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Name : HPPC_07770 (HPPC_07770) Accession : YP_003927808.1 Strain : Helicobacter pylori PeCan4 Genome accession: NC_014555 Putative virulence/resistance : Virulence Product : hypothetical protein Function : - COG functional category : U : Intracellular trafficking, secretion and vesicular transport COG ID : COG3843 EC number : - Position : 1555149 - 1557059 bp Length : 1911 bp Strand : + Note : COG3843 Type IV secretory pathway, VirD2 components (relaxase) DNA sequence : ATGGCGTTAGAAAAAAGTTATAGTAAAGACTTTGAAAGCGATGAGCTTTTTGATTATGAGATCATCAAGCCCAAAAAGAC GCTTAAGATACAATACACTTATGCTAAACGCTATTATGAAGAAGCAGAAAAGTTTGCTAAAAATTTAACCCAACTCACAC AAGAAGAATGTATGCGTTTAAGAGAGCCGCAAAAACAAGTGGTCATCAAAAACATAGGCAACATGACACGCTTGCATTCA AAAAGGGCGATGGATTATATCGCTAAACATGGTGAGTTGGTGAGAGATGAATTTTTTAGTAGAGTTAATTATAATGATAT AGCAGAGCAATGGAATGAGCAATTTGAAAACTTATTAGAAAATAAGAGTCGTGTTAAAAATTGCGCTTTACATCTAGTGT TTAGCATTGATGAAAATTGTAATGAAAAAATTTTAAAAGCTTTGGAATTAAGCGTGTATCAAACACTCACTGACACGCTA GGTTATGATTATCCTTTCATAATAAAACTCCATGCGCACCAAAACAATCCGCATGCGCATGTGATTATCAACAAAACTAA CAAAATTACCAATAAGCAACTACGCTTTCATTCTAAAGATAGCTGTAAAGAGTTTTACCACACACTAAGAGAAACATTTA AAGATTATTTATTTGCTAACTCAAAAGGCGAATTGCAATATTCTAACACGCCCAATATTCATAAGGCGATTAAAAATATA GAAATAGAGTTAGATACGCTAGAAACACAGGCTAGAAACAATAAGAGTTTTAGGCATGAAAACTATTTTTATAAAGTTTT GGGCAGCGCGACTTTTCAAATAGAAAGTTTGAAAAAAAGAGAAAATGCCCTATCTGATCATTTAGATAGTCTAAAAAATC TATTAGAAAAAACACATTGGGAAAAAGAAAATTTCACGCCCCCTACAAATGAAAAAGAACTTAACAGGCAACTTAAAGAA ATAAAATGGCTCAATAAAGAAACTCCAACTTCTAAAAACACTTATAAAAAAATTCAAAAATTAGCTGTCTGTAAAAGCCC TTTAATAAAAGATTATCTTTATACCATTAAAAAACTTTTTGCCACACAAAAAAAGATTATAGATTTAGAAAAAGATTATA AAGATTTAAGAGCCTTAAAGGAAGAATTTAGCAAAGATTTAGAAGCTGATTTATCCCATTCAAAAAAACGCTTTGAGCTT TACACTAAATTAAAAAGCATGAGCAAAGTTTTCATAAGTAAGAGTATTGTTAAAAATTTAGAAAAAATTGCTTTAAATTT TAAAAGCGATAGACATAGTATTTCGCAAAGAGCTTTTGAATTTTTTAGGTATATGAATTATCAAAATTTAAGCTTGACTG ATAAAGGCAATATGTTTTTAGCGGCTAAGTTTTTTAAAGATAGTGCTTTACTTGTTAATATTGCTAGGTTTGAAATGAAA AAGATAGACGATAGTGTTAAAAATTCTAACCCACAAGGCAATTTATTAGACAAACAAGCTTGGCTTAATCTTTTAGAACA TTTAAAAAGACTTGAAGAGGAAAACTATTGTTTTGCTAAGAAGCGAAAAGAATTCTTAGAGACTAGAGCTATGGAGCTAT CAAAAGATTTAAAATTTTTAACACAGGCTAATGAAAATGATTTGCCTATTTATGAAAGAGGGCAAAGGGATAAAATCATT AAACGCTGTGAAAAATCGCTTAATTTTTTGCAGAAAGAATTACAATGCTTTAAAACCTTATTAAAAAGTGCAAGTATAGC TTTAGAAAACTTGCAAAGCAACTATCAAATCACAGCCGTTACACAAGACACGCAAGAAAACACAAACGCACTCAAAAATA CTACTCAAGATTTTAACAAAACTACCAATGAACCCACAAACCCTAACAATAACTATGAAATGGATTTTTAA Protein sequence : MALEKSYSKDFESDELFDYEIIKPKKTLKIQYTYAKRYYEEAEKFAKNLTQLTQEECMRLREPQKQVVIKNIGNMTRLHS KRAMDYIAKHGELVRDEFFSRVNYNDIAEQWNEQFENLLENKSRVKNCALHLVFSIDENCNEKILKALELSVYQTLTDTL GYDYPFIIKLHAHQNNPHAHVIINKTNKITNKQLRFHSKDSCKEFYHTLRETFKDYLFANSKGELQYSNTPNIHKAIKNI EIELDTLETQARNNKSFRHENYFYKVLGSATFQIESLKKRENALSDHLDSLKNLLEKTHWEKENFTPPTNEKELNRQLKE IKWLNKETPTSKNTYKKIQKLAVCKSPLIKDYLYTIKKLFATQKKIIDLEKDYKDLRALKEEFSKDLEADLSHSKKRFEL YTKLKSMSKVFISKSIVKNLEKIALNFKSDRHSISQRAFEFFRYMNYQNLSLTDKGNMFLAAKFFKDSALLVNIARFEMK KIDDSVKNSNPQGNLLDKQAWLNLLEHLKRLEEENYCFAKKRKEFLETRAMELSKDLKFLTQANENDLPIYERGQRDKII KRCEKSLNFLQKELQCFKTLLKSASIALENLQSNYQITAVTQDTQENTNALKNTTQDFNKTTNEPTNPNNNYEMDF |
| Gene | GenBank Accn | Product | Virulance or Resistance | PAI or REI | Alignment Type | E-val | Identity |
| virD2-1 | YP_002301087.1 | relaxase | Virulence | cag PAI | Protein | 0.0 | 92 |
