Gene Information

Name : tcdA (CD630_06630)
Accession : YP_001087137.1
Strain : Clostridium difficile 630
Genome accession: NC_009089
Putative virulence/resistance : Virulence
Product : Toxin A
Function : -
COG functional category : R : General function prediction only
COG ID : COG5263
EC number : 2.4.1.-
Position : 795843 - 803975 bp
Length : 8133 bp
Strand : +
Note : Evidence 1a : Function experimentally demonstrated in the studied strain; PubMedId : 18480324,18480323,17237138, 16857405, 15831824, 11591205,10981356,15576779; Product type e : enzyme

DNA sequence :
ATGTCTTTAATATCTAAAGAAGAGTTAATAAAACTCGCATATAGCATTAGACCAAGAGAAAATGAGTATAAAACTATACT
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GGTACTATTAAAAAAGGAAAGTTAATAAAAGATGTTTTAAGTAAAATTGATATAAATAAAAATAAACTTATTATAGGCAA
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AAATATAGATATATATTTTGGTGAATGGAAAACATCGTCATCTAAAAGCACTATATTTAGCGGAAATGGTAGAAATGTTG
TAGTAGAGCCTATATATAATCCTGATACGGGTGAAGATATATCTACTTCACTAGATTTTTCCTATGAACCTCTCTATGGA
ATAGATAGATATATCAATAAAGTATTGATAGCACCTGATTTATATACAAGTTTAATAAATATTAATACCAATTATTATTC
AAATGAGTACTACCCTGAGATTATAGTTCTTAACCCAAATACATTCCACAAAAAAGTAAATATAAATTTAGATAGTTCTT
CTTTTGAGTATAAATGGTCTACAGAAGGAAGTGACTTTATTTTAGTTAGATACTTAGAAGAAAGTAATAAAAAAATATTA
CAAAAAATAAGAATCAAAGGTATCTTATCTAATACTCAATCATTTAATAAAATGAGTATAGATTTTAAAGATATTAAAAA
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GAGTATTTAAAGGACCTGATGGATTTGAATATTTTGCACCTGCCAATACTCAAAATAATAACATAGAAGGTCAGGCTATA
GTTTATCAAAGTAAATTCTTAACTTTGAATGGCAAAAAATATTATTTTGATAATGACTCAAAAGCAGTCACTGGATGGAG
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AGGTGTGTTTAGTACCTCTAATGGATTTGAATATTTTGCACCTGCTAATACTTATAATAATAACATAGAAGGTCAGGCTA
TAGTTTATCAAAGTAAATTCTTAACTTTGAATGGTAAAAAATATTACTTTGATAATAACTCAAAAGCAGTTACCGGATGG
CAAACTATTGATAGTAAAAAATATTACTTTAATACTAACACTGCTGAAGCAGCTACTGGATGGCAAACTATTGATGGTAA
AAAATATTACTTTAATACTAACACTGCTGAAGCAGCTACTGGATGGCAAACTATTGATGGTAAAAAATATTACTTTAATA
CTAACACTGCTATAGCTTCAACTGGTTATACAATTATTAATGGTAAACATTTTTATTTTAATACTGATGGTATTATGCAG
ATAGGAGTGTTTAAAGGACCTAATGGATTTGAATATTTTGCACCTGCTAATACGGATGCTAACAACATAGAAGGTCAAGC
TATACTTTACCAAAATGAATTCTTAACTTTGAATGGTAAAAAATATTACTTTGGTAGTGACTCAAAAGCAGTTACTGGAT
GGAGAATTATTAACAATAAGAAATATTACTTTAATCCTAATAATGCTATTGCTGCAATTCATCTATGCACTATAAATAAT
GACAAGTATTACTTTAGTTATGATGGAATTCTTCAAAATGGATATATTACTATTGAAAGAAATAATTTCTATTTTGATGC
TAATAATGAATCTAAAATGGTAACAGGAGTATTTAAAGGACCTAATGGATTTGAGTATTTTGCACCTGCTAATACTCACA
ATAATAACATAGAAGGTCAGGCTATAGTTTACCAGAACAAATTCTTAACTTTGAATGGCAAAAAATATTATTTTGATAAT
GACTCAAAAGCAGTTACTGGATGGCAAACCATTGATGGTAAAAAATATTACTTTAATCTTAACACTGCTGAAGCAGCTAC
TGGATGGCAAACTATTGATGGTAAAAAATATTACTTTAATCTTAACACTGCTGAAGCAGCTACTGGATGGCAAACTATTG
ATGGTAAAAAATATTACTTTAATACTAACACTTTCATAGCCTCAACTGGTTATACAAGTATTAATGGTAAACATTTTTAT
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TAATAATAACATAGAAGGTCAAGCTATACTTTACCAAAATAAATTCTTAACTTTGAATGGTAAAAAATATTACTTTGGTA
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ACTGGATGGCAAACTATTAATGGTAAAAAATACTACTTTAATACTAACACTTCTATAGCTTCAACTGGTTATACAATTAT
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TTGCACCTGCTAATACAGATGCTAACAATATAGAAGGTCAAGCTATACGTTATCAAAATAGATTCCTATATTTACATGAC
AATATATATTATTTTGGTAATAATTCAAAAGCAGCTACTGGTTGGGTAACTATTGATGGTAATAGATATTACTTCGAGCC
TAATACAGCTATGGGTGCGAATGGTTATAAAACTATTGATAATAAAAATTTTTACTTTAGAAATGGTTTACCTCAGATAG
GAGTGTTTAAAGGGTCTAATGGATTTGAATACTTTGCACCTGCTAATACGGATGCTAACAATATAGAAGGTCAAGCTATA
CGTTATCAAAATAGATTCCTACATTTACTTGGAAAAATATATTACTTTGGTAATAATTCAAAAGCAGTTACTGGATGGCA
AACTATTAATGGTAAAGTATATTACTTTATGCCTGATACTGCTATGGCTGCAGCTGGTGGACTTTTCGAGATTGATGGTG
TTATATATTTCTTTGGTGTTGATGGAGTAAAAGCCCCTGGGATATATGGCTAA

Protein sequence :
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RYQNRFLHLLGKIYYFGNNSKAVTGWQTINGKVYYFMPDTAMAAAGGLFEIDGVIYFFGVDGVKAPGIYG

• Homologs from PAI DB

GeneGenBank Accn Product Virulance or Resistance PAI or REI Alignment Type E-val Identity
tcdA CAA63564.1 - Virulence PaLoc Protein 0.0 99
tcdB CAA63562.1 - Virulence PaLoc Protein 0.0 48

• Homologs from VFDB (virulence genes)

GeneGenBank Accn Product ID of source DB Alignment Type E-val Identity
tcdA YP_001087137.1 Toxin A VFG2287 Protein 0.0 100
tcdA YP_001087137.1 Toxin A VFG2288 Protein 0.0 48