|
Name : HPB8_501 (HPB8_501) Accession : YP_003728522.1 Strain : Helicobacter pylori B8 Genome accession: NC_014256 Putative virulence/resistance : Virulence Product : hypothetical protein Function : - COG functional category : U : Intracellular trafficking, secretion and vesicular transport COG ID : COG3843 EC number : - Position : 467038 - 468933 bp Length : 1896 bp Strand : + Note : COG3843 Type IV secretory pathway, VirD2 components (relaxase) DNA sequence : TTGGGTAAAGACTTTGAAAGCGATGAGCTTTTTGATTATGAGATCATCAAGCCCAAAAAGACGCTTAAGATACAATACAC TTATGCTAAACGCTACTATAAAGAAGTAGAAAAGTTTGCTAAAAATTTAACCCAACTGACACAAGAAGAATTCATGCGTT TAAGAGAGCCACAAAAACAAGTGGTCATCAAAAACATAGGCAACATGACACGCCTGCATTCAAAAAGGGCGATGGATTAT ACCGCTAAACATGGTGAGCTAGTGAGAGATGAATTTTTTAATGAAGTTAATTATAATGATATAGCAGAGCAATGGAATGA GCAATTTGAAAAATTATTAGAAAATAAGAGCCGTGTTAAAAATTGCGCTTTACATCTGGTGTTTAGCATTGATGAAAATT GTAATGAAAAAAATTTAAAAGCTTTGGAATTAAGCGTGTATCAAACACTCACTAACACGCTAGGTTATGATTATCCTTTT ATAATGAAACTCCATACACACCAAAACAATCCGCATGCGCATGTGATTATCAACAAGACTAACAAAATTACCAATAAGCA ACTACGCTTTAATTCTAAAGACAGCTGTAAAGAGTTTTACCACACACTAAGAGAAACATTTAAAGATTATTTATTTGCTA ACTCAAAAGGCGAATTGCAATATTCTAATACGCCTAATATTTATACGGCGATTAAAAACATAGAAACAGAGTTAGATGCA CTAGAAAAACAGGCTAGAAACAATAAGAGTTTTAGGCATGAAAACTATTTCTATAAAGTTTTTGGCAGTGCGACTTCTCA AATAGATAGCTTGAAAAAAAGAGAAAATGCTCTACTTGATCATTTAGATAGTCTAAAAAATCTATTAGAAAAAACACATT GGGAAAAAGAAAATTTCACTCCCCCAATAAATGAAAAAGAACTTAATAGGCAACTTAAAGAAATAAAATGGTTAAATAAA GAATCTTTAACTCCTAAAAACACTTATAAAAAAACTCAAAAATTGGTTGTCTGTAAAAGCCGTTTAATAAAAGATTATCT TTATACCACCAAAAAACTTTTTACCACGCAAAAAAAGATTATAGATTTAGAGAAAGATTATAAAAATTTAAAAGTCTTAA AGGAAGAATTTAGCAAAGATTTAGAAACTGATTTATCACATTCAAAAAAACGCTTTGAACTTTACACTAAATTAAAAAGC ATGAGCAAAGTTTTCACAAGTAAAAATATTGTTAAAAATTTAGAAAAAATTGCTTTAGATTTTAAAAGCGATAGACATAG TATTTCGCAAAGAGCTTTTGAATTTTTTAGGTATATGAATTATCAAAATTTAAGCTTGATTGATAAAGGCAATATGTTTT TAGTGGCTAAGTTTTTTAAAGATAGCGCTTTACTTGTTAATATTGCTAGGTTTGAAATGAAAAAGATAGATGATAGTGTT AAAAATTCTAACCCACAGGACAATTTATTAGACAAACAAGCTTGGCTCAATCTTTTAGAACATTTAAAAAGACTTGAAGA GGAAAACTATTGTTTTGCTAAGAAGCGAAAAGAATTCTTAGAAACTAGAGCTATGGAGTTATCAAAAGATTTGAAATTTT TAACACAGGCTAATGAAAATGATTTGCCTATTTATGAAAGAGGTCAAAGGGATAAAATCATTAAACGCTGTGAAAAATCG CTTAATTTTTTGCAGAAAGAATTACAATGCTTTAAAACTTTATTAAAAAGTGCAAGCATAGCTTTAGAAAACTTGCAAAA TAACCATCAAATCACAGCCGTTACACAAGACACGCAAGAAAACACAAACGCGCTCAAAAAAATACCACTCAAAGATTTTA ACAAAACTACCAATGAGCTTATAAGCCCTAACAATAACTATGAAATGGATTTTTAA Protein sequence : MGKDFESDELFDYEIIKPKKTLKIQYTYAKRYYKEVEKFAKNLTQLTQEEFMRLREPQKQVVIKNIGNMTRLHSKRAMDY TAKHGELVRDEFFNEVNYNDIAEQWNEQFEKLLENKSRVKNCALHLVFSIDENCNEKNLKALELSVYQTLTNTLGYDYPF IMKLHTHQNNPHAHVIINKTNKITNKQLRFNSKDSCKEFYHTLRETFKDYLFANSKGELQYSNTPNIYTAIKNIETELDA LEKQARNNKSFRHENYFYKVFGSATSQIDSLKKRENALLDHLDSLKNLLEKTHWEKENFTPPINEKELNRQLKEIKWLNK ESLTPKNTYKKTQKLVVCKSRLIKDYLYTTKKLFTTQKKIIDLEKDYKNLKVLKEEFSKDLETDLSHSKKRFELYTKLKS MSKVFTSKNIVKNLEKIALDFKSDRHSISQRAFEFFRYMNYQNLSLIDKGNMFLVAKFFKDSALLVNIARFEMKKIDDSV KNSNPQDNLLDKQAWLNLLEHLKRLEEENYCFAKKRKEFLETRAMELSKDLKFLTQANENDLPIYERGQRDKIIKRCEKS LNFLQKELQCFKTLLKSASIALENLQNNHQITAVTQDTQENTNALKKIPLKDFNKTTNELISPNNNYEMDF |
| Gene | GenBank Accn | Product | Virulance or Resistance | PAI or REI | Alignment Type | E-val | Identity |
| virD2-1 | YP_002301087.1 | relaxase | Virulence | cag PAI | Protein | 0.0 | 95 |
