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Name : HPCU_01270 (HPCU_01270) Accession : YP_005766346.1 Strain : Helicobacter pylori Cuz20 Genome accession: NC_017358 Putative virulence/resistance : Virulence Product : conjugal transfer protein (traG) Function : - COG functional category : - COG ID : - EC number : - Position : 242605 - 244332 bp Length : 1728 bp Strand : + Note : COG3505 Type IV secretory pathway, VirD4 components DNA sequence : ATGAGAGAAAAATTCAAAACATTAAGAGATAAATTTAAGGATAAAACCAGCAATTTATTCCATAAGCTTAATAGCATTCA AAAAGATTATTACACTAAAACTTTCCCTAAGGCTTGCAAAGATGTCTTTACGCTAGGTTCTTCTAAGAGTTATCCTATGA CCTTAAATTTTAACAAAGGTTTTTGTGTGGGGCTATATAAAGGTTTAAATTCACTTAAGCCTACTTATTATGATGCTCCG CTTTCTACTTTAATTATCGCTCCTCCTGGAAGTGGTAAAACCGCAGCTGTGGCTGTGCCTAATCTTTTAAATGTGCCTAG CTCTTGTGTGGTGTTAGATATTAAAGGGGAGTTGTTTGATTTAACGGCTGGTTACAGACAACAAGTTCTAAAAAATAAAA TTTTTGTATTTGATCCCTTAGGAAATGATAACACGCTTAAATTCAATCCGTTTGATAAACGCATTGTAGAAAAATTAGAT TTTAACAGAAAGCGAAGGCTTGTAGATGAAGTGGGTAATACTATTTTTGCTGAAGATGGGGCAAATAAAGACCCTCATTG GACACAGCAAGCTAAAAATTTATTTGTCTTTTACGCTCTTTATGATTTGTGTGTGCATAACACTAGCACCTTTTTTGAAA TTGCAAGCGCTCCTATAAAAAATTATGTCCCCTTAATCAATCCACAAAGCCGATTTTATACTGAATTATATGAATGTCAA AGTAGTGATAATGGTTTTGTTAAAGAGAATGGGCGTTATATGGCTAAAGTAGAAAATGGCGTTAAAAAAATGAAACCTAA TGTCAATGTGGAATTGCTATGGTATAAACAAGTAGCCGAACAAGTCTATACTGACCCAGAAAATCCTAAAAATTATGATG GATCTGTGAATAATTTAGAAAAAGACGATCAAGGCAATGTTATAATGAAAGAGGGCATGTTAGATCCTGTTATTAGAAAC GAAGCGAACAAATGGGCTAAGGCGAATGATAAAGAGTTTGCGAGCATTAAATCAGTTTATAGCCGTTTTATGCAAGTCTT TACAAGTTATCAAGTTAAAAGCGCTACAGATAGCATGAGTTTTGAATACGAGGATTTAAGGGCTGATAATATTTCACTCT ATATTAAAATCGCTCAAACAGATATTGACACACTCGCACCGCTTATCCGTATCCTTTTGGAAAGTATTGCTAAAAATCTT TTATTGAAAGAGAGTAAGAAATTTGAAGAAAGGGTTTATCTGTTTTTAGATGAATTTGTGCGTTTTGGTAAATTGCCTTT TTTATTAGAAATGCCCGCATTAAGTAGGAGCTATGGTGTGGTTTTAATTTTTATCACGCAATCCAACGCTCTTATTGAAA AATATTATGGTAGAGAAGATGCAAGAATTGTTAATAGCACCGTGGCTTACAAAGTAATTTTCAAAATGGATGATTTAGAA TATGCTAAACAAGTGAGCGAAGAAGTCGGTAAGATGACTAGAAAAACACGAAGCCACTCTACAGAAAAAGGACAACTCAT TACCGGAGGAACTTCTAGTATAGGTAAAGAGGCGTGGGACTTATTGAGCGCGCAAGACATTATGAATATTGATAAAGATG AAGTGATCATTTTAGTAAGCGCTCATAAGGCTAAACCCTTAAAATTAAAAGCGAATTATTATTTCAAAAACAAAGAATTA CTCTCTCGTATTAACTGGGAAGTCAAGCCCAATGAAGAAGTGTTTTGA Protein sequence : MREKFKTLRDKFKDKTSNLFHKLNSIQKDYYTKTFPKACKDVFTLGSSKSYPMTLNFNKGFCVGLYKGLNSLKPTYYDAP LSTLIIAPPGSGKTAAVAVPNLLNVPSSCVVLDIKGELFDLTAGYRQQVLKNKIFVFDPLGNDNTLKFNPFDKRIVEKLD FNRKRRLVDEVGNTIFAEDGANKDPHWTQQAKNLFVFYALYDLCVHNTSTFFEIASAPIKNYVPLINPQSRFYTELYECQ SSDNGFVKENGRYMAKVENGVKKMKPNVNVELLWYKQVAEQVYTDPENPKNYDGSVNNLEKDDQGNVIMKEGMLDPVIRN EANKWAKANDKEFASIKSVYSRFMQVFTSYQVKSATDSMSFEYEDLRADNISLYIKIAQTDIDTLAPLIRILLESIAKNL LLKESKKFEERVYLFLDEFVRFGKLPFLLEMPALSRSYGVVLIFITQSNALIEKYYGREDARIVNSTVAYKVIFKMDDLE YAKQVSEEVGKMTRKTRSHSTEKGQLITGGTSSIGKEAWDLLSAQDIMNIDKDEVIILVSAHKAKPLKLKANYYFKNKEL LSRINWEVKPNEEVF |
| Gene | GenBank Accn | Product | Virulance or Resistance | PAI or REI | Alignment Type | E-val | Identity |
| virD4-1 | YP_002301090.1 | VirD4 coupling protein | Virulence | cag PAI | Protein | 0.0 | 99 |
