|
Name : pdpC1 (FTH_1134) Accession : YP_763637.1 Strain : Francisella tularensis OSU18 Genome accession: NC_008369 Putative virulence/resistance : Virulence Product : protein PdpC Function : - COG functional category : - COG ID : - EC number : - Position : 1106005 - 1109991 bp Length : 3987 bp Strand : - Note : PdpC1; conserved in Francisella genomes DNA sequence : ATGAACGACAAATATGAACTAAATATCTATTTTGAGAAAATAGAGTTACCTAAAACAGCAGATTTCAATATGATAAGTAA GCATGATATTAAAGAACTCAGAGTAGATGCTAATTTAAAAAAGAAAATACACTTATTACAATTTGATGAAGATTATTTAG CATATATGAGGAGCTTAAGAGCTATTCATCCCTCAAAAATAGCGATGCAAAAAATTAAATCAATTCGCAATAAAAAAAAT TCTTTTATAATTGTCATTTTATCTTTAGATAAAATAATTCACAAAACTAAATTTATCACTTTTGGACATAAAACCGTTAT TTTTGATTTTAAGAAACTATGGGGATTAGTTGATTTCGTAATAGTTCATACAAGTAATAAAACCTGGGTTAATCATAAGT TAACATCATTTATGCCATCAATTACATACTGTAATCAAAACATCATCCATTTAGCATACCATTCTGATTTTTTATATATT TATCATACTCCAGAATTTATGGATGATATAAATGTAGATCGAGAAAATAGAAGAAGGTTAGTGGCAAAAATTCCCGATCC ATATTGGGTAAGAGCTGATACTAAAGAAAATAAAATCAATATTACTTCTGAAAATAAAAATCTAGAAAAAGATTTTAAAA AAATAACTAAATTAAAAAATTTTGAAATAAGCGCAAATGATATTTTTTTCTCAAAAGCTATAAAAGCAGCTCCAAGATTA CAACATAAAAATAAGAGTAAATTATTTAATTCATTAGCGATTGAAAATAATGAAAAAATCAAACGTGACATAATTGATTA TGCAATATCTAATGCTTGGTATAAAAACGATGGGTTACTTGAAAATCTAATGACATTTTTAGACGCTCTAGTCGTAAGAC ATCTCTACTTAATAGCAGTTTACTCAGTTTATGAAATAGAAATAGGTATTAAATCAGTAAAACCTGAGTATAGCAAATTA TTAAAAGCTGGCCTATTGAACAAAGATATTCAAAATCAATTGATATATGATCAAAAGAAAATTAGCAATATTATTTGGCT TGGTGAAACATTTCATGGTTTAGATATTGAAGAAGCTCAGGCTTTATGTGAGTTTCTTGATGAAGAGAATATTAACCCGA AAATTAATCCTATAAATTCTAAAAAGCTATATAAAACCTACAAAGAAAATTATAAAAGCGATTCAGAAAAAATTTTAAGT TTCACAAAATACAAAGAGAAATATAATTTTTTAAATAATGATAAGCTTAGAGAAGAACATGCAAATAAACTTTCAAGCAT ATTAGAAGATCCAAAATTTAGAGTTCTTAGCTATATAAATGCATTTTTATGTTCAACTAAAAATTATCTAGTACCTTATG GGTATTTAGGAAGTAATCCTCTTACATACTATAATTGTATGCTAGAAACCGGAAAACGTAGAACATCAAAAGAAGCATAT TTTGCTGATATAAGAAACAAATTGTTTATAGTATGCTATCTTCCTGGCTTCTTGAGCTCTGTAATTGCTGATGATGACTT TATAGACTGGTATTCTAATAAGAAAGAAAATCAAGAATTACTCAAAAACTCTTATTTGAACAATTTATATAACTCAAAGC AGAAATATATAAAAGATTTTATCGATCTTGATATTATTAAACTTCTAAAACAGACATCATCTCAAATCAAGCCAAGCTAT ATACCAGTAGCTTTTAGATATGGTGCATTTGCCTCAACAACTGCTTTGATAAGATCAAATGCAAATGTTTCTAATCGAAT GGAGTTTGAATTATATGACTCACCTGAAAGACTACATAATCAATACTTAGAAAAAGAGGAAATGATTATGCCAAAATCGG TTAATAACCCCAAGGATCACTCAATTGACAATGGAGTGTCTTTATTTAGCCTTAATCTAACAAATGAAAAAGAAGATGGA CTTCGAAAAGTTATGTTGAAAGTTGCACAACTATATAATCTTGATTTCAAGGTAGGTATCTCAGGAAATTTAGATCAAGC AATGACTCAGGCATTAATACTCGGGATGGCAACTACAAAAAAAAATGGAGATATCGTAATTGATGAAGATCAAGTGCTAT ATATGACATACTTATACTGCATTTTCATGGCACATAGTGTCGATCATACTGTAGATGAAATACTAATGTCCTCAAATACT TATATGTTAAATTCTAAAGAGGAAAAGTATCCTATAGCCAATATAGCTAATTTTTTTGCTAGACCTGTATTTAAACTTTC TAAGGATAAAGAGTTTAAAGCATTAGTTGAAAAGTATGAAAATAGCATAAAACCTAATTCAAAAGTTCTCAAAGAAAATT ATATAAGTAGAGTAACGACGTTATCCGAGGTATATGAAGATATATATAATTTAAATTGCTTATATAGTTCTCTATCAGAA GGATCCTTGTATAACCTATTATCAACTCATAGTGAAAGAAACTGTACTTTATTAGAGCAGTATTCTCGTAAGAAGAAAGC GGAGACAGGATTGGTCCAAGATGGAGAGAAAATAAAAGTCGTAAACAACTACAATGGCTATGCTGCGATTAATCAATATC AACGTTTTGTATCACTAGGCATAATGTATGATAGTGGTGCAAAATACTCCTCTTCTCATAAAAAACAGATAGAAAAAGAT TTCAACTTATACTCACCAGATAAAGAACAGATAAATTATCTAAAATATAACTTTAAAGATAATAAATTTGATGCTGTTTA TAAAAACAAAAAGAGCAAAGAAAAAACTCAAAGCCATATTGTGTATGCAAAAAAACAAAATACGCGATATTGCTACGGAT ATTTTAACAATTTTTTCGTTAAAAATAGAATTACGACTTTTTATAAAATAAAAGATAAATCAGGAAACTATTTAGTAAAC TTACATAATGAAAAATATAGTTTCGCAACACCTAATTCAGATTCTAAAATATATAGAGCTTCACCAGAATTACTTAACAA TAGAGATGATTTTAAAAGAGTATCTAAAGATATTATAAAATCATATAAATATATTAGTTTTGATAAACAAAAGGAAGATA TAGTTAAAAATTTTGGTAAAAACTTATATCATACTAATTATGAGATATGGGTCGGACTATCACATCAAGCTATATCATGT TTTTCAGTTTTAGATAACATAGATACACAAGAAGCTGCTAATACTTTTATCGATGCTTTATATTATATTAGATTAATGCA ATTATATTATGGCAAAACTATACCTTTTTTGTTGATTAGTAGCGAAATTGTAAGATATTCTTCATCAGAAACTCACTACT ATATACCAACAGAAGAAAACTTTGAAAATATACTTAAAATTGCTCTTAATAGTGCCTCAAAACCAGTAATAGAAAGATTC TTAATTATTCTTAACATATATAATAACACTATTGATGATAATACTTTAATTTTAATACGATGCCGTTTAACAATAATATT ATTTGAACATGAAGAGCAGAAACTCAAATTAAAAGCTTTACAAAAATATGCTGACGCTTATAAAAAAAATAATTATAAAA ACGAAATTAATTTTAGAGCTTGGTTTGAATCTATATTTCATGTTCAAAACTTATCCTTATCTCCTAATTATATTGGCAAT AATATTTTAATCTTGAGTTTAGTTGAAGAATTAAAACCAAAATGTAGTGAATATAAAAAAAACATGATTAACCAACAAAT TATAGCTAAAGCAAACGAGTTAAACTTTTATCAACTTATAATAAGACTTATTGAAATATCAACCTATCATAGAATACTTA CGAAATCAATCATAACTAATACAACCTCGTTACTTTATGACATATTAAATAAACCAGAATTTCAAACAATAAATAAATTA ATAAATAAGCTATTTATTTATAAAAACAAGGATCTAAATACTGATAAATATAAAGCCTTTCACACTAAGCTTATAACTAT TGAAAAAACCTATAAGAAAATAAATAGCTTATATAAATCAGACTTTTTTAAAAAAATATCATCATAG Protein sequence : MNDKYELNIYFEKIELPKTADFNMISKHDIKELRVDANLKKKIHLLQFDEDYLAYMRSLRAIHPSKIAMQKIKSIRNKKN SFIIVILSLDKIIHKTKFITFGHKTVIFDFKKLWGLVDFVIVHTSNKTWVNHKLTSFMPSITYCNQNIIHLAYHSDFLYI YHTPEFMDDINVDRENRRRLVAKIPDPYWVRADTKENKINITSENKNLEKDFKKITKLKNFEISANDIFFSKAIKAAPRL QHKNKSKLFNSLAIENNEKIKRDIIDYAISNAWYKNDGLLENLMTFLDALVVRHLYLIAVYSVYEIEIGIKSVKPEYSKL LKAGLLNKDIQNQLIYDQKKISNIIWLGETFHGLDIEEAQALCEFLDEENINPKINPINSKKLYKTYKENYKSDSEKILS FTKYKEKYNFLNNDKLREEHANKLSSILEDPKFRVLSYINAFLCSTKNYLVPYGYLGSNPLTYYNCMLETGKRRTSKEAY FADIRNKLFIVCYLPGFLSSVIADDDFIDWYSNKKENQELLKNSYLNNLYNSKQKYIKDFIDLDIIKLLKQTSSQIKPSY IPVAFRYGAFASTTALIRSNANVSNRMEFELYDSPERLHNQYLEKEEMIMPKSVNNPKDHSIDNGVSLFSLNLTNEKEDG LRKVMLKVAQLYNLDFKVGISGNLDQAMTQALILGMATTKKNGDIVIDEDQVLYMTYLYCIFMAHSVDHTVDEILMSSNT YMLNSKEEKYPIANIANFFARPVFKLSKDKEFKALVEKYENSIKPNSKVLKENYISRVTTLSEVYEDIYNLNCLYSSLSE GSLYNLLSTHSERNCTLLEQYSRKKKAETGLVQDGEKIKVVNNYNGYAAINQYQRFVSLGIMYDSGAKYSSSHKKQIEKD FNLYSPDKEQINYLKYNFKDNKFDAVYKNKKSKEKTQSHIVYAKKQNTRYCYGYFNNFFVKNRITTFYKIKDKSGNYLVN LHNEKYSFATPNSDSKIYRASPELLNNRDDFKRVSKDIIKSYKYISFDKQKEDIVKNFGKNLYHTNYEIWVGLSHQAISC FSVLDNIDTQEAANTFIDALYYIRLMQLYYGKTIPFLLISSEIVRYSSSETHYYIPTEENFENILKIALNSASKPVIERF LIILNIYNNTIDDNTLILIRCRLTIILFEHEEQKLKLKALQKYADAYKKNNYKNEINFRAWFESIFHVQNLSLSPNYIGN NILILSLVEELKPKCSEYKKNMINQQIIAKANELNFYQLIIRLIEISTYHRILTKSIITNTTSLLYDILNKPEFQTINKL INKLFIYKNKDLNTDKYKAFHTKLITIEKTYKKINSLYKSDFFKKISS |
| Gene | GenBank Accn | Product | Virulance or Resistance | PAI or REI | Alignment Type | E-val | Identity |
| pdpC1 | YP_170306.1 | hypothetical protein | Not tested | FPI | Protein | 0.0 | 99 |
| pdpC2 | YP_170614.1 | hypothetical protein | Not tested | FPI | Protein | 0.0 | 99 |
| pdpC1 | YP_001891773.1 | PdpC | Not tested | FPI | Protein | 0.0 | 99 |
| pdpC2 | YP_001892268.1 | PdpC | Not tested | FPI | Protein | 0.0 | 99 |
| pdpC1 | YP_001121167.1 | pathogenicity determinant protein pdpC | Virulence | FPI | Protein | 0.0 | 99 |
| pdpC2 | YP_001121570.1 | pathogenicity determinant protein pdpC2 | Virulence | FPI | Protein | 0.0 | 99 |
| pdpC | AAP58966.1 | PdpC | Not tested | FPI | Protein | 0.0 | 95 |
