|
Name : HPSJM_07015 (HPSJM_07015) Accession : YP_003929280.1 Strain : Helicobacter pylori SJM180 Genome accession: NC_014560 Putative virulence/resistance : Virulence Product : VirD4 coupling protein Function : - COG functional category : U : Intracellular trafficking, secretion and vesicular transport COG ID : COG3505 EC number : - Position : 1414005 - 1415753 bp Length : 1749 bp Strand : - Note : COG3505 Type IV secretory pathway, VirD4 components DNA sequence : ATGAGAGAAAAGTCCAAAACATTAAAAGATAGATTTAAAGATAAAACTAGCAATTTATTCCATAAGCTTAATAGCATTCA AAAAGATTATTACACTAAAATTCTTCCTAAGGCTTGCAAAGATGTCTTTACGCTAGGTTCTTCTAAAAGTTATCCTATGA CTTTAATTTTTAACAAAGGTTTTTGTGTGGGGCTATATAAAGGTTTAAATTCGCTTAAGCCTACTTATTATGATGCTCCG CTTTCTACTTTAATCATCGCTCCTCCTGGAAGTGGTAAAACCGCAGCTGTGGCTGTGCCTAATCTTTTAAATGTGCCTAG CTCTTGTGTGGTGTTAGATATTAAAGGGGAGTTATTTGATTTAACGGCTGGTTACAGACAACAAGTTCTAAAAAATAAAA TTTTTGTATTTGATCCCTTAGGAAATGATAACACGCTTAAATTCAATCCGTTTGACAAACGCATTGTAGAAAAATTAGAT TTTAACCGAAAGCGAAGGCTTGTAGATGAAGTGGGTAATACTATTTTTGCTGAAGATGGGGCAAATAAAGACCCCCATTG GACACAGCAAGCTAAAAATTTATTTGTCTTTTACGCTCTTTATGATTTGTGCGTGCATAACACCAGCACCTTTTTTGAAA TCGCAAGCGCTCCTATAAAAAATTATGTCCCCTTAATCAATCCACAAAGCCGATTTTATACTGAATTATATGAATGTCAA AGTAGCGATAATGGTTTTGTTAAAGAGAATGGGCGTTATATGGCTAAAGTAGAAAATGGCGTCAAAAAAATGAAACCTAA TGTCAATGTAGAATTACTATGGTATAAACAAGTAGCCGAACAAGTCTATACTGACCCAGAAAATCCTAAAAATTATGATG GATCTGTGAATCATTTAGAAAAAGACGATCAAGGCAATATTATAATGAAAGAGGGTATGTTAGATCCTATTATTAGAAAC GAAGCGAACAAATGGGCTAAGGCGAATGATAAAGAGTTTGCGAGCATTAAATCAGTTTATAGCCGTTTTATGCAAGTCTT TACAAGCTATCAAGTTAAAAGCGCTACAGATAGCATGAGTTTTGAATACGAGGATTTAAGGGCTGACAATATTTCACTTT ATATTAAAATCGCTCAAACAGATATTGACACACTCGCACCGCTTATCCGTATCCTTTTGGAAAGTATTGCTAAAAATCTT TTATTGAAAGAGAGTAAGAAATTTGAAGAAAGGGTTTATCTCTTTTTAGATGAATTTGTGCGTTTTGGTAAATTGCCTTT TTTATTAGAAATGCCCGCATTGAGCAGGAGCTATGGTGTGGTTTTAATTTTTATCGCACAATCCAACGCTCTTATTGAAA AATATTATGGTAAAGAAGATGCAAGAATTGTTAATAGCACCGTGGCTTACAAAATAATTTTCAAAATGGATGATTTAGAA TATGCTAAACAAGTGAGCGAAGAAGTCGGTAAGATGACTAGAAAAACACGAAGCCACTCTACAGAAAAAGGACAGCTTAT TATGGGTGGGACTTCTAGTATAGGTAAAGAGGCGTGGGACTTATTGAGCGCGCAAGATATTATGAATATTGATAAAGATG AAGTGATCATTTTAGTGAGCGGTCATAAGGCTAAACCCTTAAAATTAAAAGCGAATTATTATTTCAAAAACAAAGAATTA CTCTCTCGTATTAACTGGGAAGTCAAGCCCAATGAAGAAGTGTTTGATGAATCAAAAAAGGTTGTATGA Protein sequence : MREKSKTLKDRFKDKTSNLFHKLNSIQKDYYTKILPKACKDVFTLGSSKSYPMTLIFNKGFCVGLYKGLNSLKPTYYDAP LSTLIIAPPGSGKTAAVAVPNLLNVPSSCVVLDIKGELFDLTAGYRQQVLKNKIFVFDPLGNDNTLKFNPFDKRIVEKLD FNRKRRLVDEVGNTIFAEDGANKDPHWTQQAKNLFVFYALYDLCVHNTSTFFEIASAPIKNYVPLINPQSRFYTELYECQ SSDNGFVKENGRYMAKVENGVKKMKPNVNVELLWYKQVAEQVYTDPENPKNYDGSVNHLEKDDQGNIIMKEGMLDPIIRN EANKWAKANDKEFASIKSVYSRFMQVFTSYQVKSATDSMSFEYEDLRADNISLYIKIAQTDIDTLAPLIRILLESIAKNL LLKESKKFEERVYLFLDEFVRFGKLPFLLEMPALSRSYGVVLIFIAQSNALIEKYYGKEDARIVNSTVAYKIIFKMDDLE YAKQVSEEVGKMTRKTRSHSTEKGQLIMGGTSSIGKEAWDLLSAQDIMNIDKDEVIILVSGHKAKPLKLKANYYFKNKEL LSRINWEVKPNEEVFDESKKVV |
| Gene | GenBank Accn | Product | Virulance or Resistance | PAI or REI | Alignment Type | E-val | Identity |
| virD4-1 | YP_002301090.1 | VirD4 coupling protein | Virulence | cag PAI | Protein | 0.0 | 98 |
