Gene Information

Name : nifJ (CD196_2523)
Accession : YP_003215541.1
Strain : Clostridium difficile CD196
Genome accession: NC_013315
Putative virulence/resistance : Virulence
Product : pyruvate-flavodoxin oxidoreductase
Function : -
COG functional category : C : Energy production and conversion
COG ID : COG0674
EC number : -
Position : 2932105 - 2935644 bp
Length : 3540 bp
Strand : -
Note : -

DNA sequence :
ATGGCTAAGTTTATGAAAACACTTGATGGAAATACAGCTGCAGCTCATGTTGCCTATGCGTTTACAGATGTAGCAGCTAT
ATATCCAATCACACCATCTTCAACTATGGCTGAAGTAGTTGATGAGTGGGCATCACAAGGAAGAAAAAATATATTTGGAC
AAACAGTTAATGTTGTTGAAATGCAGTCAGAAGCAGGTGCATCAGGAACATTCCACGGTTCTTTACAAGGAGGAGCTTTA
ACTTCTACTTTTACAGCATCTCAAGGTTTATTATTAATGATACCTAACATGTATAAAGTTGCAGGAGAGTTATTACCAGG
AGTATTCCATGTAAGTGCTCGTGCTTTGGCATCTCAAGCGTTATCAATATTTGGGGATCACCAAGACGTTATGGCTGCTA
GACAAACTGGATGTGTATTATTAGCTTCTGGTTCAGTTCAAGAAGTAGCTGATATAGCACCTGTTGCACATTTAGCTGCA
ATAGAAGGTAGATTACCATTTATACATTTCTTTGATGGATTCAGAACTTCACATGAAATCCAAAAAGTTGAATTACTAGA
AAATGAAGATTATGCAAGTTTATTAAACTTTGAAGCAGTTCAAGCATTTAGAGATAATGCTTTATCTCCAAATCATCCAG
TTGCTCGTGGTACTGCTCAAAACCCAGATATATATTTCCAAACTAGAGAAGCTTCTAATAAATACTATCAAAATATAGTA
GGTATAGTTGAAAAATACATGGAAAAAATGAGTAATTTAACAGGTAGAAAACATAGTTTATTTGATTACTATGGAGCAGA
AGATGCTAAATACGTATTAATAGCTATGGGTTCAGTAACAGAAACAATAGAAGAAACTATAGATTACTTAAATGCTAAGG
GAGAAAAATATGGTTTAGTTAAAGTTCATTTATATAGACCATTCTCAATGAAACATTTCTTAGATGCTATGCCATCTACT
GTTGAAAGAATATGTGTACTTGATAGAACTAAAGAGCCAGGTTCAACTGGTGAACCATTATACTTAGATGTACGTGATGT
ATTCTATGGAAAAGAAAATGCTCCTATGATAATAGGTGGAAGATACGGATTAGGTTCAAAAGATACTACTCCTTCAGATA
TAAAAACTGTTTTTGATAACTTAGTTTCAGAACAACCTAAAAATGGATTTACAGTAGGTATAGTTGATGATGTAACTAAT
ACTTCTTTAACTCCATCTGAGCCAATAAAAATAGCTTCTAAAGGAACTATAAGATGTAAGTTCTGGGGATTAGGTTCTGA
CGGTACTGTTGGAGCTAATAAACAAGCTATCAAAATAATCGGTGACCATACTGAAAAATATGCTCAAGCTTACTTTGATT
ATGACTCTAAAAAATCTGGTGGTATAACTATGTCTCACTTAAGATTTGGTGATACTCCAATAAGAGCTACTTATTTAATA
GATGAAGCTGATTATATTGCCTGTCATAAACAATCATATGTTTATCAATATGATTTATTAAAAGGTCTTAAAAAAGGTGG
TACATTTGTACTTAACACTATATGGGACCAAGCAGGACTTGAAGAACATTTACCAGCTCATATGAAACAATATATAGCTA
AAAATGATATAAAATTCTATACAGTTAATGCTGTTAAACTAGGACAAGAAATAGGTCTTGGAAACAGAATAAACATGATA
ATGCAATCTGCATTCTTTAAATTAGCTGAAATAATACCAGAAGAAGATGCTGTTAAATACTTAAAAGATTCTATAGTTAA
AGCTTATGGTAAAAAAGGTGAAAAAATAGTTAATATGAACTATGCTGCTGTTGATGCAGGAATAAATGCTTTAGTTAAAG
TTGAAGTTCCAGCTTCTTGGGAAAATGCTGTTGATGCAGATAAAGGAGAAGTTAAAGAACCAGAATTTATAAAAAATATA
CTAAGACCAATGACTGCACAAGAAGGAAACAACTTACCAGTAAGTACATTCAATGGTATAGAAGATGGAACATTCCCTTG
TGGTACTGCAGCTTATGAAAAACGTGGTATAGCTGTTGATGTTCCTGAATGGATAATAGATAACTGTATTCAATGTAACC
AATGTTCTTTTATATGTCCTCATGCATGTATAAGACCAGTATTAGTTACTGAAGAAGAATTAGCTAATGCTCCAGAAGGA
TTTGAAGCTAAAAAAGCATTAGGTAAAGGATTAGAAGGATTAAAATATAGAATTCAAGTTAGTCCACTTGACTGTACAGG
ATGTGGAAACTGTGCTGACATATGTCCAGCTAAAGAAAAAGCTTTAGTTATGAAGCCAATAGATACTCAACTTGATACAG
AGTTAGATAATTGGGCATTTGCAGTAAATCCTGATGAAGTAGCTCCAAAAGTTGATGTTATGCCTGCAAATACTGTTAAA
GGAAGTCAATTTAGACAACCATTAATGGAGTTTTCAGGAGCATGTGCTGGATGTGGAGAAACTGCGTACATTAAAGTAGT
TACACAATTATATGGAGATAGAATGATGATAGCTAATGCTACTGGATGTTCTTCTATATGGGGAGCTTCTGCACCATCAA
TTCCTTATACTTGTAACCATGAAGGTAAAGGTCCATCTTGGGCAAATTCTTTATTCGAGGATAATGCTGAATATGGATTT
GGTATGTACACAGCTGTTAAGCAAATAAGAAATAAAATAGTAGATGCTATGACAGAGTTAGTTTCTATGGATATCTGTGA
AGATGCTAAAGCAGTATTTACAGAGTGGTTAGATTCTAGAAATGATGGAGAAGCTTCTAAAGTAGCAAGTGCTAAGGTTG
TTGAATTATTAGAAAAACCAGCTTGTGATTGTACAGATGAAAAAGCTAAAGAATTAGTAAAAGCTATAAAAGATAGAAAA
GATTATCTAGTTAAGAGATCTCAATGGATACTAGGTGGAGACGGTTGGGCATATGATATTGGTTACGGTGGATTAGACCA
TGTTCTTGCATCTGGTGAAGATGTAAACGTACTTGTATTTGATACAGAAGTATATTCAAATACAGGAGGTCAAGCTTCTA
AAGCTACTCCAGCTGCTGCTATGGCTAAGTTTGCTGCTTCAGGTAAAAAATCTAGAAAGAAAGATTTAGGAATGATGGCT
ATGACATATGGAAACGTATATGTAGCTCAAGTTGCTATGGGGGCTGATAAAAATCAATTTATCAAAGCCGTTTTAGAAGC
TGAAAAACATGATGGGCCATCTCTAATAATAGCTTATGCTCCATGTATAAACCATGGATTAAAAGAAGGTATGGGAAGAA
CTGTGGCTAATGAAGCACAAGCTGTTGCTTGCGGATACTGGCATTTATACAGATTCAATCCAGAAGTAAAAGCTGAAGGT
AAAAACCCATTCACTTTAGATTCAAAAGAACCAACTGCAAGCTTCAAAGATTTCATACTTGCACAAGTAAGATATTCTGC
TATAGCTAAACAATTCCCAGAGGAAGCTGATGGATTATTTGCTAAAGCTGAAGCTGATGCTAAAGAAAGATATGAAGGAT
ACAAAAAATTAGCTGAATAA

Protein sequence :
MAKFMKTLDGNTAAAHVAYAFTDVAAIYPITPSSTMAEVVDEWASQGRKNIFGQTVNVVEMQSEAGASGTFHGSLQGGAL
TSTFTASQGLLLMIPNMYKVAGELLPGVFHVSARALASQALSIFGDHQDVMAARQTGCVLLASGSVQEVADIAPVAHLAA
IEGRLPFIHFFDGFRTSHEIQKVELLENEDYASLLNFEAVQAFRDNALSPNHPVARGTAQNPDIYFQTREASNKYYQNIV
GIVEKYMEKMSNLTGRKHSLFDYYGAEDAKYVLIAMGSVTETIEETIDYLNAKGEKYGLVKVHLYRPFSMKHFLDAMPST
VERICVLDRTKEPGSTGEPLYLDVRDVFYGKENAPMIIGGRYGLGSKDTTPSDIKTVFDNLVSEQPKNGFTVGIVDDVTN
TSLTPSEPIKIASKGTIRCKFWGLGSDGTVGANKQAIKIIGDHTEKYAQAYFDYDSKKSGGITMSHLRFGDTPIRATYLI
DEADYIACHKQSYVYQYDLLKGLKKGGTFVLNTIWDQAGLEEHLPAHMKQYIAKNDIKFYTVNAVKLGQEIGLGNRINMI
MQSAFFKLAEIIPEEDAVKYLKDSIVKAYGKKGEKIVNMNYAAVDAGINALVKVEVPASWENAVDADKGEVKEPEFIKNI
LRPMTAQEGNNLPVSTFNGIEDGTFPCGTAAYEKRGIAVDVPEWIIDNCIQCNQCSFICPHACIRPVLVTEEELANAPEG
FEAKKALGKGLEGLKYRIQVSPLDCTGCGNCADICPAKEKALVMKPIDTQLDTELDNWAFAVNPDEVAPKVDVMPANTVK
GSQFRQPLMEFSGACAGCGETAYIKVVTQLYGDRMMIANATGCSSIWGASAPSIPYTCNHEGKGPSWANSLFEDNAEYGF
GMYTAVKQIRNKIVDAMTELVSMDICEDAKAVFTEWLDSRNDGEASKVASAKVVELLEKPACDCTDEKAKELVKAIKDRK
DYLVKRSQWILGGDGWAYDIGYGGLDHVLASGEDVNVLVFDTEVYSNTGGQASKATPAAAMAKFAASGKKSRKKDLGMMA
MTYGNVYVAQVAMGADKNQFIKAVLEAEKHDGPSLIIAYAPCINHGLKEGMGRTVANEAQAVACGYWHLYRFNPEVKAEG
KNPFTLDSKEPTASFKDFILAQVRYSAIAKQFPEEADGLFAKAEADAKERYEGYKKLAE

• Homologs from PAI DB

GeneGenBank Accn Product Virulance or Resistance PAI or REI Alignment Type E-val Identity
unnamed AFJ97267.1 pyruvate ferredoxin Virulence Not named Protein 0.0 57