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Name : clpB (RJP_0034) Accession : YP_004884398.1 Strain : Rickettsia japonica YH Genome accession: NC_016050 Putative virulence/resistance : Virulence Product : clpB protein Function : - COG functional category : O : Posttranslational modification, protein turnover, chaperones COG ID : COG0542 EC number : - Position : 54088 - 56661 bp Length : 2574 bp Strand : + Note : - DNA sequence : ATGAATATTGATAAATTTACTACACATGCTAAATCAGTGATAGCTAGTAGCCAATCACTTGCTGCTAAAAATGATCATCA GCAAATATTACCTTTGCATTTATTATCTAGTCTTTTAAGTGAAGAAACAGGTATAATTCAAACCCTTATTAATAATACCG GCGGTAATATAAACTTATTAAAAGATCAAGTTCAGCTAGAACTAAATAAAATCCCAAAAGTTCAGGTTGAGGGAGGGGGA CAAGTTTATTCTTCTGCTGAAGCTCTTAAAGTTTTAGAAAAAGCTAGTAGCATTGCTAAAGACAGTGGGGATAGCTTTGT AACCATAGAGCGTATATTTGAAGCATTAACTTATGATAATACTATAGCCGGTAAAATTTTAACGAATAATGGAATTAATA ATAAAAAAATAGCAACAGCTATTTTACAACTTCGTAAAGGCAAAAAAGCAGATACCGAATCGGCAGAAAATAGTTACGAT GCTTTAAAGAAATACGGCAGAGACGTAACAGAGCTTGCCGAAAGCGGTAAGCTTGACCCGATAATCGGACGTGATGAAGA AATAAGAAGAACGGTGCAGGTACTATCACGACGTATGAAAAATAATCCTGTATTGATCGGAGAACCTGGAGTCGGTAAAA CTGCTATAATAGAGGGGCTTGCACAACGAATATTTAGTAAGGACGTACCTGAATCACTTATTAATTGCCGTATTATTGAG CTTGATATGGGAGCTTTAATAGCGGGAGCTAAATATCGAGGTGAATTTGAAGAGCGTCTTAAAGCAGTGCTTAGCGAAAT CAAAGAATCAAGCGGTGAAATTATTTTATTTATCGATGAATTGCATCTCCTAGTCGGTACGGGAAAAACCGACGGTGCTA TGGATGCCTCGAATTTACTAAAGCCGATGCTTGCTCGTGGTGAGCTACATTGTATCGGTGCTACTACTCTAGATGAATAT CGTAAATATATCGAGAAAGATGCGGCACTTGCTCGTCGTTTTCAGCCTGTTTACGTGAGTGAGCCGACGGTTGAGGATAC TATATCAATACTTAGAGGAATTAAAGAAAAATATGAGCTGCATCATGCAGTGCGAATTTCCGATAGTGCAATAGTTGCAG CAGCGACGTTATCAAACCGTTATATTACCGATCGTTATTTACCTGATAAAGCTATTGATTTGATTGATGAAGCTTGTAGC CGTATGAAAATAGAGCTATCAAGTAAACCAGAAGAGCTTGATGAGCTGGACCGTCGTATTATTCAGATAAAAATAGAGCT TGCAGCACTTAAAAAAGAAAATGACGAGCATTCTAAAAAGAAAATAGAGCATTTAACTACAGCATTAGAAAAATTAGAGT CTAAATCCTATGATATGGGAGCTAAATGGCAAGCTGAAAAGTCTAAACTACAGCAAACACAAAAGCTCAAAGAAGAACTA GACCGTAGCCGAAACGAGCTTGAACGTGCCGAACGTGATGCTAATCTCGCTAAAGCTAGTGAGCTAAAATACGGAATTAT ACCTGAGATTATGAAAAAGCTTCAGGAAGCCGAAAGTATGGATAATAAAGGGCTGTTAAAAGAAATTGTATCGGAAAGTG ATGTAGCAAGTATTATCTCTCGTATTACTGGTATTCCAATTGATACGATGCTATCAAGTGAACGTGAGCGTCTGCTTGTG ATGGAGCAGAAATTACGAGAATCGGTAATAGGGCAGGATGAGGCAATTAAAGGTGTTAGTGATGCGGTAAGAAGATCACG TGCAGGGATTCAAGATATTAACCACCCGCTTGGTTCGTTCTTATTCTTAGGACCGACCGGAGTCGGTAAAACCGAGCTTA CCAAAGCCTTAGCTGGTTTTCTTTTTGATGACCGTAATGCAATACTTCGTATAGATATGTCGGAATATATGGAGAAGCAC GCTATTTCTCGCCTGATAGGAGCTCCTCCCGGCTATATCGGATATGATCAAGGCGGAGTGTTGACGGAGGCAGTAAGACG CCGTCCTTATCAGGTAATATTATTTGATGAGGTTGAAAAAGCCCATCCCGACATATTTAATATTATGCTGCAAATACTTG ATGAGGGAAGATTAACAGATAGTCAAGGTATAACGGTTGATTTTAAAAATACTATAATAGTTTTAACATCTAATTTAGGT GCTGAGATACTCGTTAATCAGAAAGAGGACGAAGATACATATAAAGTAAAGGATGAGGTTATGGAATGTGTAAAAGCAGT ATTTAAACCTGAGTTTTTAAACAGACTAGACGAGATTATATTATTCCATCGCCTAAATCGTAATAATATTCATGATATAG TTAAGATACAGCTTGAAAGCTTAAAGAAAATTTTACTAGCACAAAATATTATTCTTGAATTTGATGAATCTGCCTTAAAT TATTTAGCCGAAAAAGGTTATGATCCAAGCTTTGGAGCAAGACCCTTAAAACGTCTTATCCAGCGGGAAATACAAAATAA TTTAGCCAAAATGATTTTAGCAGGCGAAATAAGTAGCGGTAAAACGGTTAAAATAAATGCAAAGGATAAAGAATTGAAGG TAACAATGAGTTGA Protein sequence : MNIDKFTTHAKSVIASSQSLAAKNDHQQILPLHLLSSLLSEETGIIQTLINNTGGNINLLKDQVQLELNKIPKVQVEGGG QVYSSAEALKVLEKASSIAKDSGDSFVTIERIFEALTYDNTIAGKILTNNGINNKKIATAILQLRKGKKADTESAENSYD ALKKYGRDVTELAESGKLDPIIGRDEEIRRTVQVLSRRMKNNPVLIGEPGVGKTAIIEGLAQRIFSKDVPESLINCRIIE LDMGALIAGAKYRGEFEERLKAVLSEIKESSGEIILFIDELHLLVGTGKTDGAMDASNLLKPMLARGELHCIGATTLDEY RKYIEKDAALARRFQPVYVSEPTVEDTISILRGIKEKYELHHAVRISDSAIVAAATLSNRYITDRYLPDKAIDLIDEACS RMKIELSSKPEELDELDRRIIQIKIELAALKKENDEHSKKKIEHLTTALEKLESKSYDMGAKWQAEKSKLQQTQKLKEEL DRSRNELERAERDANLAKASELKYGIIPEIMKKLQEAESMDNKGLLKEIVSESDVASIISRITGIPIDTMLSSERERLLV MEQKLRESVIGQDEAIKGVSDAVRRSRAGIQDINHPLGSFLFLGPTGVGKTELTKALAGFLFDDRNAILRIDMSEYMEKH AISRLIGAPPGYIGYDQGGVLTEAVRRRPYQVILFDEVEKAHPDIFNIMLQILDEGRLTDSQGITVDFKNTIIVLTSNLG AEILVNQKEDEDTYKVKDEVMECVKAVFKPEFLNRLDEIILFHRLNRNNIHDIVKIQLESLKKILLAQNIILEFDESALN YLAEKGYDPSFGARPLKRLIQREIQNNLAKMILAGEISSGKTVKINAKDKELKVTMS |
| Gene | GenBank Accn | Product | Virulance or Resistance | PAI or REI | Alignment Type | E-val | Identity |
| clpC | YP_005163377.1 | ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit | Not tested | Not named | Protein | 2e-130 | 42 |
| Gene | GenBank Accn | Product | ID of source DB | Alignment Type | E-val | Identity |
| clpB | YP_004884398.1 | clpB protein | VFG0079 | Protein | 2e-162 | 46 |
