|
Name : tcdB (CD196_0600) Accession : YP_003213639.1 Strain : Clostridium difficile CD196 Genome accession: NC_013315 Putative virulence/resistance : Virulence Product : toxin B Function : - COG functional category : R : General function prediction only COG ID : COG5263 EC number : - Position : 710024 - 717124 bp Length : 7101 bp Strand : + Note : - DNA sequence : ATGAGTTTAGTTAATAGAAAACAGTTAGAAAAAATGGCAAATGTAAGATTTCGTGTTCAGGAAGATGAATATGTAGCAAT ATTGGATGCTTTAGAAGAATATCATAATATGTCAGAGAATACTGTAGTCGAAAAATATTTAAAATTAAAAGATATAAATA GTTTAACAGATATTTATATAGATACATATAAAAAGTCTGGTAGAAATAAAGCCTTAAAAAAATTTAAGGAATACCTAGTT ACAGAAGTATTAGAGCTAAAGAATAATAATTTAACTCCAGTTGAGAAAAATTTACATTTTGTTTGGATTGGAGGTCAAAT AAATGACACTGCTATTAATTATATAAATCAATGGAAAGATGTAAATAGTGATTATAATGTTAATGTTTTTTATGATAGTA ATGCATTTTTGATAAACACATTGAAAAAAACTATAGTAGAATCAGCAACAAATGATACACTTGAATCATTTAGAGAAAAC TTAAATGACCCTAGATTTGACTATAATAAATTTTACAGAAAACGTATGGAGATAATCTATGATAAGCAGAAAAATTTCAT AAATTACTATAAAACTCAAAGAGAAGAAAATCCTGACCTTATAATTGATGATATTGTAAAGATATATCTTTCAAACGAGT ATTCAAAGGATATAGATGAACTTAATTCCTATATTGAAGAGTCATTAAATAAAGTTACAGAAAATAGTGGGAATGATGTT AGAAACTTTGAAGAATTTAAAGGTGGAGAGTCATTCAAATTATATGAACAAGAGTTGGTAGAAAGATGGAATTTGGCAGC TGCTTCTGACATATTAAGAATATCTGCCTTAAAAGAAGTTGGTGGTGTATATTTAGATGTTGATATGTTACCAGGAATAC AACCAGACCTATTTGAGTCTATAGAGAAACCTAGTTCAGTAACAGTGGATTTTTGGGAAATGGTAAAATTAGAAGCTATA ATGAAATACAAAGAATACATACCAGGATATACTTCAGAGCATTTTGATATGTTGGATGAAGAAGTTCAAAGTAGTTTTGA ATCTGTTCTAGCTTCTAAGTCAGATAAGTCAGAAATATTCTCATCACTTGGCGATATGGAGGCATCACCACTAGAAGTTA AAATTGCATTTAATAGTAAAGGTATTATAAATCAAGGACTAATTTCTGTGAAAGACTCATATTGTAGCAATTTAATAGTA AAACAAATCGAGAACAGATATAAGATATTGAATAATAGTTTAAATCCAGCTATTAGCGAGGATAACGATTTCAATACTAC AACGAATGCTTTTATTGATAGTATAATGGCTGAAGCTAATGCAGATAATGGTAGATTTATGATGGAACTAGGAAAGTATT TAAGAGTTGGTTTCTTCCCAGATGTTAAAACTACTATTAACTTAAGTGGCCCTGAAGCATATGCGGCAGCTTATCAAGAT TTATTAATGTTTAAAGAAGGTAGTATGAATATCCATTTGATAGAAGCTGACTTAAGAAACTTTGAAATCTCTAAAACTAA TATTTCTCAATCAACTGAACAAGAAATGGCTAGCTTATGGTCATTTGACGATGCAAGAGCTAAAGCTCAATTTGAAGAAT ACAAAAAAAATTACTTTGAAGGTTCTCTTGGAGAAGATGACAATCTTGACTTTTCTCAAAATACAGTAGTTGACAAGGAG TATCTTTTAGAAAAAATATCTTCATTAGCAAGAAGTTCAGAGAGAGGATATATACACTATATTGTTCAGTTACAAGGAGA TAAAATTAGTTATGAAGCAGCATGTAACTTATTTGCAAAGACTCCTTATGATAGTGTACTGTTTCAGAAAAATATAGAAG ATTCAGAAATTGCATATTATTATAATCCTGGAGATGGTGAAATACAAGAAATAGACAAGTATAAAATTCCAAGTATAATT TCTGATAGACCTAAGATTAAATTAACATTTATTGGTCATGGTAAAGATGAATTTAATACTGATATATTTGCAGGTCTTGA TGTAGATTCATTATCCACAGAAATAGAAACAGCAATAGATTTAGCTAAAGAGGATATTTCTCCTAAGTCAATAGAAATAA ACTTACTGGGATGTAACATGTTTAGCTATTCTGTAAATGTAGAGGAGACTTATCCTGGGAAATTATTACTTAGAGTTAAA GATAAAGTATCAGAATTAATGCCATCTATAAGTCAAGACTCTATTATAGTAAGTGCAAATCAATATGAAGTTAGAATAAA TAGTGAAGGAAGAAGAGAATTATTGGATCATTCTGGTGAATGGATAAATAAAGAAGAAAGTATTATAAAGGATATTTCAT CAAAAGAATATATATCATTTAATCCTAAAGAAAATAAAATTATAGTAAAATCTAAAAATTTACCTGAATTATCTACATTA TTACAAGAAATTAGAAACAATTCTAATTCAAGTGATATTGAACTAGAAGAAAAAGTAATGTTAGCAGAATGTGAGATAAA TGTTATTTCAAATATAGATACACAAGTGGTAGAAGGAAGGATTGAAGAAGCTAAAAGCTTAACTTCTGACTCTATTAATT ATATAAAGAATGAATTTAAACTAATAGAATCTATTTCTGATGCACTATACGATTTAAAACAACAGAATGAATTAGAAGAG TCTCATTTTATATCTTTTGAGGATATATTGGAGACTGATGAAGGCTTTAGTATAAGATTTATTGATAAAGAAACTGGAGA ATCTATATTTGTAGAAACTGAAAAGGCAATATTCTCTGAATATGCTAATCATATAACTGAAGAGATTTCTAAGATAAAAG GTACTATATTTGATACTGTAAATGGTAAGTTAGTAAAAAAAGTAAATTTAGATGCTACACATGAAGTGAATACTTTAAAT GCTGCATTTTTTATACAATCATTAATAGAATATAATAGTTCTAAAGAATCTCTTAGTAATTTAAGTGTAGCAATGAAAGT TCAAGTTTATGCTCAATTATTTAGTACTGGTTTAAATACTATTACAGATGCAGCCAAAGTTGTTGAATTAGTATCAACTG CATTAGATGAAACTATAGATTTACTTCCTACATTATCTGAAGGATTACCTGTAATTGCAACTATCATAGATGGTGTAAGT TTAGGTGCAGCAATCAAAGAGCTAAGTGAAACAAGTGACCCATTATTAAGACAAGAAATAGAAGCTAAGATAGGTATAAT GGCAGTAAATTTAACAGCAGCTACAACTGCAATCATTACTTCATCTTTAGGAATAGCTAGTGGATTTAGTATACTTTTAG TTCCTTTAGCAGGAATTTCAGCAGGTATACCAAGTTTAGTAAACAATGAGCTTATCCTAAGAGATAAAGCAACAAAAGTT GTAGATTATTTTAGTCATATATCATTAGCTGAGTCTGAAGGAGCATTTACTTCATTAGATGATAAAATAATGATGCCACA AGATGATTTAGTAATATCTGAGATAGACTTTAATAACAATTCAATAACTTTAGGTAAATGTGAAATCTGGAGAATGGAAG GTGGCTCAGGTCATACTGTAACTGATGATATAGATCACTTCTTTTCAGCACCATCAATAACATATAGAGAGCCACACTTA TCTATATATGACGTATTGGAAGTACAAAAAGAAGAACTTGATTTGTCAAAAGATTTAATGGTATTACCTAATGCTCCAAA TAGAGTATTTGCTTGGGAAACAGGATGGACACCAGGTTTAAGAAGCTTAGAAAATGATGGCACAAAACTGTTAGACCGTA TAAGAGATAACTATGAAGGTGAGTTTTATTGGAGATATTTTGCTTTTATAGCTGATGCTTTAATAACAACATTAAAACCA AGATATGAAGATACTAATATAAGAATAAATTTAGATAGTAATACTAGAAGCTTTATAGTCCCAGTGATAACTACAGAATA TATAAGAGAGAAATTATCATATTCTTTTTATGGTTCTGGAGGAACTTATGCATTATCTCTTTCTCAATACAATATGAATA TAAACATAGAATTAAATGAAAATGATACTTGGGTTATAGATGTCGACAATGTCGTAAGAGATGTCACTATAGAATCTGAT AAAATTAAAAAAGGAGATTTAATAGAGAATATTTTATCTAAATTAAGTATTGAAGACAATAAAATTATTTTAGATAATCA TGAAATTAATTTCTCTGGAACATTAAATGGAGGTAATGGATTTGTATCTTTAACATTCTCAATCTTAGAAGGAATAAATG CAGTTATAGAAGTTGATTTATTATCTAAATCATATAAAGTTCTTATTTCTGGTGAACTAAAAACATTGATGGCAAATTCA AATTCTGTTCAACAGAAAATAGATTATATAGGATTGAACAGCGAATTACAAAAAAATATACCTTATAGTTTTATGGATGA TAAAGGAAAAGAAAATGGATTTATTAATTGTTCTACAAAAGAAGGTTTATTTGTATCTGAATTATCTGATGTAGTTCTTA TAAGTAAAGTTTATATGGACAATAGTAAACCTCTATTTGGATATTGTAGTAATGATTTGAAAGATGTTAAAGTCATAACT AAAGATGACGTTATTATATTAACAGGATATTATTTAAAAGATGATATAAAAATCTCTCTTTCTTTTACTATACAAGATGA AAATACTATAAAATTAAATGGAGTATATTTAGATGAAAATGGAGTAGCTGAAATATTGAAATTTATGAATAAAAAAGGTA GTACAAATACTTCAGATTCTTTAATGAGCTTTTTAGAAAGTATGAATATAAAAAGTATTTTCATAAATTCCTTACAATCT AATACTAAGCTTATATTAGATACTAATTTTATAATAAGTGGTACTACTTCTATTGGTCAATTTGAGTTTATTTGTGATAA AGATAATAATATACAACCATATTTCATTAAGTTTAATACACTAGAAACTAAATATACTCTATATGTAGGTAATAGACAAA ATATGATAGTAGAACCAAATTATGATTTAGATGATTCTGGAGATATATCTTCAACTGTCATTAATTTTTCTCAGAAATAC CTTTATGGAATAGACAGTTGTGTTAATAAAGTTATAATTTCGCCAAATATATATACAGATGAAATAAACATAACACCTAT ATATGAAGCAAATAATACTTATCCAGAAGTGATTGTATTAGATACAAATTATATAAGTGAAAAAATCAATATTAATATCA ATGATTTATCTATACGATATGTATGGAGTAATGATGGAAGTGATTTTATTCTTATGTCAACTGATGAAGAGAACAAGGTA TCACAAGTTAAAATAAGATTTACTAATGTTTTTAAAGGTAATACTATATCAGATAAGATATCTTTTAATTTTAGTGATAA GCAAGATGTATCTATAAATAAAGTTATTTCAACATTTACACCTTCATATTATGTGGAAGGATTACTTAATTATGATTTAG GTCTGATTTCTTTATACAATGAGAAATTTTATATTAATAACTTTGGAATGATGGTGTCTGGATTAGTATATATTAATGAT TCATTATATTATTTCAAGCCACCAATAAAGAACTTGATAACTGGATTTACAACTATAGGTGATGATAAATACTACTTTAA TCCAGATAATGGTGGAGCTGCTTCAGTCGGAGAAACAATAATTGATGGCAAAAACTACTACTTCAGCCAAAATGGAGTGT TACAAACAGGTGTATTTAGTACAGAAGATGGATTTAAATATTTTGCTCCAGCAGATACACTTGATGAAAATCTAGAGGGG GAAGCAATTGATTTTACTGGCAAACTAACTATTGATGAAAATGTTTATTATTTTGGAGATAATTATAGAGCAGCTATAGA ATGGCAAACATTAGATGATGAAGTGTACTATTTTAGTACAGATACAGGTAGAGCTTTTAAAGGGCTAAATCAAATAGGTG ATGATAAATTCTATTTCAACTCTGATGGTATTATGCAAAAAGGATTTGTTAATATAAATGATAAGACATTCTATTTTGAT GATTCTGGTGTGATGAAGTCAGGATATACTGAAATAGATGGAAAATATTTTTACTTTGCTGAGAATGGAGAAATGCAAAT AGGAGTATTTAATACAGCAGATGGATTTAAATATTTTGCTCATCATGATGAAGATTTAGGAAATGAAGAAGGTGAAGCAC TTTCATATTCTGGTATACTTAATTTTAACAATAAGATTTATTATTTTGATGATTCATTTACAGCAGTAGTTGGATGGAAG GATTTAGAAGATGGTTCAAAATATTACTTTGATGAAGATACAGCAGAAGCATATATAGGTATCTCAATAATTAATGATGG TAAATATTATTTTAATGATTCTGGAATCATGCAAATTGGATTTGTCACAATAAATAATGAAGTATTTTATTTCTCTGATT CTGGAATAGTAGAATCTGGAATGCAAAATATAGATGATAATTATTTCTATATAGACGAAAATGGTCTAGTTCAAATTGGT GTATTTGACACTTCAGATGGATATAAATACTTTGCACCAGCTAATACTGTAAATGATAATATCTATGGACAAGCAGTTGA ATATAGTGGTTTAGTTAGAGTTGGTGAAGATGTATATTATTTTGGAGAAACATATACAATTGAGACTGGTTGGATATATG ATATGGAAAATGAAAGTGATAAATATTATTTCGATCCAGAAACTAAAAAAGCATATAAAGGTATTAATGTAATTGATGAT ATAAAATACTATTTTGATGAGAATGGAATAATGAGAACAGGTCTTATAACATTTGAAGATAATCATTACTATTTTAATGA AGATGGTATTATGCAATATGGTTATCTAAATATAGAAGATAAGACGTTCTACTTTAGTGAAGATGGTATTATGCAGATTG GAGTATTTAATACACCAGATGGATTTAAATATTTTGCACATCAAAATACTTTAGATGAGAATTTTGAGGGAGAATCAATA AACTATACTGGTTGGTTAGATTTAGATGAAAAGAGATATTATTTTACAGATGAATATATTGCAGCAACTGGTTCAGTTAT TATTGATGGTGAGGAGTATTATTTTGATCCTGATACAGCTCAATTAGTGATTAGTGAATAG Protein sequence : MSLVNRKQLEKMANVRFRVQEDEYVAILDALEEYHNMSENTVVEKYLKLKDINSLTDIYIDTYKKSGRNKALKKFKEYLV TEVLELKNNNLTPVEKNLHFVWIGGQINDTAINYINQWKDVNSDYNVNVFYDSNAFLINTLKKTIVESATNDTLESFREN LNDPRFDYNKFYRKRMEIIYDKQKNFINYYKTQREENPDLIIDDIVKIYLSNEYSKDIDELNSYIEESLNKVTENSGNDV RNFEEFKGGESFKLYEQELVERWNLAAASDILRISALKEVGGVYLDVDMLPGIQPDLFESIEKPSSVTVDFWEMVKLEAI MKYKEYIPGYTSEHFDMLDEEVQSSFESVLASKSDKSEIFSSLGDMEASPLEVKIAFNSKGIINQGLISVKDSYCSNLIV KQIENRYKILNNSLNPAISEDNDFNTTTNAFIDSIMAEANADNGRFMMELGKYLRVGFFPDVKTTINLSGPEAYAAAYQD LLMFKEGSMNIHLIEADLRNFEISKTNISQSTEQEMASLWSFDDARAKAQFEEYKKNYFEGSLGEDDNLDFSQNTVVDKE YLLEKISSLARSSERGYIHYIVQLQGDKISYEAACNLFAKTPYDSVLFQKNIEDSEIAYYYNPGDGEIQEIDKYKIPSII SDRPKIKLTFIGHGKDEFNTDIFAGLDVDSLSTEIETAIDLAKEDISPKSIEINLLGCNMFSYSVNVEETYPGKLLLRVK DKVSELMPSISQDSIIVSANQYEVRINSEGRRELLDHSGEWINKEESIIKDISSKEYISFNPKENKIIVKSKNLPELSTL LQEIRNNSNSSDIELEEKVMLAECEINVISNIDTQVVEGRIEEAKSLTSDSINYIKNEFKLIESISDALYDLKQQNELEE SHFISFEDILETDEGFSIRFIDKETGESIFVETEKAIFSEYANHITEEISKIKGTIFDTVNGKLVKKVNLDATHEVNTLN AAFFIQSLIEYNSSKESLSNLSVAMKVQVYAQLFSTGLNTITDAAKVVELVSTALDETIDLLPTLSEGLPVIATIIDGVS LGAAIKELSETSDPLLRQEIEAKIGIMAVNLTAATTAIITSSLGIASGFSILLVPLAGISAGIPSLVNNELILRDKATKV VDYFSHISLAESEGAFTSLDDKIMMPQDDLVISEIDFNNNSITLGKCEIWRMEGGSGHTVTDDIDHFFSAPSITYREPHL SIYDVLEVQKEELDLSKDLMVLPNAPNRVFAWETGWTPGLRSLENDGTKLLDRIRDNYEGEFYWRYFAFIADALITTLKP RYEDTNIRINLDSNTRSFIVPVITTEYIREKLSYSFYGSGGTYALSLSQYNMNINIELNENDTWVIDVDNVVRDVTIESD KIKKGDLIENILSKLSIEDNKIILDNHEINFSGTLNGGNGFVSLTFSILEGINAVIEVDLLSKSYKVLISGELKTLMANS NSVQQKIDYIGLNSELQKNIPYSFMDDKGKENGFINCSTKEGLFVSELSDVVLISKVYMDNSKPLFGYCSNDLKDVKVIT KDDVIILTGYYLKDDIKISLSFTIQDENTIKLNGVYLDENGVAEILKFMNKKGSTNTSDSLMSFLESMNIKSIFINSLQS NTKLILDTNFIISGTTSIGQFEFICDKDNNIQPYFIKFNTLETKYTLYVGNRQNMIVEPNYDLDDSGDISSTVINFSQKY LYGIDSCVNKVIISPNIYTDEINITPIYEANNTYPEVIVLDTNYISEKINININDLSIRYVWSNDGSDFILMSTDEENKV SQVKIRFTNVFKGNTISDKISFNFSDKQDVSINKVISTFTPSYYVEGLLNYDLGLISLYNEKFYINNFGMMVSGLVYIND SLYYFKPPIKNLITGFTTIGDDKYYFNPDNGGAASVGETIIDGKNYYFSQNGVLQTGVFSTEDGFKYFAPADTLDENLEG EAIDFTGKLTIDENVYYFGDNYRAAIEWQTLDDEVYYFSTDTGRAFKGLNQIGDDKFYFNSDGIMQKGFVNINDKTFYFD DSGVMKSGYTEIDGKYFYFAENGEMQIGVFNTADGFKYFAHHDEDLGNEEGEALSYSGILNFNNKIYYFDDSFTAVVGWK DLEDGSKYYFDEDTAEAYIGISIINDGKYYFNDSGIMQIGFVTINNEVFYFSDSGIVESGMQNIDDNYFYIDENGLVQIG VFDTSDGYKYFAPANTVNDNIYGQAVEYSGLVRVGEDVYYFGETYTIETGWIYDMENESDKYYFDPETKKAYKGINVIDD IKYYFDENGIMRTGLITFEDNHYYFNEDGIMQYGYLNIEDKTFYFSEDGIMQIGVFNTPDGFKYFAHQNTLDENFEGESI NYTGWLDLDEKRYYFTDEYIAATGSVIIDGEEYYFDPDTAQLVISE |
| Gene | GenBank Accn | Product | Virulance or Resistance | PAI or REI | Alignment Type | E-val | Identity |
| tcdB | CAA63562.1 | - | Virulence | PaLoc | Protein | 0.0 | 93 |
| tcdA | CAA63564.1 | - | Virulence | PaLoc | Protein | 0.0 | 47 |
| Gene | GenBank Accn | Product | ID of source DB | Alignment Type | E-val | Identity |
| tcdB | YP_003213639.1 | toxin B | VFG2288 | Protein | 0.0 | 93 |
| tcdB | YP_003213639.1 | toxin B | VFG2287 | Protein | 0.0 | 47 |
