTATACTTCAATCCTTTTGATAAGAAGATTGTTTATAAAATGAGCTTTAGCGAAAAACGTCGTTTGG TTGAAGAGATTGCTAACACTATCTTTAACGAAAAATCTCAAGACCCTCATTGGGTAGAACAAGCTAAGAATGTCTTTACT TTCCATGCATTGTATGAGCTATGTGTCAATGAAGAAACCACCCTTTTTGAAATTGCTTTATCATTAGATAAAAACTACAC TCCTTTGATCAATAAAAGAGGGCGTTTCTATCCACAAGTTTTTAAATGTGTTGAAAAAAGCAAAGAAGAAGGTGGTGGTT TTGAGATGAATAATGATGGCACTTACATGTTAGATAAAGACGCTAATGAAAAACCTATACAAATTGTTGATGTTGATGTT AGGAAATTATGGTATCAACAAGTGGCTGAACAAATTTACATTGATATTGACAAGAAAGAAAACTATGATGGCACAATTAA CAAGTTAGAATTGAAGCTAGATAAAGACAAAATGCCTATTTTAGAAGAAGGCATGCTAGATCCTTTCATGCGTTCTTATG CAAACAGATGGGCGAATACTAACACCAAGGAATTTAGCTCTATCAAATCTACTTTTGATAGATTTATGCAAGTATTCACG GATTATAGAGTTAAAAGAGCAACCTCTAAAATGAGTTTTGAATATGAAGATCTAAGAAAAGATAATATCACTCTTTACAT TAAAATCGCTCAAACAGATATTGACATTATTGCTCCGTTGATTAGGGTGCTTTTAGAAAGCATAGGCAAAAACTTGCTTT TAAAAGAAAGTAAAAGATTTGATGAAAGAATTTATTTTATACTAGATGAGTTTGTTAGATTTGGCAAACTCAGTTTCTTG TTAGAGATGCCAGCATTAAGTAGAAGTTATGGAGTGGTGTTGCTTTACATCACTCAAAGCAATGCAATGATTGAAAAATA CTATGGCAAAGAAGACGCTAAGATTTTAAACGGCACGGTGAATTATAAAGTTCTTTTTAGAATGAACGATTATGAATACG CACAACAAATTTCTAATGAAATCGGCAAGATGACTAGAAAAACACGAAGCCATTCTACAGAAAAAGGACAGCTTATTATG GGTGGAACTTCTAGTATAGGCAAAGAGGCATGGGATTTGATCAGTCCGCAAGATATTCTAAATATTGACAAAGATGAAGT GATTATATTAGTAGGCGGTCATCAAGCCAAACCTTTAAAACTAAAAGCGAATTACTATTTTAGAAATCCTAAAATGGCAG AATGCTTGAATTGGGAAGTCAAACCTAATGAAGAAGTGTTTTCCAAATTGTAA Protein sequence : MDLKSFHSSILLSQEIFANLKHFKSFKPQIYLAFIYALTPLIFTIYLFFKGANMNSHGKAKWASIKDIETYKYSLVSWVK SICALFFLFLFAPLSIFAIFKKHLIIFCNERVFEDKTGFRIFDFKTYYNALKIITRQIFYENFLSGLMLMLKSQKTYYQN LLGHLKGSMLLGLKKENPITLNFDNGLPLGVYDVMTRAKVVYYNSPLSTLIVAPPGAGKTSAVAIPTLLSVPSSCVVLDI KGELCNLTAGYRQKHFKNKIFIFNPYGTDNSLYFNPFDKKIVYKMSFSEKRRLVEEIANTIFNEKSQDPHWVEQAKNVFT FHALYELCVNEETTLFEIALSLDKNYTPLINKRGRFYPQVFKCVEKSKEEGGGFEMNNDGTYMLDKDANEKPIQIVDVDV RKLWYQQVAEQIYIDIDKKENYDGTINKLELKLDKDKMPILEEGMLDPFMRSYANRWANTNTKEFSSIKSTFDRFMQVFT DYRVKRATSKMSFEYEDLRKDNITLYIKIAQTDIDIIAPLIRVLLESIGKNLLLKESKRFDERIYFILDEFVRFGKLSFL LEMPALSRSYGVVLLYITQSNAMIEKYYGKEDAKILNGTVNYKVLFRMNDYEYAQQISNEIGKMTRKTRSHSTEKGQLIM GGTSSIGKEAWDLISPQDILNIDKDEVIILVGGHQAKPLKLKANYYFRNPKMAECLNWEVKPNEEVFSKL |
| Gene | GenBank Accn | Product | Virulance or Resistance | PAI or REI | Alignment Type | E-val | Identity |
| virD4-1 | YP_002301090.1 | VirD4 coupling protein | Virulence | cag PAI | Protein | 7e-173 | 64 |
